同源重组引物设计
浏览器端识别常用酶切位点，按载体和插入片段生成带同源臂的 PCR 引物。
进入工具 载入真实载体与插入序列工具导航
按使用目的选择站内工具。序列设计工具提供可加载的真实序列及可直接运行的基因示例。
序列与实验设计
CRISPR 编辑靶点设计
按基因 ID、CDS、cDNA 或 DNA 序列快速筛选 SpCas9 NGG 靶点，并按公开序列规则评分；不生成载体引物。
进入工具 运行真实示例 · TkA01G000070qRT-PCR 引物设计
按基因 ID、cDNA 或 CDS 生成 qRT-PCR 引物，并标记同源 CDS 3′ seed 风险。
进入工具 运行真实示例 · TkA01G000070BLAST
支持 15 bp 引物级短序列、CDS、蛋白和 gDNA 比对，可选择 OH-1004 或 TK1151 参考版本。
进入工具JBrowse 基因组浏览器
可视化浏览基因组结构、基因模型与当前基因上下文。
进入工具数据查询与比较
基因卡片
通过基因 ID 或关键词查询基因基本信息、序列与注释。
进入工具ID 对照
查看不同参考基因组的基因级对应关系及映射类别。
进入工具转录组数据查询
先选择数据集，再查询组织或处理条件下的表达量、重复样本及统计图。
进入工具 查看组织表达示例蛋白组证据
先选数据集，再按基因查看蛋白组定量、样本强度和版本桥接。
进入工具基因变异查询
查询 CRA009020 双参考基因组的 PASS SNP/Indel、基因区间位点及 129 个样本的携带情况；结果为计算候选。
进入工具同源/共线性证据
跨参考基因组查看同源关系与共线性区块证据。
进入工具下载与引用
获取公开数据下载、来源说明和引用信息。
进入工具功能与网络分析
基因注释
提供 Swiss-Prot、GO、KEGG 与功能描述等多维度注释查询。
进入工具GO/KEGG 注释
按基因列表汇总经物种约束筛查的 GO 注释及 KEGG 基因交叉引用；暂不提供富集显著性检验。
进入工具蛋白结构域 / Pfam
查看蛋白功能结构域、命中位置和可信度。
进入工具亚细胞定位
查询本物种蛋白定位预测结果和辅助同源证据。
进入工具转录因子结合位点预测
按基因上游 4000 bp 或提交 DNA 序列预测 motif 支持的候选结合位点。
进入工具转录因子靶基因
从 TF 或家族出发查询候选靶基因和调控网络线索。
进入工具蛋白关联网络
按基因展示来自现有候选 PPI 数据库的邻接网络图、证据表和完整结果下载；不代表实验证实的物理互作。
进入工具 运行网络示例共表达
按当前可用的 OH-1004 数据集查询候选共表达伙伴；TKU 统一模型尚未接入。
进入工具橡胶/萜类/异戊二烯代谢
橡胶合成相关代谢通路及候选基因查询。
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