TkA08G063610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G063610

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 16261096-16266889 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4391 bp · TkA08G063610|TK1151|cDNA

CGTAACTTCACCTTTCTTCTTCTTCCTCAAACATATTTTCATTTCCCGCTCCTGTATAGCCTTTCAAAATCTCCTTTTTTCAAATCAAGCACACACAGACATCTCATTTCTCTCTTCACTGGACTCACCACATGGCTACGCCGTTCGTGTTTCCGCAAAACCTAATCGCCCTTGAAGAAGACTCCGGCGACGACGCCGGTCATCTATCCGTACAAAATCTCACCTCAATTTCATCTCTCCGGGCTTCAGATCTCGAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

4032 bp · TkA08G063610|TK1151|CDS

ATGGCTACGCCGTTCGTGTTTCCGCAAAACCTAATCGCCCTTGAAGAAGACTCCGGCGACGACGCCGGTCATCTATCCGTACAAAATCTCACCTCAATTTCATCTCTCCGGGCTTCAGATCTCGAAGAATTCGTCAAAGGCGTGTCATTTGATTTGTCCGACAAAGAGCTGTTTTGTGTCGAAGAACAAGAAATATTCGACCGGATTTACTCATTGGTTAAGTGTTTTGGTAACCTAACTCCTGGTTGTAAGCTGAATAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1343 aa · TkA08G063610|TK1151|PROTEIN

MATPFVFPQNLIALEEDSGDDAGHLSVQNLTSISSLRASDLEEFVKGVSFDLSDKELFCVEEQEIFDRIYSLVKCFGNLTPGCKLNIVESLRSNFSVLLPNIDSLFRAPASPTSEVRESDDGGRIFERISSHRNAFKIYTFFLIHVVLAQESTSASSNTTKVPPSNRKKQLSNSWNWEAQRGRILNLIANSLEINLSSLFGSSDPDENYLSFLVRNTLSMFENPTLLKDSDTKEALCRIIGTCATKYHYLAQSCASILHI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G063610`
TK1151 ID	TkA08G063610
OH-1004 ID	LXL04_018482
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 38.561 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G063610

位置 Chr08:16261096-16266889 (-)

描述 Similar to TY3B-I: Transposon Ty3-I Gag-Pol polyprotein (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57060`	必需蛋白。	The Arabidopsis CAP-D proteins are required for correct chromatin organisation, growth and fertility.2013 · DOI: 10.1007/s00412-013-0424-y The condensin complexes play distinct roles to ensure normal chromosome morphogenesis during meiotic division in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12628

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018482 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0007076 mitotic chromosome condensation 生物过程

GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程

GO:0000779 condensed chromosome, centromeric region 细胞组分

GO:0000796 condensin complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G57060

sce:YGR109W-B

sce:YIL082W-A

spo:2542672

spo:2542797

spo:2543673

spo:3361218

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.874

排名 1 · TkA08G063610 · TK1151

细胞质0.203

排名 2 · TkA08G063610 · TK1151

细胞膜0.022

排名 3 · TkA08G063610 · TK1151

高尔基体0.019

排名 4 · TkA08G063610 · TK1151

线粒体0.018

排名 5 · TkA08G063610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12922Cnd1_N83-251 aa

PF01602Adaptin_N228-259 aa

PF13646HEAT_2231-270 aa

PF12719Cnd3301-323 aa

PF25786HEAT_GCN1_C309-361 aa

PF20168PDS5311-447 aa

PF25786HEAT_GCN1_C342-441 aa

PF10363RTP1_C1359-413 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G063610	`PF12922`	Cnd1_N	83	251	2.8e-35	122.3
TkA08G063610	`PF01602`	Adaptin_N	228	259	0.00081	18.8
TkA08G063610	`PF13646`	HEAT_2	231	270	0.46	11.5
TkA08G063610	`PF12719`	Cnd3	301	323	0.00071	19.6
TkA08G063610	`PF25786`	HEAT_GCN1_C	309	361	0.54	11.0
TkA08G063610	`PF20168`	PDS5	311	447	5.2e-08	31.9
TkA08G063610	`PF25786`	HEAT_GCN1_C	342	441	0.54	11.0
TkA08G063610	`PF10363`	RTP1_C1	359	413	0.11	13.3
TkA08G063610	`PF12765`	Cohesin_HEAT	377	395	0.00097	20.2
TkA08G063610	`PF13646`	HEAT_2	382	401	0.46	11.5
TkA08G063610	`PF02985`	HEAT	383	410	3.7e-06	27.4
TkA08G063610	`PF01602`	Adaptin_N	388	452	0.00081	18.8
TkA08G063610	`PF12765`	Cohesin_HEAT	427	445	0.00097	20.2
TkA08G063610	`PF22928`	INTS1_R4	427	472	0.0054	17.4
TkA08G063610	`PF12717`	Cnd1	429	454	1.1e-52	179.1
TkA08G063610	`PF02985`	HEAT	429	451	3.7e-06	27.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A0A1I9LM04`	拟南芥	sp\|A0A1I9LM04\|CNDD2_ARATH Condensin-1 complex subunit CAP-D2	68.000%	Swiss-Prot	高置信

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