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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_009969
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 136956150-136959007 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2478 bp · LXL04_009969|LXL04_009969|OH1004|cDNA

ATGGCATACACATACGGCTTTTGCTCTTCGCCTTCCATTTCCTTCAACCAGAGAAGCTTCAACCACCCTATAGTTTCTCAATCGAGAGCACCTCATCTCCGAATCACTCAGATTTCCTTACAAGAATCAGTTTCTGAAGTAACCCACAACTTAGATCCTAAAATTCCAACTCCATCTCCAGCGATTGATGATAAAAAGAAAAGTTATGTCTGGGTCAACCCCAAAAACCCGAAAGCTTCACACTTCAAGAAAAAATCGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2478 bp · LXL04_009969|LXL04_009969|OH1004|CDS

ATGGCATACACATACGGCTTTTGCTCTTCGCCTTCCATTTCCTTCAACCAGAGAAGCTTCAACCACCCTATAGTTTCTCAATCGAGAGCACCTCATCTCCGAATCACTCAGATTTCCTTACAAGAATCAGTTTCTGAAGTAACCCACAACTTAGATCCTAAAATTCCAACTCCATCTCCAGCGATTGATGATAAAAAGAAAAGTTATGTCTGGGTCAACCCCAAAAACCCGAAAGCTTCACACTTCAAGAAAAAATCGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

825 aa · LXL04_009969|LXL04_009969|OH1004|PROTEIN

MAYTYGFCSSPSISFNQRSFNHPIVSQSRAPHLRITQISLQESVSEVTHNLDPKIPTPSPAIDDKKKSYVWVNPKNPKASHFKKKSHESRYTTLTNIAEALNSCSPAEEDVFNILDSKLGSKIGEQDGVIILNNMSNPQSARIVLKYFQERCNLDRETILYNVTLKVFRKSKDLVGAEKLFDEMLQRGITPDNFTFSTIIGCARLRSLPNKAVEWFEKMPEFGIQPDNVTYAVMIDCYGRVGNIDMALRLYDRSRTEKWR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_009969
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_009969
位置Chr02:136956150-136959007 (+)
描述Similar to P67: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g16390, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g16390 参与叶绿体 RNA 加工。
An Arabidopsis pentatricopeptide repeat protein, SUPPRESSOR OF VARIEGATION7, is required for FtsH-mediated chloroplast biogenesis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.164111
A var2 leaf variegation suppressor locus, SUPPRESSOR OF VARIEGATION3, encodes a putative chloroplast translation elongation factor that is important for chloroplast development in the cold.2010 · DOI: 10.1186/1471-2229-10-287
Mutation of the pentatricopeptide repeat-SMR protein SVR7 impairs accumulation and translation of chloroplast ATP synthase subunits in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1007/s10265-012-0527-1
At5g46580 含五肽重复的蛋白 At5g46580，叶绿体型。 暂无已核实直接文献
At2g31400 通过逆行的质体到细胞核信号参与核基因表达。
Signals from chloroplasts converge to regulate nuclear gene expression.2007 · PMID: 17395793
Plastid signals that affect photomorphogenesis in Arabidopsis thaliana are dependent on GENOMES UNCOUPLED 1 and cryptochrome 1.2009 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2008.02729.x
The Arabidopsis plastid-signalling mutant gun1 (genomes uncoupled1) shows altered sensitivity to sucrose and abscisic acid and alterations in early seedling development.2010 · DOI: 10.1093/jxb/erq186
Timing the switch to phototrophic growth: a possible role of GUN1.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.4.14900

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0215900 参与叶绿体ATP合酶亚基的翻译和积累。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009969 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0010019 chloroplast-nucleus signaling pathway 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0031930 mitochondria-nucleus signaling pathway 生物过程
GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程
GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程
GO:1901259 chloroplast rRNA processing 生物过程
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0000166 nucleotide binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G31400
ath:AT4G16390
ath:AT5G46580
dosa:Os03g0215900
osa:4332063
zma:100191483
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.867
排名 1 · LXL04_009969 · OH-1004
线粒体0.116
排名 2 · LXL04_009969 · OH-1004
细胞核0.048
排名 3 · LXL04_009969 · OH-1004
细胞质0.035
排名 4 · LXL04_009969 · OH-1004
细胞膜0.016
排名 5 · LXL04_009969 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2158-202 aa
PF13041.13PPR_2209-238 aa
PF12854.14PPR_1223-252 aa
PF01535.27PPR229-253 aa
PF17177.11PPR_long244-339 aa
PF29070.1MSC6_N257-357 aa
PF13812.13PPR_3260-309 aa
PF13041.13PPR_2262-308 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_009969PF13041.13PPR_21582024.8e-61203.4
LXL04_009969PF13041.13PPR_22092384.8e-61203.4
LXL04_009969PF12854.14PPR_12232521.1e-36124.9
LXL04_009969PF01535.27PPR2292531.8e-56185.2
LXL04_009969PF17177.11PPR_long2443395.7e-2691.9
LXL04_009969PF29070.1MSC6_N2573575e-2279.2
LXL04_009969PF13812.13PPR_32603097.2e-38129.2
LXL04_009969PF13041.13PPR_22623084.8e-61203.4
LXL04_009969PF01535.27PPR2642941.8e-56185.2
LXL04_009969PF13812.13PPR_33263797.2e-38129.2
LXL04_009969PF13041.13PPR_23343794.8e-61203.4
LXL04_009969PF01535.27PPR3353641.8e-56185.2
LXL04_009969PF17177.11PPR_long3515015.7e-2691.9
LXL04_009969PF29070.1MSC6_N3544605e-2279.2
LXL04_009969PF13041.13PPR_23674124.8e-61203.4
LXL04_009969PF01535.27PPR3693961.8e-56185.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GWE0拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g16390, chloroplastic62.500%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LS25拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g46580, chloroplastic38.131%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SIC9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein GUN1, chloroplastic26.241%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q10PZ4水稻Pentatricopeptide repeat-containing protein ATP4 homolog, chloroplastic49.698%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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