基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_027309
当前版本: OH-1004
染色体: Chr06
坐标: 13121574-13125937
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2787 bp · LXL04_027309|LXL04_027309|OH1004|cDNA
ATGCAATCCCAAAAAATGCCTTATTTTTCCCCTTCAAAGTTCATTCTCCTCTTCATCGTATCTATAATTCTGTCAAACGGTTCAGTGGCAGTGGCCCAAAACCGGACCACAAACATAGGAGTCATCATCGATGAAAGTACCCGAGTAGGAAAAGAACAAAAGACCGCCATTGAAATTGCTGTCCAGAAGCTCAATTCAGGCTCCAAAGATGACGTGTTGGCTATTCATTTCAGGAACTCTAGTGGAGACCCTCTCGAAGC...
CDS
下载 CDS FASTA2787 bp · LXL04_027309|LXL04_027309|OH1004|CDS
ATGCAATCCCAAAAAATGCCTTATTTTTCCCCTTCAAAGTTCATTCTCCTCTTCATCGTATCTATAATTCTGTCAAACGGTTCAGTGGCAGTGGCCCAAAACCGGACCACAAACATAGGAGTCATCATCGATGAAAGTACCCGAGTAGGAAAAGAACAAAAGACCGCCATTGAAATTGCTGTCCAGAAGCTCAATTCAGGCTCCAAAGATGACGTGTTGGCTATTCATTTCAGGAACTCTAGTGGAGACCCTCTCGAAGC...
928 aa · LXL04_027309|LXL04_027309|OH1004|PROTEIN
MQSQKMPYFSPSKFILLFIVSIILSNGSVAVAQNRTTNIGVIIDESTRVGKEQKTAIEIAVQKLNSGSKDDVLAIHFRNSSGDPLEAASSANELIEKQNVRVIIGTNSWEETTVVAKIGQQARVPVISSNTARLQPLSHLQWPFLVQMTDLDISNEIKCITSLVKSYNWKRVIAVYEDNVYGGEYEGFSILSEALQNIDSVIEHRLVVPHFTSPFDPKETIRDNLATVLTTKQSRVFILLKSSLPTATRVFEEAKKLGLT...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_027309 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_027309 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr06:13121574-13125937 (-) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to GLR2.7: Glutamate receptor 2.7 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006816 calcium ion transport 生物过程 GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程 GO:0006883 intracellular sodium ion homeostasis 生物过程 GO:0009416 response to light stimulus 生物过程 GO:0009611 response to wounding 生物过程 GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程 GO:0030007 intracellular potassium ion homeostasis 生物过程 GO:0070417 cellular response to cold 生物过程 GO:0071230 cellular response to amino acid stimulus 生物过程 GO:0071260 cellular response to mechanical stimulus 生物过程 GO:0071311 cellular response to acetate 生物过程 GO:1901701 cellular response to oxygen-containing compound 生物过程 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G05200 ath:AT2G29100 ath:AT2G29110 ath:AT2G29120 ath:AT4G35290 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞膜0.822
内质网0.075
细胞质0.072
溶酶体／液泡0.044
细胞核0.031
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13458.13Peripla_BP_638-378 aaPF01094.35ANF_receptor54-389 aaPF10613.15Lig_chan-Glu_bd465-551 aaPF00497.26SBP_bac_3468-784 aaPF00060.33Lig_chan568-815 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_027309 | PF13458.13 | Peripla_BP_6 | 38 | 378 | 1.6e-13 | 51.8 |
| LXL04_027309 | PF01094.35 | ANF_receptor | 54 | 389 | 1.7e-41 | 143.2 |
| LXL04_027309 | PF10613.15 | Lig_chan-Glu_bd | 465 | 551 | 2.9e-10 | 41.0 |
| LXL04_027309 | PF00497.26 | SBP_bac_3 | 468 | 784 | 2.1e-09 | 38.0 |
| LXL04_027309 | PF00060.33 | Lig_chan | 568 | 815 | 2.8e-31 | 109.0 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q8LGN0 | 拟南芥 | Glutamate receptor 2.7 | 32.579% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
O81078 | 拟南芥 | Glutamate receptor 2.9 | 34.579% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9C5V5 | 拟南芥 | Glutamate receptor 2.8 | 32.558% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q8GXJ4 | 拟南芥 | Glutamate receptor 3.4 | 31.059% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q93YT1 | 拟南芥 | Glutamate receptor 3.2 | 31.031% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |