RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G164080
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 42852554-42856744 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3471 bp · TkA08G164080|TK1151|cDNA

CAAGCAGTCCCCACCACTTCCCCACACTTTTTTCATTTTCCGTTCCTAATTTCCCTCTGCTTTTCTTTTATTTTACATATTTCTCCGCCGTCCCTAAATCTCTCTCTCTCACTACATCTCAGTGGTGGTTACGTTCTTCTCATTTCTGACTCCAGCACGTGGGCTGTTGTTGTTCGGATCCATGGATATGTTGGTCACTTGCTTCATGATTCCGGTAATGTAAAGAGACGATGCCGATATTTGATGTTACCATTAAGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2787 bp · TkA08G164080|TK1151|CDS

ATGGAGGCTAGATTTGGGGAAAATCCTCATCATTACTATGGCCCAGTGGTGTCCGATTTGAAGGCTGTCGGCAAGAGAACAATGGAGTGGGATTTAAACGACTGGAAATGGGACGCCGATCTGTTTACCGCCACTCCATCTAAACAACTCTTTCCAGTTACATCCGAACTCGATACAAACACAGGTGTGTCTAACACCTCTTCATCTTGTTCTGTCGAAATCAATCTCCAAAACCAGAAAGAGAAGAGGGAGTTGGAGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

928 aa · TkA08G164080|TK1151|PROTEIN

MEARFGENPHHYYGPVVSDLKAVGKRTMEWDLNDWKWDADLFTATPSKQLFPVTSELDTNTGVSNTSSSCSVEINLQNQKEKRELEKKRRVIVLDEEEFCGEESGALNLKLGGQVYPITEEEADRWDMKTGKKTKVAGTTSNRAVCQVDDCRTDLSNAKDYHRRHKVCELHSKATKALVMNVMQRFCQQCSRFHVLQEFDEGKRSCRRRLAGHNRRRRKTHPENTGNGVSLNDEHGSSYLLISLLRILTNTQSNTSDQKN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G164080
TK1151 IDTkA08G164080
OH-1004 IDLXL04_015343
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)65.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G164080
位置Chr08:42852554-42856744 (+)
描述Similar to SPL12: Squamosa promoter-binding-like protein 12
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: Q9SMX9 与 AP1 启动子的共有核苷酸序列 5'-TNCGTACAA-3' 特异性结合的反式作用因子。 暂无已核实直接文献
At3g60030 与共有核苷酸序列 5'-TNCGTACAA-3' 特异性结合的反式作用因子。
An Arabidopsis SBP-domain fragment with a disrupted C-terminal zinc-binding site retains its tertiary structure.2006 · DOI: 10.1016/j.febslet.2006.03.014

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0833300 与共有核苷酸序列 5'-TNCGTACAA-3' 特异性结合的反式作用因子。 暂无已核实直接文献
Os01g0292900 与共有核苷酸序列 5'-TNCGTACAA-3' 特异性结合的反式作用因子。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2YX04 与共有核苷酸序列 5'-TNCGTACAA-3' 特异性结合的反式作用因子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015343 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0001216 DNA-binding transcription activator activity 分子功能
GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G47070
ath:AT3G60030
dosa:Os01g0292900
dosa:Os03g0833300
dosa:Os08g0513700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.520
排名 1 · TkA08G164080 · TK1151
细胞质0.295
排名 2 · TkA08G164080 · TK1151
细胞膜0.111
排名 3 · TkA08G164080 · TK1151
内质网0.081
排名 4 · TkA08G164080 · TK1151
线粒体0.079
排名 5 · TkA08G164080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18721CxC6138-162 aa
PF03110SBP146-219 aa
PF18721CxC6165-189 aa
PF00023Ank259-273 aa
PF26102Ig_SPL7517-628 aa
PF13637Ank_4578-586 aa
PF13606Ank_3726-747 aa
PF13637Ank_4727-781 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G164080PF18721CxC61381620.6111.1
TkA08G164080PF03110SBP1462197.1e-30103.9
TkA08G164080PF18721CxC61651890.6111.1
TkA08G164080PF00023Ank2592734.1e-0524.4
TkA08G164080PF26102Ig_SPL75176288.8e-35120.0
TkA08G164080PF13637Ank_45785869.1e-0626.6
TkA08G164080PF13606Ank_37267474.3e-0524.3
TkA08G164080PF13637Ank_47277819.1e-0626.6
TkA08G164080PF12796Ank_27278229.6e-0626.8
TkA08G164080PF00023Ank7277444.1e-0524.4
TkA08G164080PF13857Ank_57277470.003518.4
TkA08G164080PF13857Ank_57637760.003518.4
TkA08G164080PF00023Ank7647844.1e-0524.4
TkA08G164080PF13606Ank_37647854.3e-0524.3
TkA08G164080PF13637Ank_47768219.1e-0626.6
TkA08G164080PF13857Ank_58008110.003518.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SMX9拟南芥sp|Q9SMX9|SPL1_ARATH Squamosa promoter-binding-like protein 150.200%Swiss-Prot高置信
Q9S7P5拟南芥sp|Q9S7P5|SPL12_ARATH Squamosa promoter-binding-like protein 1249.200%Swiss-Prot中等置信
Q75LH6水稻sp|Q75LH6|SPL6_ORYSJ Squamosa promoter-binding-like protein 639.900%Swiss-Prot中等置信
Q9LGU7水稻sp|Q9LGU7|SPL1_ORYSJ Squamosa promoter-binding-like protein 137.700%Swiss-Prot中等置信
A2YX04水稻sp|A2YX04|SPL15_ORYSI Squamosa promoter-binding-like protein 1530.300%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看