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RubberDandelionOmics ·

橡胶草多组学网站

面向全球橡胶草研究者,提供 Taraxacum kok-saghyz 基因组、ID 对照、蛋白组证据、公开 RNA-seq 样本目录和天然橡胶生物合成候选基因检索。

开发单位新疆自治区农业科学研究院作物研究所
乌鲁木齐蒲仲情农业科技有限公司
开发团队种质资源团队
联系方式张龑(Yan Zhang)
yyd19@xaas.ac.cn

基因卡片

通过基因 ID 或关键词查询基因基本信息、序列与注释。

BLAST

支持 15 bp 引物级短序列、CDS、蛋白和 gDNA 比对,可选择 OH-1004 或 TK1151 参考版本。

JBrowse 基因组浏览器

可视化浏览基因组结构、基因模型与当前基因上下文。

转录组数据查询

先选择数据集,再查询组织或处理条件下的表达量、重复样本及统计图。

基因注释

提供 Swiss-Prot、GO、KEGG 与功能描述等多维度注释查询。

同源/共线性证据

跨参考基因组查看同源关系与共线性区块证据。

转录因子结合位点预测

按基因上游 4000 bp 或提交 DNA 序列预测 motif 支持的候选结合位点。

转录因子靶基因

从 TF 或家族出发查询候选靶基因和调控网络线索。

蛋白结构域 / Pfam

查看蛋白功能结构域、命中位置和可信度。

亚细胞定位

查询本物种蛋白定位预测结果和辅助同源证据。

共表达

按当前可用的 OH-1004 数据集查询候选共表达伙伴;TKU 统一模型尚未接入。

蛋白关联网络

按基因展示来自现有候选 PPI 数据库的邻接网络图、证据表和完整结果下载;不代表实验证实的物理互作。

蛋白组证据

先选数据集,再按基因查看蛋白组定量、样本强度和版本桥接。

橡胶/萜类/异戊二烯代谢

橡胶合成相关代谢通路及候选基因查询。

ID 对照

查看不同参考基因组的基因级对应关系及映射类别。

同源重组引物设计

浏览器端识别常用酶切位点,按载体和插入片段生成带同源臂的 PCR 引物。

CRISPR 编辑靶点设计

按基因 ID、CDS、cDNA 或 DNA 序列快速筛选 SpCas9 NGG 靶点,并按公开序列规则评分;不生成载体引物。

qRT-PCR 引物设计

按基因 ID、cDNA 或 CDS 生成 qRT-PCR 引物,并标记同源 CDS 3′ seed 风险。

基因变异查询

查询 CRA009020 双参考基因组的 PASS SNP/Indel、基因区间位点及 129 个样本的携带情况;结果为计算候选。

工具导航

按用途查找查询、网络和序列设计工具,并运行真实数据示例。

下载与引用

获取公开数据下载、来源说明和引用信息。

已发表 QTL

浏览天然橡胶含量的6个已发表家系QTL、原始表型与区间基因。

GWAS · GLM / MLM

天然橡胶含量的F1家系GLM/MLM全基因组关联与结果下载。