TkA04G058910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G058910

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 15710897-15715091 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2623 bp · TkA04G058910|TK1151|cDNA

TAGAATTTGAGCCATACATTTTCTCAAATTGCCCCAAATTATCTCCCACCTCTTCCGATATCTCTGTTACTATCGTTAAATCCCCAACCATTTTAAACTCAATGAACACCTCTCACTTCCAATTATAGTACTTCCCTTCCATCCCATTTTGATATCCCTCTTTCTCTGTTCATAGACTGTGAACGGAGACCGAGCTAACAGCAATGGAGATGGCGGTCGGAATACACAATTATGTCACTCCCACGCTTAACCCTAATCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2052 bp · TkA04G058910|TK1151|CDS

ATGGAGATGGCGGTCGGAATACACAATTATGTCACTCCCACGCTTAACCCTAATCACAGAAACTCCTCTTTTTCTTCGTCTATCCTCAGAACCCAACTTCCAGTTGGTCGCACCTTATCTTCTTTTTCTTCTTCCACCATCAAGTCTCCATCCTTTTCTCATTCGAGAAGAAACCCACTTCACAGTTTCATCAAGTGCTCTGTTTCTGAAGCTGAGGCAACTGAAACTGTCACTGAGAAAAAAGTTGCATTAGTGAGGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

683 aa · TkA04G058910|TK1151|PROTEIN

MEMAVGIHNYVTPTLNPNHRNSSFSSSILRTQLPVGRTLSSFSSSTIKSPSFSHSRRNPLHSFIKCSVSEAEATETVTEKKVALVRRNDIRNIAIVAHVDHGKTTLVDAMLKQAKVFRDNQVVEERIMDSNDLERERGITILSKNTSITYKDTKMNIIDTPGHSDFGGEVERVLNMVEGIILVVDSVEGPMPQTRFVLKKALEFGHAVVVVVNKIDRPSARPEFVINSTFELFIELNASDEQCDFQAVYASGIKGMAGLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G058910`
TK1151 ID	TkA04G058910
OH-1004 ID	LXL04_036270
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G058910

位置 Chr04:15710897-15715091 (+)

描述 Similar to SVR3: Putative elongation factor TypA-like SVR3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13650`	推定的叶绿体伸长因子参与对冷胁迫的反应。	A var2 leaf variegation suppressor locus, SUPPRESSOR OF VARIEGATION3, encodes a putative chloroplast translation elongation factor that is important for chloroplast development in the cold.2010 · DOI: 10.1186/1471-2229-10-287

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036270 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0032790 ribosome disassembly 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G13650

bsu:BSU14770

sfl:SF3941

sfx:S3805

stm:STM4009

syn:slr1105

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.934

排名 1 · TkA04G058910 · TK1151

线粒体0.096

排名 2 · TkA04G058910 · TK1151

细胞质0.023

排名 3 · TkA04G058910 · TK1151

细胞核0.020

排名 4 · TkA04G058910 · TK1151

过氧化物酶体0.013

排名 5 · TkA04G058910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21317BetaGal_ABD_177-99 aa

PF00009GTP_EFTU89-280 aa

PF09439SRPRB91-187 aa

PF02421FeoB_N92-112 aa

PF00735Septin92-166 aa

PF01926MMR_HSR193-214 aa

PF08477Roc98-216 aa

PF00025Arf101-111 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G058910	`PF21317`	BetaGal_ABD_1	77	99	0.13	12.9
TkA04G058910	`PF00009`	GTP_EFTU	89	280	2.6e-53	181.1
TkA04G058910	`PF09439`	SRPRB	91	187	0.00029	21.0
TkA04G058910	`PF02421`	FeoB_N	92	112	0.00041	20.6
TkA04G058910	`PF00735`	Septin	92	166	0.0015	18.6
TkA04G058910	`PF01926`	MMR_HSR1	93	214	5.8e-06	27.1
TkA04G058910	`PF08477`	Roc	98	216	0.15	13.0
TkA04G058910	`PF00025`	Arf	101	111	0.0018	18.5
TkA04G058910	`PF00350`	Dynamin_N	114	214	0.14	12.9
TkA04G058910	`PF02421`	FeoB_N	138	218	0.00041	20.6
TkA04G058910	`PF00025`	Arf	140	232	0.0018	18.5
TkA04G058910	`PF22042`	EF-G_D2	291	374	3e-09	37.6
TkA04G058910	`PF03144`	GTP_EFTU_D2	304	374	7.8e-11	43.0
TkA04G058910	`PF14492`	EFG_III	380	401	0.00039	21.1
TkA04G058910	`PF21317`	BetaGal_ABD_1	412	477	0.13	12.9
TkA04G058910	`PF14492`	EFG_III	415	461	0.00039	21.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K410`	拟南芥	sp\|F4K410\|SVR3_ARATH Putative elongation factor TypA-like SVR3, chloroplastic	79.600%	Swiss-Prot	高置信

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