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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G455970
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 114217130-114219664 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1675 bp · TkA05G455970|TK1151|cDNA

ATCCAGCCCATCTTCTACTCAGATGATTTGTACTCTCAAAGGGAGATAAACCCTGATTCCAATCCCAGCAGGGCTTATCATCAACAAAAATGCAAGCAGCTGCCACTAGATTCTTCTCTCTGTTCGAAAGCAACGCCACCTCCACCGCCACCACAGCCGCAAACCTGTACCCGTTCCGTGCAATTCGATTACAACCGACACTCTTCTGTTCTCCAACCCTACGATTCCGTCGCTACTCGTCTTCCTCCGCTGCCGTGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1290 bp · TkA05G455970|TK1151|CDS

ATGCAAGCAGCTGCCACTAGATTCTTCTCTCTGTTCGAAAGCAACGCCACCTCCACCGCCACCACAGCCGCAAACCTGTACCCGTTCCGTGCAATTCGATTACAACCGACACTCTTCTGTTCTCCAACCCTACGATTCCGTCGCTACTCGTCTTCCTCCGCTGCCGTGATAGAAAATGATTCTCCCACCACCGCCACCCTTGGTGAAACAACGGAAGCCTCCCACCAACATCCATGGCCGGAGTGGGTGACTTTCGTTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

429 aa · TkA05G455970|TK1151|PROTEIN

MQAAATRFFSLFESNATSTATTAANLYPFRAIRLQPTLFCSPTLRFRRYSSSSAAVIENDSPTTATLGETTEASHQHPWPEWVTFVDRLKTKGYLNKEGGNDVAVYKDMTILKEACLSFGRDRFDIFKSLSMQDIQTLVDKGCPNINRKTVNSGKRLRAHLQLVEGDVCGVCILRGSCDRAFVILKDIESGARTVDIVRILLNYALDPVTVSNSKPSGAEIVEKSAKKLLLELTELSETAIDPELQKPPATIPKKVQSFE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G455970
TK1151 IDTkA05G455970
OH-1004 IDLXL04_022280
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G455970
位置Chr05:114217130-114219664 (-)
描述Similar to VAR3: Zinc finger protein VAR3, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022280 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0001975 response to amphetamine 生物过程
GO:0002224 toll-like receptor signaling pathway 生物过程
GO:0002753 cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程
GO:0006111 regulation of gluconeogenesis 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006457 protein folding 生物过程
GO:0006607 NLS-bearing protein import into nucleus 生物过程
GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0016925 protein sumoylation 生物过程
GO:0045824 negative regulation of innate immune response 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G17790
mmu:19386
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.618
排名 1 · TkA05G455970 · TK1151
线粒体0.243
排名 2 · TkA05G455970 · TK1151
细胞核0.160
排名 3 · TkA05G455970 · TK1151
细胞质0.081
排名 4 · TkA05G455970 · TK1151
细胞膜0.027
排名 5 · TkA05G455970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10497zf-4CXXC_R138-56 aa
PF10497zf-4CXXC_R1142-174 aa
PF25164CoiA_N270-283 aa
PF10497zf-4CXXC_R1271-295 aa
PF02891zf-MIZ273-283 aa
PF00641Zn_ribbon_RanBP274-296 aa
PF00301Rubredoxin276-283 aa
PF20864Zn_ribbon_TEX13277-296 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G455970PF10497zf-4CXXC_R138561.310.0
TkA05G455970PF10497zf-4CXXC_R11421741.310.0
TkA05G455970PF25164CoiA_N2702830.2911.4
TkA05G455970PF10497zf-4CXXC_R12712951.310.0
TkA05G455970PF02891zf-MIZ2732830.06313.8
TkA05G455970PF00641Zn_ribbon_RanBP2742966e-2380.5
TkA05G455970PF00301Rubredoxin2762830.08313.6
TkA05G455970PF20864Zn_ribbon_TEX132772961.1e-0629.0
TkA05G455970PF12773DZR2793350.008217.0
TkA05G455970PF10497zf-4CXXC_R12913261.310.0
TkA05G455970PF25164CoiA_N3103220.2911.4
TkA05G455970PF02891zf-MIZ3113220.06313.8
TkA05G455970PF00641Zn_ribbon_RanBP3123406e-2380.5
TkA05G455970PF00301Rubredoxin3153220.08313.6
TkA05G455970PF20864Zn_ribbon_TEX133163351.1e-0629.0
TkA05G455970PF12773DZR3183740.008217.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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