TkA05G248950 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G248950

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 61919868-61922647 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1898 bp · TkA05G248950|TK1151|cDNA

CTCACGAGTTTAACCTTTGTTGTCCTATAAATCTATGCCTCAGTTCCTCCAAGATACTAAATATCAGCGATGGGTAAAAACGCACAGGATTTGACTAAAGACTATGAGGAAGAAATCATTTTCCGAAGTCGTTACCCGCCTGTCCCCATTCCCGACCTCTTATTGCCGGATTTCGTGCTCAAGGATGCTGAATCTTACGCCGACAATGTTGCATTCATCGATGCTGCCACAAAGAAATCCTACACGTATGGCGATGTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1650 bp · TkA05G248950|TK1151|CDS

ATGGGTAAAAACGCACAGGATTTGACTAAAGACTATGAGGAAGAAATCATTTTCCGAAGTCGTTACCCGCCTGTCCCCATTCCCGACCTCTTATTGCCGGATTTCGTGCTCAAGGATGCTGAATCTTACGCCGACAATGTTGCATTCATCGATGCTGCCACAAAGAAATCCTACACGTATGGCGATGTAGTTAGGGACGTTAGAAGGTCTTCTAAGGCTTTGAGGTCACTTGGCATGCGAACTGGGCATGTTATCGTTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

549 aa · TkA05G248950|TK1151|PROTEIN

MGKNAQDLTKDYEEEIIFRSRYPPVPIPDLLLPDFVLKDAESYADNVAFIDAATKKSYTYGDVVRDVRRSSKALRSLGMRTGHVIVVVLPNIVEYGIVALGIMGGGGVFSGANPSSHSSEIKKQVELAGATLIITDDKTYNKVSKLGLPVVIVGKERVQGTILWEELLEAGERVSNSVVENIVTQDDLCALPFSSGTTGLSKGVMLTHRNIVANLCSTLFSVGPDLIGKVTILGLIPYFHIYGLTGILCATLKNKGKVVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G248950`
TK1151 ID	TkA05G248950
OH-1004 ID	LXL04_020604
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G248950

位置 Chr05:61919868-61922647 (+)

描述 Similar to 4CLL1: 4-coumarate--CoA ligase-like 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g62940`	羧酸-CoA连接酶，可能以4-香豆酸为底物。	暂无已核实直接文献
`At3g21240`	产生多种羟基和甲氧基取代的肉桂酸酰基辅酶A，这些化合物用于合成多种来源于苯丙烷的化合物，包括花青素、类黄酮、异黄酮、香豆素、木质素、木栓质和壁结合的酚类化合物。	Three 4-coumarate:coenzyme A ligases in Arabidopsis thaliana represent two evolutionarily divergent classes in angiosperms.1999 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1999.00491.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0310700`	羧酸-CoA连接酶，可能以4-香豆酸为底物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020604 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009698 phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0009800 cinnamic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009803 cinnamic acid metabolic process 生物过程

GO:0033494 ferulate metabolic process 生物过程

GO:0046949 fatty-acyl-CoA biosynthetic process 生物过程

GO:0052315 phytoalexin biosynthetic process 生物过程

GO:0080110 sporopollenin biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62940

ath:AT3G21240

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.333

排名 1 · TkA05G248950 · TK1151

细胞质0.256

排名 2 · TkA05G248950 · TK1151

内质网0.189

排名 3 · TkA05G248950 · TK1151

线粒体0.124

排名 4 · TkA05G248950 · TK1151

细胞核0.073

排名 5 · TkA05G248950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00501AMP-binding39-403 aa

PF12606RELT233-256 aa

PF01043SecA_PP_bind357-383 aa

PF01043SecA_PP_bind420-439 aa

PF13193AMP-binding_C454-529 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G248950	`PF00501`	AMP-binding	39	403	2e-79	267.9
TkA05G248950	`PF12606`	RELT	233	256	0.016	15.0
TkA05G248950	`PF01043`	SecA_PP_bind	357	383	0.17	13.2
TkA05G248950	`PF01043`	SecA_PP_bind	420	439	0.17	13.2
TkA05G248950	`PF13193`	AMP-binding_C	454	529	7.1e-17	62.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LQ12`	拟南芥	sp\|Q9LQ12\|4CLL1_ARATH 4-coumarate--CoA ligase-like 1	68.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9S725`	拟南芥	sp\|Q9S725\|4CL2_ARATH 4-coumarate--CoA ligase 2	38.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7XXL2`	水稻	sp\|Q7XXL2\|4CLL9_ORYSJ 4-coumarate--CoA ligase-like 9	59.800%	Swiss-Prot	高置信

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