TkA04G012200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G012200

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 3013667-3025992 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2517 bp · TkA04G012200|TK1151|cDNA

TTTTATATAATACAAAAATGGTTTTTATCTAAACTGAACGTGTTACGTGTTATCCTACCGAGGACTAAATTTAGAAGTCGTAAACTTCATCTCCCTTTACCATTTCAGTGATGAACCCTAAAAACCAAATTAATAGCAATTAGATTCACAGAGAGGTTTCTCAATCGGTAGTTCGAAATGATGGTTTATTCATCATTTTTGCCGGTGAATTTAACGGAATGAATTCCTAATTTAGAGCAATAACATTCATAACCGGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3870 bp · TkA04G012200|TK1151|CDS

ATGGGCACATTAAGCAGCGATCTCTTCTACGACATTCTAAAACGTCTCGATGGTGCAACCCTAGCTAGTGCATCATGCGCATGTGCAGCTTTTAGTTCAATGTCAAAAGAAGAGCGATTATGGGAAGATGTATGTTCTTCAATGTGGCCTTCAACAAAAAGAGACGACGTCAGAAACTTGATTCTATCAATCGGCGGATTTAAAAAATTCTATGGAGATTGTTTCCCTTTAATTGTGAACAAAGAGGTTCCCGAGTCTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1289 aa · TkA04G012200|TK1151|PROTEIN

MGTLSSDLFYDILKRLDGATLASASCACAAFSSMSKEERLWEDVCSSMWPSTKRDDVRNLILSIGGFKKFYGDCFPLIVNKEVPESRWSEYPEDYEELSEAEYYGDVDEFENVSPSDFVSMVDIKYKDKTICSKVIWGIPNANGFNGGVTLSVTDGLPMVTSMERERKDGKLWKHLGDGMRLSWIVVNKKVKQAANLSSWSALTGQRHFPTDKDFLLRFGSILPAKDILPCQMVECILAMKFQVITEGATGAHTTLKLTE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G012200`
TK1151 ID	TkA04G012200
OH-1004 ID	LXL04_036986
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.182 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G012200

位置 Chr04:3013667-3025992 (+)

描述 Similar to VPS11: Vacuolar protein-sorting-associated protein 11 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g05170`	参与调节液泡膜和液泡前室的膜融合。	The AtC-VPS protein complex is localized to the tonoplast and the prevacuolar compartment in arabidopsis.2003 · DOI: 10.1091/mbc.e02-08-0509
`At2g36090`	可能的 F-box 蛋白 At2g36090。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036986 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006904 vesicle docking involved in exocytosis 生物过程

GO:0007032 endosome organization 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0032889 regulation of vacuole fusion, non-autophagic 生物过程

GO:0033147 negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway 生物过程

GO:0034058 endosomal vesicle fusion 生物过程

GO:0035542 regulation of SNARE complex assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G05170

cel:CELE_R06F6.2

ddi:DDB_G0278141

hsa:55823

mmu:71732

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.449

排名 1 · TkA04G012200 · TK1151

细胞核0.259

排名 2 · TkA04G012200 · TK1151

高尔基体0.198

排名 3 · TkA04G012200 · TK1151

内质网0.162

排名 4 · TkA04G012200 · TK1151

细胞膜0.128

排名 5 · TkA04G012200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box4-42 aa

PF12937F-box-like8-45 aa

PF00515TPR_1287-301 aa

PF23341PEP5_VPS11_N401-443 aa

PF23266VPS11_N423-445 aa

PF23266VPS11_N444-700 aa

PF23341PEP5_VPS11_N444-705 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st503-588 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G012200	`PF00646`	F-box	4	42	0.082	13.6
TkA04G012200	`PF12937`	F-box-like	8	45	0.00094	19.6
TkA04G012200	`PF00515`	TPR_1	287	301	9.6	6.9
TkA04G012200	`PF23341`	PEP5_VPS11_N	401	443	4.4e-74	250.3
TkA04G012200	`PF23266`	VPS11_N	423	445	4.6e-95	319.0
TkA04G012200	`PF23266`	VPS11_N	444	700	4.6e-95	319.0
TkA04G012200	`PF23341`	PEP5_VPS11_N	444	705	4.4e-74	250.3
TkA04G012200	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	503	588	0.014	15.6
TkA04G012200	`PF28737`	VPS18_solenoid_2nd	715	863	6.6e-16	59.5
TkA04G012200	`PF13424`	TPR_12	728	762	1.4	9.8
TkA04G012200	`PF07719`	TPR_2	739	762	1.2	10.1
TkA04G012200	`PF23356`	TPR_PEP5_VPS11	750	1134	1.9e-85	288.0
TkA04G012200	`PF23556`	TPR_Vps41	756	886	1.4e-08	35.0
TkA04G012200	`PF00637`	Clathrin	770	908	2.5e-12	47.5
TkA04G012200	`PF00515`	TPR_1	810	820	9.6	6.9
TkA04G012200	`PF13424`	TPR_12	848	882	1.4	9.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJ40`	拟南芥	sp\|Q9SJ40\|VPS11_ARATH Vacuolar protein-sorting-associated protein 11 homolog	75.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SIH5`	拟南芥	sp\|Q9SIH5\|FB322_ARATH Probable F-box protein At2g36090	26.700%	Swiss-Prot	低置信

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