TkA06G021650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G021650

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 5943941-5968712 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3457 bp · TkA06G021650|TK1151|cDNA

CTAATATTCATCATCTACTTACCATTACTTTATCTCTGAGTTATATTTCTCTCCTTTTTTAGGATGGATCCTTGGGCGTCTCTGCTTATGATGCTGACAAAAACTGCATGCTTCTCTTTGTATCATCAAAAGCAACCCCTTACCAATCAGTTCCAACAAAAGTAATCAGTGTGTGTCCATTTATGACATTCACCAATAGACTTGGTCAAGATATATATCTAAAGCTTAGCAGTGAAGATCCCCCAAAATTACTGCGAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

12672 bp · TkA06G021650|TK1151|CDS

ATGTTAGAGGATCAAGTAGCGAATTTGTTACAGAGGTACCTCGGCAACTATGTCCGTGGCCTCAGCAAAGAAGCTCTCAAAATCAGCGTCTGGCAGGGCGATGTAGAGTTAACAAATATGCAACTGAAGCCTGAGGCACTCAATGCGCTGAAGTTGCCTGTAAAGGTCAAGGCTGGGTTTCTTGGATCAGTGAAGCTCAAGGTTCCTTGGAGCAGGATTGGTCAAGAACCAGTTTTGGTGTACTTAGATCGTATATATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

4223 aa · TkA06G021650|TK1151|PROTEIN

MLEDQVANLLQRYLGNYVRGLSKEALKISVWQGDVELTNMQLKPEALNALKLPVKVKAGFLGSVKLKVPWSRIGQEPVLVYLDRIYLLAEPETQVEGHSEDAVQKTKKSRIHDMEMKMLESRQILTTEMNKSWLGSFINTIIGNLKLSISSIHIRYEDIESNPGHPFAAGMTLEKLSASTVDDSGKEAFVTGGALELLHKSVELERLAVYLDSDITPWHIKKPWEDLKPSEWDQVFSFGTKDGKPATSLAEKHTYLLQPV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G021650`
TK1151 ID	TkA06G021650
OH-1004 ID	LXL04_026198
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G021650`
位置	Chr06:5943941-5968712 (-)
描述	Similar to vps13A: Putative vacuolar protein sorting-associated protein 13A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_026198` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程 GO:0006869 lipid transport 生物过程 GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程 GO:0045053 protein retention in Golgi apparatus 生物过程 GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程 GO:0120009 intermembrane lipid transfer 生物过程 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0005811 lipid droplet 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0005543 phospholipid binding 分子功能 GO:0120014 phospholipid transfer activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	cthr:CTHT_0020450 ddi:DDB_G0274917 ddi:DDB_G0286725 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.322

排名 1 · TkA06G021650 · TK1151

高尔基体0.290

排名 2 · TkA06G021650 · TK1151

内质网0.237

排名 3 · TkA06G021650 · TK1151

细胞膜0.183

排名 4 · TkA06G021650 · TK1151

细胞核0.162

排名 5 · TkA06G021650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12624VPS13_N1-674 aa

PF16476DUF5053399-422 aa

PF16476DUF5053446-460 aa

PF25033VPS13_M608-652 aa

PF00169PH795-903 aa

PF25033VPS13_M1157-1278 aa

PF12624VPS13_N1236-1277 aa

PF25033VPS13_M1319-1694 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G021650	`PF12624`	VPS13_N	1	674	1e-119	401.9
TkA06G021650	`PF16476`	DUF5053	399	422	0.21	12.1
TkA06G021650	`PF16476`	DUF5053	446	460	0.21	12.1
TkA06G021650	`PF25033`	VPS13_M	608	652	2e-18	66.6
TkA06G021650	`PF00169`	PH	795	903	7.2e-08	33.6
TkA06G021650	`PF25033`	VPS13_M	1157	1278	2e-18	66.6
TkA06G021650	`PF12624`	VPS13_N	1236	1277	1e-119	401.9
TkA06G021650	`PF25033`	VPS13_M	1319	1694	2e-18	66.6
TkA06G021650	`PF06101`	Vps62	1973	2124	4.8e-34	118.3
TkA06G021650	`PF06101`	Vps62	2196	2342	4.8e-34	118.3
TkA06G021650	`PF25033`	VPS13_M	2383	2482	2e-18	66.6
TkA06G021650	`PF25036`	VPS13_VAB	2786	3084	1.4e-20	74.0
TkA06G021650	`PF00169`	PH	2881	2926	7.2e-08	33.6
TkA06G021650	`PF25036`	VPS13_VAB	3188	3354	1.4e-20	74.0
TkA06G021650	`PF25037`	VPS13_C	3806	3913	1.6e-11	44.9
TkA06G021650	`PF00169`	PH	3936	3982	7.2e-08	33.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情