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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G084110
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 21996253-21998373 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2121 bp · TkA07G084110|TK1151|cDNA

ATGGCTTCCACTTTCTTCACTGCGAATTCATTAGACCTAAAACATCATCACAACCAAATCCCCTTCACCTTCACCTTCAGTTCTCCAAAAAGAACAAAGAAATCGCCGTTTTTCTACTGCAATTCCTCCAAATCATCACCGAAACCACCAATTCCAGACCTATCGGAAGACCCCAAGAAACAGAACCCTTCTTTAGCTGATCAACTCAAAACCTTATCCACAACAACCCTCTCAGATTCTCCACAAAAAACCGCTCAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2121 bp · TkA07G084110|TK1151|CDS

ATGGCTTCCACTTTCTTCACTGCGAATTCATTAGACCTAAAACATCATCACAACCAAATCCCCTTCACCTTCACCTTCAGTTCTCCAAAAAGAACAAAGAAATCGCCGTTTTTCTACTGCAATTCCTCCAAATCATCACCGAAACCACCAATTCCAGACCTATCGGAAGACCCCAAGAAACAGAACCCTTCTTTAGCTGATCAACTCAAAACCTTATCCACAACAACCCTCTCAGATTCTCCACAAAAAACCGCTCAATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

706 aa · TkA07G084110|TK1151|PROTEIN

MASTFFTANSLDLKHHHNQIPFTFTFSSPKRTKKSPFFYCNSSKSSPKPPIPDLSEDPKKQNPSLADQLKTLSTTTLSDSPQKTAQLLTKPKSIWVNPTKPRPSVLNLQRQKRTSYSYNPQIRDLKLFSKKLNDCENNEDAFLKVLEEIPHPPTRENALLVLNSLKPWEKAMFFFNWLKTQDSFPMETIFYNVTMKSLRFGRQFQLIEDLANEMISNGVQLDNITYSTIITCAKRSNLFDKAVEWFERMYKTGLMPDEVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G084110
TK1151 IDTkA07G084110
OH-1004 IDLXL04_009969
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)47.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 86.827 / OH-1004 73.697
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G084110
位置Chr07:21996253-21998373 (+)
描述Similar to P67: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g16390, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g46580 含五肽重复的蛋白 At5g46580，叶绿体型。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0215900 参与叶绿体ATP合酶亚基的翻译和积累。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009969 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0010019 chloroplast-nucleus signaling pathway 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0031930 mitochondria-nucleus signaling pathway 生物过程
GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程
GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程
GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0000166 nucleotide binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G31400
ath:AT4G16390
ath:AT5G46580
dosa:Os03g0215900
osa:4332063
zma:100191483
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.522
排名 1 · TkA07G084110 · TK1151
线粒体0.397
排名 2 · TkA07G084110 · TK1151
细胞核0.058
排名 3 · TkA07G084110 · TK1151
细胞质0.032
排名 4 · TkA07G084110 · TK1151
细胞膜0.011
排名 5 · TkA07G084110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N108-142 aa
PF13041PPR_2168-179 aa
PF13041PPR_2188-232 aa
PF01535PPR191-219 aa
PF17177PPR_long201-285 aa
PF19189Mtf2202-227 aa
PF29070MSC6_N203-246 aa
PF28753RMD9_N205-249 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G084110PF29070MSC6_N1081422e-1867.4
TkA07G084110PF13041PPR_21681792.5e-52175.5
TkA07G084110PF13041PPR_21882322.5e-52175.5
TkA07G084110PF01535PPR1912191.6e-44147.7
TkA07G084110PF17177PPR_long2012851.9e-2383.7
TkA07G084110PF19189Mtf22022272.1e-0628.3
TkA07G084110PF29070MSC6_N2032462e-1867.4
TkA07G084110PF28753RMD9_N2052492.8e-0524.8
TkA07G084110PF13812PPR_32112691.8e-36124.7
TkA07G084110PF23276TPR_242142823.5e-1350.3
TkA07G084110PF12854PPR_12172499.1e-35118.8
TkA07G084110PF00637Clathrin2232800.0215.4
TkA07G084110PF01535PPR2242511.6e-44147.7
TkA07G084110PF13041PPR_22282702.5e-52175.5
TkA07G084110PF13428TPR_142352522.2e-0628.5
TkA07G084110PF13176TPR_72352490.1612.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LS25拟南芥sp|Q9LS25|PP420_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g46580, chloroplastic67.100%Swiss-Prot高置信
Q10PZ4水稻sp|Q10PZ4|ATP4_ORYSJ Pentatricopeptide repeat-containing protein ATP4 homolog, chloroplastic34.800%Swiss-Prot低置信

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