RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G048400
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 12850886-12855597 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3083 bp · TkA07G048400|TK1151|cDNA

TTCCACATCAACTTTCATTCGCTATAAATTCATCATTACACGCTTTCTAATCAATGCAATCCCAAAAAATGCCTTCTTTTTCCCCTTCGAAGTTCATTCTCCTCTTCATCGTATCTATAATTCTGTCAAACGGTTCAGTGGCAGTGGCCCAAAACCGGACCACAAACATAGGAGTCATCATCGATGAAAGTACCCGAGTAGGAAAAGAACAAAAGACCGCCATTGAAATTGCTGTCCAGAAGCTCAATTCAGGCTCCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2787 bp · TkA07G048400|TK1151|CDS

ATGCAATCCCAAAAAATGCCTTCTTTTTCCCCTTCGAAGTTCATTCTCCTCTTCATCGTATCTATAATTCTGTCAAACGGTTCAGTGGCAGTGGCCCAAAACCGGACCACAAACATAGGAGTCATCATCGATGAAAGTACCCGAGTAGGAAAAGAACAAAAGACCGCCATTGAAATTGCTGTCCAGAAGCTCAATTCAGGCTCCAAAGATGACTTGTTGGCTATTCATTTCAGGAACTCTAGTGGAGACCCTCTCGAAGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

928 aa · TkA07G048400|TK1151|PROTEIN

MQSQKMPSFSPSKFILLFIVSIILSNGSVAVAQNRTTNIGVIIDESTRVGKEQKTAIEIAVQKLNSGSKDDLLAIHFRNSSGDPLEAASSANELIEKQNVRVIIGTNSWEETTIVAKIGQQARVPVISSNTARLQPLSHLQWPFLVQMTDLDISNEIKCITSLVKSYNWKRVIAVYEDNVYGGEYEGFSILSEALQKIGSVIEHRLVVPHFTSPFDPKETIRDNLATVLTTKQSRVFILLKSSLPTATRVFEEAKKLGLT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G048400
TK1151 IDTkA07G048400
OH-1004 IDLXL04_027309
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G048400
位置Chr07:12850886-12855597 (-)
描述Similar to GLR2.7: Glutamate receptor 2.7
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g29120 谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。 暂无已核实直接文献
At2g29100 谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。 暂无已核实直接文献
At2g29110 谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。 暂无已核实直接文献
At2g32390 谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。 暂无已核实直接文献
At1g05200 谷氨酸门控受体，可能至少在下胚轴中作为非选择性阳离子通道（可能）。
AtGLR3.4, a glutamate receptor channel-like gene is sensitive to touch and cold.2005 · DOI: 10.1007/s00425-005-1551-3
Glutamate receptor subtypes evidenced by differences in desensitization and dependence on the GLR3.3 and GLR3.4 genes.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.108134
Dual localization of plant glutamate receptor AtGLR3.4 to plastids and plasmamembrane.2011 · DOI: 10.1016/j.bbabio.2010.11.008
Interacting glutamate receptor-like proteins in Phloem regulate lateral root initiation in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.110668
Glutamate Receptor Homolog3.4 is Involved in Regulation of Seed Germination Under Salt Stress in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1093/pcp/pcy034

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027309 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006816 calcium ion transport 生物过程
GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程
GO:0006883 intracellular sodium ion homeostasis 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009611 response to wounding 生物过程
GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程
GO:0030007 intracellular potassium ion homeostasis 生物过程
GO:0070417 cellular response to cold 生物过程
GO:0071230 cellular response to amino acid stimulus 生物过程
GO:0071260 cellular response to mechanical stimulus 生物过程
GO:0071311 cellular response to acetate 生物过程
GO:1901701 cellular response to oxygen-containing compound 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05200
ath:AT2G29100
ath:AT2G29110
ath:AT2G29120
ath:AT4G35290
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.822
排名 1 · TkA07G048400 · TK1151
内质网0.076
排名 2 · TkA07G048400 · TK1151
细胞质0.071
排名 3 · TkA07G048400 · TK1151
溶酶体／液泡0.044
排名 4 · TkA07G048400 · TK1151
细胞核0.031
排名 5 · TkA07G048400 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13458Peripla_BP_638-352 aa
PF13433Peripla_BP_549-106 aa
PF01094ANF_receptor54-389 aa
PF04392ABC_sub_bind66-129 aa
PF10613Lig_chan-Glu_bd159-184 aa
PF24576IR75A_N212-268 aa
PF13433Peripla_BP_5248-248 aa
PF01094ANF_receptor442-475 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G048400PF13458Peripla_BP_6383525.7e-1349.9
TkA07G048400PF13433Peripla_BP_5491060.1312.1
TkA07G048400PF01094ANF_receptor543892.2e-41142.8
TkA07G048400PF04392ABC_sub_bind661290.0812.9
TkA07G048400PF10613Lig_chan-Glu_bd1591843e-1040.9
TkA07G048400PF24576IR75A_N2122680.005317.0
TkA07G048400PF13433Peripla_BP_52482480.1312.1
TkA07G048400PF01094ANF_receptor4424752.2e-41142.8
TkA07G048400PF10613Lig_chan-Glu_bd4655513e-1040.9
TkA07G048400PF00497SBP_bac_34687842.1e-0938.0
TkA07G048400PF03916NrfD5466570.1812.1
TkA07G048400PF00060Lig_chan5688152.6e-31109.1
TkA07G048400PF24576IR75A_N5886240.005317.0
TkA07G048400PF03916NrfD8098320.1812.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LGN0拟南芥sp|Q8LGN0|GLR27_ARATH Glutamate receptor 2.733.100%Swiss-Prot中等置信
O81078拟南芥sp|O81078|GLR29_ARATH Glutamate receptor 2.934.800%Swiss-Prot中等置信
Q9C5V5拟南芥sp|Q9C5V5|GLR28_ARATH Glutamate receptor 2.832.800%Swiss-Prot中等置信
Q9SW97拟南芥sp|Q9SW97|GLR35_ARATH Glutamate receptor 3.531.300%Swiss-Prot中等置信
Q8GXJ4拟南芥sp|Q8GXJ4|GLR34_ARATH Glutamate receptor 3.431.500%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看