LXL04_018482 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018482

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 13588465-13604887 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

10428 bp · LXL04_018482|LXL04_018482|OH1004|cDNA

ATGGCTACGCCGTTCGTGTTTCCGCAAAACCTAATCGCCCTTGAAGAAGACTCCGGCGACGACGCCGGTCATCTATCCGTACAAAATCTCACCTCAATTTCATCTCTCCGGGCTTCAGATCTCGAAGAATTCGTCAAAGGCGTGTCATTTGATTTGTCCGACAAAGAGCTGTTTTGTGTCGAAGAACAAGAAATATTCGACCGGATTTACTCATTGGTTAAGTGTTTTGGTAACCTAACTCCTGGTTGTAAGCTGAATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

10428 bp · LXL04_018482|LXL04_018482|OH1004|CDS

ATGGCTACGCCGTTCGTGTTTCCGCAAAACCTAATCGCCCTTGAAGAAGACTCCGGCGACGACGCCGGTCATCTATCCGTACAAAATCTCACCTCAATTTCATCTCTCCGGGCTTCAGATCTCGAAGAATTCGTCAAAGGCGTGTCATTTGATTTGTCCGACAAAGAGCTGTTTTGTGTCGAAGAACAAGAAATATTCGACCGGATTTACTCATTGGTTAAGTGTTTTGGTAACCTAACTCCTGGTTGTAAGCTGAATAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3475 aa · LXL04_018482|LXL04_018482|OH1004|PROTEIN

MATPFVFPQNLIALEEDSGDDAGHLSVQNLTSISSLRASDLEEFVKGVSFDLSDKELFCVEEQEIFDRIYSLVKCFGNLTPGCKLNIVESLRSNFSVLLPNIDSLFRAPASPTSEERESDDGGRIFERISSHRNAFKIYTFFLIHVVLAQESTSASSNTTKVPPSNRKKQLSNSWNWEAQRGRILNLIANSLEINLSSLFGSSDPDENYLSFLVRDTLSMFENPTLLKDSDTKEALCRIIGTCATKYHYLAQSCASILHI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018482`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018482

位置 Chr04:13588465-13604887 (-)

描述 Similar to TY3B-I: Transposon Ty3-I Gag-Pol polyprotein (Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57060`	必需蛋白。	The Arabidopsis CAP-D proteins are required for correct chromatin organisation, growth and fertility.2013 · DOI: 10.1007/s00412-013-0424-y The condensin complexes play distinct roles to ensure normal chromosome morphogenesis during meiotic division in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12628

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018482 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0007076 mitotic chromosome condensation 生物过程

GO:0010032 meiotic chromosome condensation 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程

GO:0000779 condensed chromosome, centromeric region 细胞组分

GO:0000796 condensin complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G57060

sce:YGR109W-B

sce:YIL082W-A

spo:2542672

spo:2542797

spo:2543673

spo:3361218

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.505

排名 1 · LXL04_018482 · OH-1004

细胞质0.496

排名 2 · LXL04_018482 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 3 · LXL04_018482 · OH-1004

线粒体0.051

排名 4 · LXL04_018482 · OH-1004

内质网0.044

排名 5 · LXL04_018482 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12922.14Cnd1_N83-251 aa

PF20168.5PDS5977-1207 aa

PF12717.14Cnd1978-1137 aa

PF00078.33RVT_11384-1625 aa

PF19259.5Ty3_capsid2051-2218 aa

PF03732.25PEG10_N-capsid2056-2127 aa

PF08284.17RVP_22371-2494 aa

PF30863.1PRO_PEG10-RTL12403-2488 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018482	`PF12922.14`	Cnd1_N	83	251	4.4e-34	118.4
LXL04_018482	`PF20168.5`	PDS5	977	1207	1.8e-06	26.8
LXL04_018482	`PF12717.14`	Cnd1	978	1137	1e-51	175.9
LXL04_018482	`PF00078.33`	RVT_1	1384	1625	1.8e-72	244.1
LXL04_018482	`PF19259.5`	Ty3_capsid	2051	2218	1.1e-09	38.7
LXL04_018482	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	2056	2127	6.9e-07	30.2
LXL04_018482	`PF08284.17`	RVP_2	2371	2494	3.3e-24	85.9
LXL04_018482	`PF30863.1`	PRO_PEG10-RTL1	2403	2488	1.3e-08	35.9
LXL04_018482	`PF00078.33`	RVT_1	2596	2755	1.8e-72	244.1
LXL04_018482	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	2819	2913	5.4e-29	100.9
LXL04_018482	`PF17917.8`	RT_RNaseH	2847	2943	8.4e-33	113.4
LXL04_018482	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	3034	3087	2.3e-16	60.4
LXL04_018482	`PF00665.33`	rve	3112	3203	3.6e-07	31.1
LXL04_018482	`PF31073.1`	DUF8803	3327	3394	3.6e-07	30.6
LXL04_018482	`PF24626.2`	SH3_Tf2-1	3330	3394	2.9e-27	95.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A0A1I9LM04`	拟南芥	Condensin-1 complex subunit CAP-D2	68.078%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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