LXL04_036270 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036270

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 39091410-39095035 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2052 bp · LXL04_036270|LXL04_036270|OH1004|cDNA

ATGGAGATGGCGGTCGGAATACACAATTATGTCACTCCCACGCTTAACCCTAATCACAGAAACTCCTCTTTTTCTTCGTCTATCCTCAGAACCCAACTTCCAGTTGGTCGCACCttatcttctttttcttcttccaCCATCAAGTCTCCATCCTTTTCTCATTCGAGAAGAAACCCACTTCACAGTTTCATCAAGTGCTCTGTTTCTGAAGCTGAGGCAACTGAAACTGTCACTGAGAAAAAAGTTGCATTAGTGAGGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2052 bp · LXL04_036270|LXL04_036270|OH1004|CDS

ATGGAGATGGCGGTCGGAATACACAATTATGTCACTCCCACGCTTAACCCTAATCACAGAAACTCCTCTTTTTCTTCGTCTATCCTCAGAACCCAACTTCCAGTTGGTCGCACCTTATCTTCTTTTTCTTCTTCCACCATCAAGTCTCCATCCTTTTCTCATTCGAGAAGAAACCCACTTCACAGTTTCATCAAGTGCTCTGTTTCTGAAGCTGAGGCAACTGAAACTGTCACTGAGAAAAAAGTTGCATTAGTGAGGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

683 aa · LXL04_036270|LXL04_036270|OH1004|PROTEIN

MEMAVGIHNYVTPTLNPNHRNSSFSSSILRTQLPVGRTLSSFSSSTIKSPSFSHSRRNPLHSFIKCSVSEAEATETVTEKKVALVRRNDIRNIAIVAHVDHGKTTLVDAMLKQAKVFRDNQVVEERIMDSNDLERERGITILSKNTSITYKDTKMNIIDTPGHSDFGGEVERVLNMVEGIILVVDSVEGPMPQTRFVLKKALEFGHAVVVVVNKIDRPSARPEFVINSTFELFIELNASDEQCDFQAVYASGIKGMAGLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036270`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036270

位置 Chr08:39091410-39095035 (-)

描述 Similar to SVR3: Putative elongation factor TypA-like SVR3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13650`	推定的叶绿体伸长因子参与对冷胁迫的反应。	A var2 leaf variegation suppressor locus, SUPPRESSOR OF VARIEGATION3, encodes a putative chloroplast translation elongation factor that is important for chloroplast development in the cold.2010 · DOI: 10.1186/1471-2229-10-287

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036270 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0032790 ribosome disassembly 生物过程

GO:0050821 protein stabilization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G13650

bsu:BSU14770

sfl:SF3941

sfx:S3805

stm:STM4009

syn:slr1105

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.934

排名 1 · LXL04_036270 · OH-1004

线粒体0.096

排名 2 · LXL04_036270 · OH-1004

细胞质0.023

排名 3 · LXL04_036270 · OH-1004

细胞核0.020

排名 4 · LXL04_036270 · OH-1004

过氧化物酶体0.013

排名 5 · LXL04_036270 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00009.34GTP_EFTU89-280 aa

PF01926.30MMR_HSR193-214 aa

PF22042.3EF-G_D2291-374 aa

PF03144.32GTP_EFTU_D2304-374 aa

PF00679.31EFG_C480-566 aa

PF21018.3BipA_C571-674 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036270	`PF00009.34`	GTP_EFTU	89	280	2.6e-53	181.1
LXL04_036270	`PF01926.30`	MMR_HSR1	93	214	5.8e-06	27.1
LXL04_036270	`PF22042.3`	EF-G_D2	291	374	3e-09	37.6
LXL04_036270	`PF03144.32`	GTP_EFTU_D2	304	374	7.8e-11	43.0
LXL04_036270	`PF00679.31`	EFG_C	480	566	5e-20	72.1
LXL04_036270	`PF21018.3`	BipA_C	571	674	1.3e-39	135.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K410`	拟南芥	Putative elongation factor TypA-like SVR3, chloroplastic	78.743%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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