LXL04_015343 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015343

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 69041822-69046058 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2778 bp · LXL04_015343|LXL04_015343|OH1004|cDNA

ATGGAGGCTAGATTTGGGGGAAATCCCCATCATTATTACGGCCCAGTGGTGCCGGAATTGAATTCTGTCGGAAAGAGAACCATGGAATGGGATTTAAACGACTGGAAATGGGACGGCGATCTATTTACAGCCACTCCACTCAACACAATTCCATCCGATTGCAGAAACAGACAATTATTCCCCGTTACATCAGGGGGTTCTTCTTCTTGCTCAGATGAAGGAAAGAGGGAACTAGAAAAAAGGAGAAGGGTCGTGGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2778 bp · LXL04_015343|LXL04_015343|OH1004|CDS

ATGGAGGCTAGATTTGGGGGAAATCCCCATCATTATTACGGCCCAGTGGTGCCGGAATTGAATTCTGTCGGAAAGAGAACCATGGAATGGGATTTAAACGACTGGAAATGGGACGGCGATCTATTTACAGCCACTCCACTCAACACAATTCCATCCGATTGCAGAAACAGACAATTATTCCCCGTTACATCAGGGGGTTCTTCTTCTTGCTCAGATGAAGGAAAGAGGGAACTAGAAAAAAGGAGAAGGGTCGTGGTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

925 aa · LXL04_015343|LXL04_015343|OH1004|PROTEIN

MEARFGGNPHHYYGPVVPELNSVGKRTMEWDLNDWKWDGDLFTATPLNTIPSDCRNRQLFPVTSGGSSSCSDEGKRELEKRRRVVVLDEDNEVGGLNLNLGGQVYPVTEDDLERWEGKSGKKTKIAGSSNRAVCQVDDCQTDLTGAKDYHRRHKVCNFHSKATKALVANVLQRFCQQCSRFHALEEFDEGKRSCRRRLAGHNRRRRKTHPENTVNGVSLNDEKSCSYLLVSLLRILSNLQSNNSEQNKDQDLLTHLLKNI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015343`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015343

位置 Chr03:69041822-69046058 (+)

描述 Similar to SPL12: Squamosa promoter-binding-like protein 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g60030`	与共有核苷酸序列 5'-TNCGTACAA-3' 特异性结合的反式作用因子。	An Arabidopsis SBP-domain fragment with a disrupted C-terminal zinc-binding site retains its tertiary structure.2006 · DOI: 10.1016/j.febslet.2006.03.014
`UniProt: Q9SMX9`	与 AP1 启动子的共有核苷酸序列 5'-TNCGTACAA-3' 特异性结合的反式作用因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0833300`	与共有核苷酸序列 5'-TNCGTACAA-3' 特异性结合的反式作用因子。	暂无已核实直接文献
`Os01g0292900`	与共有核苷酸序列 5'-TNCGTACAA-3' 特异性结合的反式作用因子。	暂无已核实直接文献
`Os08g0513700`	与共有核苷酸序列 5'-TNCGTACAA-3' 特异性结合的反式作用因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015343 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0001216 DNA-binding transcription activator activity 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47070

ath:AT3G60030

dosa:Os01g0292900

dosa:Os03g0833300

dosa:Os08g0513700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.681

排名 1 · LXL04_015343 · OH-1004

细胞质0.216

排名 2 · LXL04_015343 · OH-1004

细胞膜0.128

排名 3 · LXL04_015343 · OH-1004

内质网0.094

排名 4 · LXL04_015343 · OH-1004

高尔基体0.038

排名 5 · LXL04_015343 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03110.20SBP134-207 aa

PF26102.1Ig_SPL7504-607 aa

PF12796.14Ank_2711-820 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015343	`PF03110.20`	SBP	134	207	6.2e-30	104.0
LXL04_015343	`PF26102.1`	Ig_SPL7	504	607	6.8e-37	126.8
LXL04_015343	`PF12796.14`	Ank_2	711	820	2.1e-06	28.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S7P5`	拟南芥	Squamosa promoter-binding-like protein 12	47.035%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SMX9`	拟南芥	Squamosa promoter-binding-like protein 1	48.079%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q75LH6`	水稻	Squamosa promoter-binding-like protein 6	40.631%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LGU7`	水稻	Squamosa promoter-binding-like protein 1	38.717%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6Z8M8`	水稻	Squamosa promoter-binding-like protein 15	32.949%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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