关于 RubberDandelionOmics
本站面向全球橡胶草研究者，提供基因组、多组学证据和天然橡胶生物合成候选基因查询；各页面标注数据来源与证据边界。
证据边界
同源、结构域、TF、PPI、共表达和候选通路均属于数据库或计算证据，除非来源明确标注为实验验证，否则不写成已验证机制。
活动模块及辅助来源层
| 数据层 | 用途 | 参考/方法 | 层内基因数 | 记录数 | 范围 |
|---|---|---|---|---|---|
| TK1151 TF 家族候选目录 | 活动模块 | TK1151 / Pfam family rules | 1667 | 1701 | 活动 TF 页面使用的家族候选分配；记录与基因分别计数 |
| TK1151 motif 同源映射 | 活动模块 | TK1151 / BLAST residue-coordinate coverage | 786 | 1941 | 覆盖率已按残基端点重算；同源候选不是直接结合验证 |
| TK1151 具体 TF-motif 候选 | 活动模块 | TK1151 / Motif-specific homology | 951 | 3725 | 具体 TF 与 motif 关联的活动查询来源 |
| OH1004 LocPro 直接定位预测 | 活动模块 | OH1004 / LocPro | 39092 | 195460 | 预测记录可能含多个位置，基因数不等于记录数 |
| TK1151 LocPro 直接定位预测 | 活动模块 | TK1151 / LocPro | 45209 | 226045 | 预测记录可能含多个位置，基因数不等于记录数 |
| 活动共表达查询缓存 | 活动模块 | dataset-specific / Pearson correlation | — | 216000 | 每个查询、每个数据集缓存前 200 名；使用各数据集参考和单位；TK1151 StringTie 临时 STRG 与歧义记录已隔离 |
| 候选网络 · coexpression_predicted | 活动模块 | TK1151 official-ID mapped / coexpression_predicted | 20082 | 257434 | 层内去重基因数；证据层之间不能相加计为独立互作。pending 是候选任务，尚无完成的结构模型。 |
| 候选网络 · domain_compatibility_predicted | 活动模块 | TK1151 official-ID mapped / domain_compatibility_predicted | 3077 | 660897 | 层内去重基因数；证据层之间不能相加计为独立互作。pending 是候选任务，尚无完成的结构模型。 |
| 候选网络 · orthology_transferred | 活动模块 | TK1151 official-ID mapped / orthology_transferred | 9905 | 140185 | 层内去重基因数；证据层之间不能相加计为独立互作。pending 是候选任务，尚无完成的结构模型。 |
| 候选网络 · pathway_co_membership | 活动模块 | TK1151 official-ID mapped / pathway_co_membership | 3961 | 20000 | 层内去重基因数；证据层之间不能相加计为独立互作。pending 是候选任务，尚无完成的结构模型。 |
| 候选网络 · rubber_biosynthesis_co_membership | 活动模块 | TK1151 official-ID mapped / rubber_biosynthesis_co_membership | 99 | 1666 | 层内去重基因数；证据层之间不能相加计为独立互作。pending 是候选任务，尚无完成的结构模型。 |
| 候选网络 · structure_prediction | 活动模块 · pending | TK1151 official-ID mapped / structure_prediction | 45 | 50 | 层内去重基因数；证据层之间不能相加计为独立互作。pending 是候选任务，尚无完成的结构模型。 |
| 候选网络 · subcellular_compatibility | 活动模块 | TK1151 official-ID mapped / subcellular_compatibility | 20643 | 416477 | 层内去重基因数；证据层之间不能相加计为独立互作。pending 是候选任务，尚无完成的结构模型。 |
| core_gene | 活动模块 | See scope / See scope | — | 39103 | OSU_TarKok_2.0 核心基因坐标与别名解析 |
| id_alias | 活动模块 | See scope / See scope | — | 78206 | 全站统一 ID/别名解析 |
| function_description | 活动模块 | See scope / See scope | — | 39103 | GFF 与同源转移整合的基因功能描述 |
| GO_annotation | 活动模块 | See scope / See scope | — | 335702 | Swiss-Prot 证据转移 GO 注释 |
| KEGG_annotation | 活动模块 | See scope / See scope | — | 86325 | Swiss-Prot 证据转移 KEGG/KO 注释 |
| rubber_biosynthesis | 活动模块 | See scope / See scope | — | 5523 | 天然橡胶、MVA/MEP、异戊二烯与萜类候选基因 |
| expression_atlas | 活动模块 | See scope / See scope | — | 37578919 | 独立统一模型 v4：109 样本、98,473 固定 TKU 基因，TPM/FPKM/Coverage 分开发布；OH1004 与文献原始数据独立保留，旧 TK1151 值已隔离，禁止回填。 |
| expression_sample | 活动模块 | See scope / See scope | — | 578 | 样品元数据目录；部分记录缺少表达单位或完整实验设计，须查看具体数据集 |
| tissue_expression_FPKM | 活动模块 | See scope / See scope | — | 51844 | 自育品系昭苏的 8 类组织、各 3 个样本基因 FPKM；采样阶段与公共库登录号未提供 |
| PMID30514210_expression | 活动模块 | See scope / See scope | — | 46749 | 已发表补充表的 contig 级 RPKM 矩阵 |
| proteome | 活动模块 | See scope / See scope | — | 9040 | PXD011773 蛋白组证据表 |
| homology | 活动模块 | See scope / See scope | — | 121540 | Swiss-Prot DIAMOND/BLASTP 同源命中 |
| domain_pfam | 活动模块 | See scope / See scope | — | 71718 | Pfam-A hmmscan 显著结构域 |
| subcellular | 辅助/历史来源 | See scope / Source layer | — | 20082 | 辅助/历史来源层，非活动模块的完整覆盖统计；Swiss-Prot 同源转移亚细胞定位候选 |
| tf_prediction | 辅助/历史来源 | See scope / Source layer | — | 313 | 辅助/历史来源层，非活动模块的完整覆盖统计；保守 Pfam 结构域 TF 家族候选 |
| ppi_association | 辅助/历史来源 | See scope / Source layer | — | 500000 | 辅助/历史来源层，非活动模块的完整覆盖统计；拟南芥 STRING 同源转移蛋白关联候选 |
| coexpression | 辅助/历史来源 | See scope / Source layer | — | 736025 | 辅助/历史来源层，非活动模块的完整覆盖统计；PRJNA745038 表达矩阵预计算共表达边 |
| reference_gene_catalog | 活动模块 | See scope / See scope | — | 85281 | TK1151 与 OH-1004 GFF 基因目录 |
| id_converter_map | 活动模块 | See scope / See scope | — | 84884 | TK1151-OH1004 基因级 RBH ID 对照记录 |
| synteny_block | 活动模块 | See scope / See scope | — | 427 | TK1151-OH1004 坐标锚点共线性区块；与 ID 对照记录分开计数 |
| resequencing_CRA009020 | 活动模块 | See scope / See scope | — | 129 | GSA CRA009020 的 129 个配对 WGS Run 元数据、MD5 与 GSA 官方直链；本站不镜像原始 FASTQ |
| gene_variants_CRA009020 | 活动模块 | See scope / See scope | — | — | CRA009020 的 OH1004/TK1151 双参考基因体内 PASS SNP/Indel 候选，129 样本；按基因检索，全库记录数未实时扫描，两套参考不能合并计为独立位点 |
引用数据
使用本站结果时，请报告所查询的数据层、基因或样本 ID、参考版本、访问日期和本站网址；同时引用对应的原始数据登录号及原论文。各下载条目的原始来源见下载与引用。 下载与引用
联系方式
张龑（Yan Zhang） · yyd19@xaas.ac.cn
数据与软件来源补充表
按类别列出原始数据来源、下载地址、软件出处、对应论文及派生文件校验值。历史初始校验值、论文关系或版本未确认的条目均明确标注。