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公共表达完整矩阵与复现材料

Coverage、FPKM、TPM 各含 98,473 个固定重建位点和 109 个公共 RNA-seq Run;提供完整矩阵、样本来源、固定模型、校验值与核验/重建脚本。

查看完整矩阵与复现材料 下载完整复核包 ZIP TK1151 参考转录组组装与定量

支持处理后数据复核与从 StringTie 输出重建矩阵。本轮未重跑原始 RNA-seq;不同研究的样本不能直接视作同一组生物学重复。

下载与引用

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公开文件

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OH-1004 / OSU_TarKok_2.0 基因组 FASTA

参考基因组 · 357335789 字节

OH-1004 / OSU_TarKok_2.0 基因组 FASTA,来自 NCBI Assembly GCA_047496595.1。

数据来源: NCBI Assembly GCA_047496595.1 · GCA_047496595.1

当前 NCBI Datasets 组装页未列出关联论文;此处仅展示原始组装 accession 和来源页。

镜像文件: RubberDandelion_OSU_TarKok_2.0_genome.fna.gz

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OH-1004 / OSU_TarKok_2.0 基因结构注释

基因结构注释 · 7820060 字节

OH-1004 / OSU_TarKok_2.0 GFF3 基因结构注释。

数据来源: NCBI Assembly GCA_047496595.1 · GCA_047496595.1

当前 NCBI Datasets 组装页未列出关联论文;此处仅展示原始组装 accession 和来源页。

镜像文件: RubberDandelion_OSU_TarKok_2.0_genome.gff.gz

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OH-1004 / OSU_TarKok_2.0 CDS FASTA

CDS 序列 · 16072519 字节

OH-1004 / OSU_TarKok_2.0 CDS FASTA。

数据来源: NCBI Assembly GCA_047496595.1 · GCA_047496595.1

当前 NCBI Datasets 组装页未列出关联论文;此处仅展示原始组装 accession 和来源页。

镜像文件: RubberDandelion_OSU_TarKok_2.0_cds.fna.gz

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OH-1004 / OSU_TarKok_2.0 蛋白 FASTA

蛋白序列 · 8875630 字节

OH-1004 / OSU_TarKok_2.0 蛋白 FASTA。

数据来源: NCBI Assembly GCA_047496595.1 · GCA_047496595.1

当前 NCBI Datasets 组装页未列出关联论文;此处仅展示原始组装 accession 和来源页。

镜像文件: RubberDandelion_OSU_TarKok_2.0_protein.faa.gz

SHA-256: 36e25dc8b0692de06ab0bad353f6541a84d75bc9b2175949c90fa950322daadf

TKS / GWHAAAA00000000 旧版 CDS FASTA

旧版参考序列 · 18335596 字节

GWHAAAA00000000 旧版 CDS FASTA,用于旧 ID 桥接和历史数据对照。

数据来源: GWH GWHAAAA00000000 · GWHAAAA00000000

原论文: Genome analysis of Taraxacum kok-saghyz Rodin provides new insights into rubber biosynthesis · Lin T.; Xu X.; Ruan J.; Liu S.; Wu S.; Shao X.; Wang X.; Gan L.; Qin B.; Yang Y.; et al. · National Science Review (2018) · DOI: 10.1093/nsr/nwx101 · 论文页面

该论文发表的是 TKS line 1151 草图基因组资源;本页文件用于旧 ID 桥接和历史数据对照。

镜像文件: RubberDandelion_GWHAAAA00000000_CDS.fasta.gz

SHA-256: 5e809f96f270e1f6aa75bb17a981fff6e7957a902653d97c2f506243e72e1570

TKS / GWHAAAA00000000 旧版蛋白 FASTA

旧版参考序列 · 12995401 字节

GWHAAAA00000000 旧版蛋白 FASTA,用于旧 ID 桥接和历史数据对照。

数据来源: GWH GWHAAAA00000000 · GWHAAAA00000000

原论文: Genome analysis of Taraxacum kok-saghyz Rodin provides new insights into rubber biosynthesis · Lin T.; Xu X.; Ruan J.; Liu S.; Wu S.; Shao X.; Wang X.; Gan L.; Qin B.; Yang Y.; et al. · National Science Review (2018) · DOI: 10.1093/nsr/nwx101 · 论文页面

该论文发表的是 TKS line 1151 草图基因组资源;本页文件用于旧 ID 桥接和历史数据对照。

镜像文件: RubberDandelion_GWHAAAA00000000_protein.faa.gz

SHA-256: 689f29e17896dabe4847c5536a7bca5ece4ae0a9268c4856fbfb11d64febd0ee

盐胁迫原始FPKM矩阵

本课题组表达数据 · 5354712 字节

本课题组K445盐胁迫原始FPKM矩阵;根和叶,0、100、200 mM NaCl,处理30天后取样。相关研究:Cao等(2026),DOI 10.1016/j.indcrop.2026.124253

数据来源: Authors' research team

相关课题组研究:Cao等(2026);K445材料及文献关联由数据提供者确认;公共测序登录号未提供。

镜像文件: RubberDandelionOmics_salt_stress_FPKM_original.xlsx

SHA-256: eb7f6752ea567a16cee2dfdf2917e1a6b13e1beaf8970f7c51323d8d2b1b48c5

数据与软件来源补充表

按类别列出原始数据来源、下载地址、软件出处、对应论文及派生文件校验值。历史初始校验值、论文关系或版本未确认的条目均明确标注。

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