LXL04_026490 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026490

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 127243757-127244383 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

627 bp · LXL04_026490|LXL04_026490|OH1004|cDNA

ATGACACCTGGATCCGAGAACAACGAAGAGGCAACCGGAAACAGAGACAGCACCCAGGAACACGTTATTCTGATCAATCCTTTCAACCGGTCTATCATTGTCCATGGCGGCAATGGTGGCGGCAACCCCTTCGATACTGGCAACCTCTCGCCCAACAACCCTTTTGGATCTTTCGGCGATTATTTCATCGGCCCTGGTTTAGAGCAACTTTTACAGCATCTATCCGAAAACGACCCGAACAAATACGGAACCCCACCCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

627 bp · LXL04_026490|LXL04_026490|OH1004|CDS

ATGACACCTGGATCCGAGAACAACGAAGAGGCAACCGGAAACAGAGACAGCACCCAGGAACACGTTATTCTGATCAATCCTTTCAACCGGTCTATCATTGTCCATGGCGGCAATGGTGGCGGCAACCCCTTCGATACTGGCAACCTCTCGCCCAACAACCCTTTTGGATCTTTCGGCGATTATTTCATCGGCCCTGGTTTAGAGCAACTTTTACAGCATCTATCCGAAAACGACCCGAACAAATACGGAACCCCACCCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

208 aa · LXL04_026490|LXL04_026490|OH1004|PROTEIN

MTPGSENNEEATGNRDSTQEHVILINPFNRSIIVHGGNGGGNPFDTGNLSPNNPFGSFGDYFIGPGLEQLLQHLSENDPNKYGTPPAQKEAIEAMPKVKIEQDSIQCSVCLEEFEIGNEAREMPCKHMFHGDCILPWLELHSSCPVCRYQMPADESKIDREREGSGGIVGNSSGVNGESGNRNSEERRFSVSLPWPLSLLSSPRANTK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026490`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026490

位置 Chr05:127243757-127244383 (+)

描述 Similar to RING1: E3 ubiquitin-protein ligase RING1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19950`	E3 泛素蛋白连接酶以硫酯的形式接受来自 E2 泛素结合酶的泛素，然后将泛素直接转移至目标底物。	暂无已核实直接文献
`At2g40830`	可能的 E3 泛素蛋白连接酶，在体外可能具有 E3 泛素连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At1g26800`	参与蛋白质质量控制（PQC）应对蛋白毒性应激的E3泛素蛋白连接酶。	MPSR1 is a cytoplasmic PQC E3 ligase for eliminating emergent misfolded proteins in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1073/pnas.1713574114

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0488800`	在体外具有E3泛素-蛋白连接酶活性。	Molecular dissection of Oryza sativa salt-induced RING Finger Protein 1 (OsSIRP1): possible involvement in the sensitivity response to salinity stress.2016 · DOI: 10.1111/ppl.12459

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026490 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0061635 regulation of protein complex stability 生物过程

GO:0071218 cellular response to misfolded protein 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0071629 cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system 生物过程

GO:0090378 seed trichome elongation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G26800

ath:AT2G40830

ath:AT3G19950

dosa:Os05g0488800

osa:4339152

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.694

排名 1 · LXL04_026490 · OH-1004

细胞核0.446

排名 2 · LXL04_026490 · OH-1004

内质网0.071

排名 3 · LXL04_026490 · OH-1004

细胞膜0.059

排名 4 · LXL04_026490 · OH-1004

高尔基体0.049

排名 5 · LXL04_026490 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12678.14zf-rbx1100-148 aa

PF13639.13zf-RING_2106-148 aa

PF17123.12zf-RING_11106-134 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2106-147 aa

PF00097.32zf-C3HC4107-147 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX107-145 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026490	`PF12678.14`	zf-rbx1	100	148	2.3e-06	28.5
LXL04_026490	`PF13639.13`	zf-RING_2	106	148	5.4e-15	56.1
LXL04_026490	`PF17123.12`	zf-RING_11	106	134	1.1e-10	41.7
LXL04_026490	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	106	147	4.6e-10	39.9
LXL04_026490	`PF00097.32`	zf-C3HC4	107	147	2.9e-07	31.0
LXL04_026490	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	107	145	1.9e-06	28.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPN7`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like	51.553%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22197`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A	50.485%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQX2`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase MPSR1	38.889%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6AVN2`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase SIRP1	42.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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