RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G129610
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 33725920-33728619 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1798 bp · TkA04G129610|TK1151|cDNA

TTCAAACTACGAAGAAATACTCTTCTCAAGGAGAGGCTAGCCACCGGATCTTTCTCGACTGTTCTCATTCTCTTCGTCAACCTATAAATCCTGCAGTTGCAGGTATTTGTTATGAAAACCTGTTCATTCGTTCAACACTGGCCGAATTAACCATCGCAGTTGCAGATTTTAGATGGAAACAGGAGGCAATTCCCTAGCATCTGGGCCAGATGGAGTGAAGAGAAAGGTGTACTACTTCTATGATCCAGAGGTCGGAAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1488 bp · TkA04G129610|TK1151|CDS

ATGGAAACAGGAGGCAATTCCCTAGCATCTGGGCCAGATGGAGTGAAGAGAAAGGTGTACTACTTCTATGATCCAGAGGTCGGAAACTACTACTATGGACAAGGTCACCCAATGAAGCCCCACAGAATTCGCATGACACATGCCCTCCTAGCCCACTATGGCTTACTTCAAAACATGCATGTTGTAAAGCCAGTTCCAGCTAGAGACAAAGATCTCTGCAGATTCCATGCTGATGATTACGTGTCCTTTCTAAGAGGCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

495 aa · TkA04G129610|TK1151|PROTEIN

METGGNSLASGPDGVKRKVYYFYDPEVGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHALLAHYGLLQNMHVVKPVPARDKDLCRFHADDYVSFLRGITPETQQDQLRQLKRFNVGEDCPVFDGLYSFCQTYAGGSVGGAVKLNHEYCDIAINWAGGLHHAKKCEASGFCYVNDIVLSILELLKVHQRVLYVDIDIHHGDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKFGDYFPGTGDIRDIGYSKGKYYSLNVPLDDGIDDESYQSLFKPIIGKVMEVF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G129610
TK1151 IDTkA04G129610
OH-1004 IDLXL04_035457
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G129610
位置Chr04:33725920-33728619 (+)
描述Similar to HDA19: Histone deacetylase 19
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g38130 催化核心组蛋白H2A、H2B、H3和H4的N端赖氨酸残基去乙酰化。
Functional analysis of a RPD3 histone deacetylase homologue in Arabidopsis thaliana.2000 · DOI: 10.1023/a:1006498413543
HISTONE DEACETYLASE19 is involved in jasmonic acid and ethylene signaling of pathogen response in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.028514
Arabidopsis thaliana histone deacetylase 1 (AtHD1) is localized in euchromatic regions and demonstrates histone deacetylase activity in vitro.2006 · DOI: 10.1038/sj.cr.7310059
APETALA2 negatively regulates multiple floral organ identity genes in Arabidopsis by recruiting the co-repressor TOPLESS and the histone deacetylase HDA19.2012 · DOI: 10.1242/dev.085407
The Distinct Roles of Class I and II RPD3-Like Histone Deacetylases in Salinity Stress Response.2017 · DOI: 10.1104/pp.17.01332

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0583400 催化核心组蛋白H2A、H2B、H3和H4的N端赖氨酸残基去乙酰化。
Structure and expression of the rice class-I type histone deacetylase genes OsHDAC1-3: OsHDAC1 overexpression in transgenic plants leads to increased growth rate and altered architecture.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01650.x
The histone deacetylase OsHDAC1 epigenetically regulates the OsNAC6 gene that controls seedling root growth in rice.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03908.x
MODD Mediates Deactivation and Degradation of OsbZIP46 to Negatively Regulate ABA Signaling and Drought Resistance in Rice.2016 · DOI: 10.1105/tpc.16.00171
Os02g0215200 催化核心组蛋白H2A、H2B、H3和H4的N端赖氨酸残基去乙酰化。 暂无已核实直接文献
Os02g0214900 催化核心组蛋白H2A、H2B、H3和H4的N端赖氨酸残基去乙酰化。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035457 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程
GO:0009861 jasmonic acid and ethylene-dependent systemic resistance 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:1901001 negative regulation of response to salt stress 生物过程
GO:1902459 positive regulation of stem cell population maintenance 生物过程
GO:2000026 regulation of multicellular organismal development 生物过程
GO:0000118 histone deacetylase complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0070822 Sin3-type complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G38130
dosa:Os02g0214900
dosa:Os02g0215200
dosa:Os06g0583400
osa:4328720
osa:4341387
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.765
排名 1 · TkA04G129610 · TK1151
细胞质0.375
排名 2 · TkA04G129610 · TK1151
线粒体0.050
排名 3 · TkA04G129610 · TK1151
细胞膜0.033
排名 4 · TkA04G129610 · TK1151
内质网0.022
排名 5 · TkA04G129610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00850Hist_deacetyl36-324 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G129610PF00850Hist_deacetyl363242.4e-86290.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O22446拟南芥sp|O22446|HDA19_ARATH Histone deacetylase 1980.200%Swiss-Prot高置信
Q7Y0Y8水稻sp|Q7Y0Y8|HDAC1_ORYSJ Histone deacetylase 189.300%Swiss-Prot高置信
Q6YV04水稻sp|Q6YV04|HDAC2_ORYSJ Histone deacetylase 281.500%Swiss-Prot高置信
Q7Y0Y6水稻sp|Q7Y0Y6|HDAC3_ORYSJ Histone deacetylase 380.700%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看