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基因概览

LXL04_026198

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 122623899-122648246 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

12672 bp · LXL04_026198|LXL04_026198|OH1004|cDNA

ATGTTAGAGGATCAAGTAGCGAATTTGTTACAGAGGTACCTCGGCAACTATGTCCGTGGCCTCAGCAAAGAAGCTCTCAAAATCAGCGTCTGGCAGGGCGATGTAGAGTTAACAAATATGCAACTGAAGCCTGAGGCACTCAATGCGCTGAAGTTGCCTGTAAAGGTCAAGGCTGGGTTCCTTGGATCAGTGAAGCTCAAGGTTCCTTGGAGCAGGATTGGTCAAGAACCAGTTTTGGTGTACTTAGATCGTATATATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

12672 bp · LXL04_026198|LXL04_026198|OH1004|CDS

ATGTTAGAGGATCAAGTAGCGAATTTGTTACAGAGGTACCTCGGCAACTATGTCCGTGGCCTCAGCAAAGAAGCTCTCAAAATCAGCGTCTGGCAGGGCGATGTAGAGTTAACAAATATGCAACTGAAGCCTGAGGCACTCAATGCGCTGAAGTTGCCTGTAAAGGTCAAGGCTGGGTTCCTTGGATCAGTGAAGCTCAAGGTTCCTTGGAGCAGGATTGGTCAAGAACCAGTTTTGGTGTACTTAGATCGTATATATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

4223 aa · LXL04_026198|LXL04_026198|OH1004|PROTEIN

MLEDQVANLLQRYLGNYVRGLSKEALKISVWQGDVELTNMQLKPEALNALKLPVKVKAGFLGSVKLKVPWSRIGQEPVLVYLDRIYLLAEPETQVEGHSEDAVQKTKKSRIHDMEMKMLESRQILTTEMNKSWLGSFINTIIGNLKLSISSIHIRYEDIESNPGHPFAAGMTLEKLSASTVDDSGKEAFVTGGALELLHKSVELERLAVYLDSDITPWHIKKPWEDLKPSEWDQVFSFGTKDGKPATSLAEKHTYLLQPV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026198`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_026198`
位置	Chr05:122623899-122648246 (+)
描述	Similar to vps13A: Putative vacuolar protein sorting-associated protein 13A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_026198` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程 GO:0006869 lipid transport 生物过程 GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程 GO:0045053 protein retention in Golgi apparatus 生物过程 GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程 GO:0120009 intermembrane lipid transfer 生物过程 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0005811 lipid droplet 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0005543 phospholipid binding 分子功能 GO:0120014 phospholipid transfer activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	cthr:CTHT_0020450 ddi:DDB_G0274917 ddi:DDB_G0286725 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.321

排名 1 · LXL04_026198 · OH-1004

高尔基体0.290

排名 2 · LXL04_026198 · OH-1004

内质网0.237

排名 3 · LXL04_026198 · OH-1004

细胞膜0.182

排名 4 · LXL04_026198 · OH-1004

细胞核0.162

排名 5 · LXL04_026198 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12624.15VPS13_N1-674 aa

PF00169.36PH795-903 aa

PF25033.2VPS13_M1319-1694 aa

PF06101.17Vps621973-2124 aa

PF06101.17Vps622196-2342 aa

PF25033.2VPS13_M2383-2482 aa

PF25036.3VPS13_VAB2785-3084 aa

PF25036.3VPS13_VAB3188-3354 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026198	`PF12624.15`	VPS13_N	1	674	1e-119	401.9
LXL04_026198	`PF00169.36`	PH	795	903	4.6e-08	34.2
LXL04_026198	`PF25033.2`	VPS13_M	1319	1694	2.3e-18	66.4
LXL04_026198	`PF06101.17`	Vps62	1973	2124	5.5e-34	118.1
LXL04_026198	`PF06101.17`	Vps62	2196	2342	5.5e-34	118.1
LXL04_026198	`PF25033.2`	VPS13_M	2383	2482	2.3e-18	66.4
LXL04_026198	`PF25036.3`	VPS13_VAB	2785	3084	1e-20	74.5
LXL04_026198	`PF25036.3`	VPS13_VAB	3188	3354	1e-20	74.5
LXL04_026198	`PF25037.2`	VPS13_C	3806	3913	1.6e-11	44.9
LXL04_026198	`PF06101.17`	Vps62	4093	4180	5.5e-34	118.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

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