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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G009030
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 2313217-2313843 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

567 bp · TkA06G009030|TK1151|cDNA

ATGACACCTGAATCCGAGAACAACGAAGAGGCAACCGAAAACAGAGACAGCACCCAGGAACACGTTATTCTGATCAATCCTTTCAACCGGTCTATCATTGTCCATGGCGGCAACCTCTCGCCCAACAACCCTTTTGGATCTTTCGGCGATTATTTCATCGGCCCTGGTTTAGAGCAACTTTTACAGCATCTATCCGAAAACGACCCGAACAAATACGGAACCCCACCCGCCCAGAAAGAAGCAATCGAGGCCATGCCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

567 bp · TkA06G009030|TK1151|CDS

ATGACACCTGAATCCGAGAACAACGAAGAGGCAACCGAAAACAGAGACAGCACCCAGGAACACGTTATTCTGATCAATCCTTTCAACCGGTCTATCATTGTCCATGGCGGCAACCTCTCGCCCAACAACCCTTTTGGATCTTTCGGCGATTATTTCATCGGCCCTGGTTTAGAGCAACTTTTACAGCATCTATCCGAAAACGACCCGAACAAATACGGAACCCCACCCGCCCAGAAAGAAGCAATCGAGGCCATGCCAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

188 aa · TkA06G009030|TK1151|PROTEIN

MTPESENNEEATENRDSTQEHVILINPFNRSIIVHGGNLSPNNPFGSFGDYFIGPGLEQLLQHLSENDPNKYGTPPAQKEAIEAMPKVKIEQDSVQCSVCLEEFEIGNEAREMPCKHMFHGDCILPWLELHSSCPVCRYQMPADESKIDREREGSRGESGNRNSEERRFSVSLPWPLSLLSSPRANTK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G009030
TK1151 IDTkA06G009030
OH-1004 IDLXL04_026490
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)88.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G009030
位置Chr06:2313217-2313843 (-)
描述Similar to RING1: E3 ubiquitin-protein ligase RING1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g19950 E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。 暂无已核实直接文献
At3g56580 E3 泛素蛋白连接酶，可促进渗透应激和脱落酸 反应。
The atrzf1 mutation of the novel RING-type E3 ubiquitin ligase increases proline contents and enhances drought tolerance in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2012.12.007
PCA22 acts as a suppressor of atrzf1 to mediate proline accumulation in response to abiotic stress in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx069
At2g40830 可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os05g0488800 在体外具有E3泛素-蛋白连接酶活性。
Molecular dissection of Oryza sativa salt-induced RING Finger Protein 1 (OsSIRP1): possible involvement in the sensitivity response to salinity stress.2016 · DOI: 10.1111/ppl.12459
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026490 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0061635 regulation of protein complex stability 生物过程
GO:0071218 cellular response to misfolded protein 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0071629 cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system 生物过程
GO:0090378 seed trichome elongation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G26800
ath:AT2G40830
ath:AT3G19950
dosa:Os05g0488800
osa:4339152
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.698
排名 1 · TkA06G009030 · TK1151
细胞核0.458
排名 2 · TkA06G009030 · TK1151
内质网0.069
排名 3 · TkA06G009030 · TK1151
细胞膜0.060
排名 4 · TkA06G009030 · TK1151
线粒体0.050
排名 5 · TkA06G009030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24921RING_XB3-XBAT3115-34 aa
PF13771zf-HC5HC2H77-125 aa
PF17120zf-RING_1687-100 aa
PF11789zf-Nse89-137 aa
PF12861zf-ANAPC1194-105 aa
PF13920zf-C3HC4_395-140 aa
PF29452FAR1_N95-137 aa
PF24441DUF756095-113 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G009030PF24921RING_XB3-XBAT3115342.19.1
TkA06G009030PF13771zf-HC5HC2H771250.01915.8
TkA06G009030PF17120zf-RING_16871000.7910.1
TkA06G009030PF11789zf-Nse891370.1412.7
TkA06G009030PF12861zf-ANAPC11941050.0001522.5
TkA06G009030PF13920zf-C3HC4_3951400.00218.6
TkA06G009030PF29452FAR1_N951370.0315.0
TkA06G009030PF24441DUF7560951130.3511.3
TkA06G009030PF18279zf-WRNIP1_ubi951000.6211.5
TkA06G009030PF13639zf-RING_2961385e-1556.2
TkA06G009030PF17123zf-RING_11961249.5e-1141.9
TkA06G009030PF13923zf-C3HC4_2961373.8e-1040.1
TkA06G009030PF14634zf-RING_5961380.0008619.9
TkA06G009030PF16685zf-RING_10961380.1912.6
TkA06G009030PF00097zf-C3HC4971372.4e-0731.2
TkA06G009030PF13445zf-RING_UBOX971273.1e-0524.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8LPN7拟南芥sp|Q8LPN7|RNG1L_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like54.000%Swiss-Prot高置信
Q94AK4拟南芥sp|Q94AK4|RZF1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RZF144.000%Swiss-Prot中等置信
O22197拟南芥sp|O22197|RHC1A_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A46.600%Swiss-Prot中等置信
Q6AVN2水稻sp|Q6AVN2|SIRP1_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SIRP151.400%Swiss-Prot高置信

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