LXL04_022280 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022280

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 147500200-147502144 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1290 bp · LXL04_022280|LXL04_022280|OH1004|cDNA

ATGGCAGCAGCTGCCACTAGATTCTTCTCTCTGTTCGAAAGCAACgccacctccaccgccaccaCAGCCGCAAACCTGTACCCGTTCCGTGCAATTCGATTACAACCGACACTCTTCTGTTCTCCAACCCTACGATTCCGTCGCTACTCGTCTTCCTCCGCTGCCGTGATAGAAAATGATTCTCCCACCACCGCCACCCTTGGTGAAACAACGGAAGCCTCCCACCAACATCCATGGCCGGAGTGGGTGACTTTCGTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1290 bp · LXL04_022280|LXL04_022280|OH1004|CDS

ATGGCAGCAGCTGCCACTAGATTCTTCTCTCTGTTCGAAAGCAACGCCACCTCCACCGCCACCACAGCCGCAAACCTGTACCCGTTCCGTGCAATTCGATTACAACCGACACTCTTCTGTTCTCCAACCCTACGATTCCGTCGCTACTCGTCTTCCTCCGCTGCCGTGATAGAAAATGATTCTCCCACCACCGCCACCCTTGGTGAAACAACGGAAGCCTCCCACCAACATCCATGGCCGGAGTGGGTGACTTTCGTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

429 aa · LXL04_022280|LXL04_022280|OH1004|PROTEIN

MAAAATRFFSLFESNATSTATTAANLYPFRAIRLQPTLFCSPTLRFRRYSSSSAAVIENDSPTTATLGETTEASHQHPWPEWVTFVDRLKTKGYLNKEGGNDVAVYKDMTILKEACLSFGRDRFDIFKSLSMQDIQTLVDKGCPNINRKTVNSGKRLRAHLQLVEGDVCGACILRGSCDRAFVILKDIESGARTVDIVRILLNYALDPVTVSNSKPSGAEIVEKSAKKLLLELTELSDTAIEPELQKPPATIPKKVQSFE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022280`
TK1151 ID	TkA05G455970
OH-1004 ID	LXL04_022280
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022280

位置 Chr04:147500200-147502144 (-)

描述 Similar to VAR3: Zinc finger protein VAR3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g17790`	叶绿体和栅栏细胞发育所需的某些蛋白质复合物的可能成分。	Arabidopsis VARIEGATED 3 encodes a chloroplast-targeted, zinc-finger protein required for chloroplast and palisade cell development.2004 · DOI: 10.1242/jcs.01360

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022280 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0001975 response to amphetamine 生物过程

GO:0002224 toll-like receptor signaling pathway 生物过程

GO:0002753 cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006111 regulation of gluconeogenesis 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006607 NLS-bearing protein import into nucleus 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0045824 negative regulation of innate immune response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G17790

mmu:19386

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.655

排名 1 · LXL04_022280 · OH-1004

线粒体0.217

排名 2 · LXL04_022280 · OH-1004

细胞核0.156

排名 3 · LXL04_022280 · OH-1004

细胞质0.081

排名 4 · LXL04_022280 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 5 · LXL04_022280 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00641.24Zn_ribbon_RanBP312-340 aa

PF00641.24Zn_ribbon_RanBP351-374 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022280	`PF00641.24`	Zn_ribbon_RanBP	312	340	5.9e-23	80.5
LXL04_022280	`PF00641.24`	Zn_ribbon_RanBP	351	374	5.9e-23	80.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S9K3`	拟南芥	Zinc finger protein VAR3, chloroplastic	28.571%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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