LXL04_036986 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_036986

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 51252224-51259674 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4038 bp · LXL04_036986|LXL04_036986|OH1004|cDNA

ATGGCAAAAATGTCAATGGCACAAATTGAAAATATGGGCACATTAAGCAGCGATCTCTTCTACGACATTCTAAAACGTCTCGATGGTGCAACCCTAGCTAGTGCATCATGCGCATGTGCAGCTTTTAGTTCAATGTCAAAAGAAGAGCGATTATGGGAAGATGTATGTTCTTCAATGTGGCCTTCAACAAAAAGAGACGACGTCAGAAACTTGATTCTATCAATCGGCGGATTTAAAAAATTCTATGGAGATTGTTTCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

4038 bp · LXL04_036986|LXL04_036986|OH1004|CDS

ATGGCAAAAATGTCAATGGCACAAATTGAAAATATGGGCACATTAAGCAGCGATCTCTTCTACGACATTCTAAAACGTCTCGATGGTGCAACCCTAGCTAGTGCATCATGCGCATGTGCAGCTTTTAGTTCAATGTCAAAAGAAGAGCGATTATGGGAAGATGTATGTTCTTCAATGTGGCCTTCAACAAAAAGAGACGACGTCAGAAACTTGATTCTATCAATCGGCGGATTTAAAAAATTCTATGGAGATTGTTTCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1345 aa · LXL04_036986|LXL04_036986|OH1004|PROTEIN

MAKMSMAQIENMGTLSSDLFYDILKRLDGATLASASCACAAFSSMSKEERLWEDVCSSMWPSTKRDDVRNLILSIGGFKKFYGDCFPLIVNKEVPESRWSEYPEDYEELSEAEYYGDVDEFENVSPSDFVSMVDIKYKDKTICSKVIWGIPNANGFNGWFSNCPFRIDLFSFTGEGDDHTGGVTLSVTDGLPMVTSMERERKDGKLWKHLGDGMRLSWIVVNKKVKQAANLSSWSALTGQRHFPTDKDFLLRFGSILPAK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_036986`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_036986

位置 Chr08:51252224-51259674 (-)

描述 Similar to VPS11: Vacuolar protein-sorting-associated protein 11 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g05170`	参与调节液泡膜和液泡前室的膜融合。	The AtC-VPS protein complex is localized to the tonoplast and the prevacuolar compartment in arabidopsis.2003 · DOI: 10.1091/mbc.e02-08-0509

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036986 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006904 vesicle docking involved in exocytosis 生物过程

GO:0007032 endosome organization 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0008333 endosome to lysosome transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0032889 regulation of vacuole fusion, non-autophagic 生物过程

GO:0033147 negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway 生物过程

GO:0034058 endosomal vesicle fusion 生物过程

GO:0035542 regulation of SNARE complex assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G05170

cel:CELE_R06F6.2

ddi:DDB_G0278141

hsa:55823

mmu:71732

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.451

排名 1 · LXL04_036986 · OH-1004

细胞核0.287

排名 2 · LXL04_036986 · OH-1004

高尔基体0.182

排名 3 · LXL04_036986 · OH-1004

内质网0.138

排名 4 · LXL04_036986 · OH-1004

细胞膜0.125

排名 5 · LXL04_036986 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23341.2PEP5_VPS11_N426-758 aa

PF23266.2VPS11_N448-753 aa

PF28737.1VPS18_solenoid_2nd768-916 aa

PF23356.2TPR_PEP5_VPS11803-1190 aa

PF23556.2TPR_Vps41809-939 aa

PF00637.27Clathrin823-961 aa

PF28737.1VPS18_solenoid_2nd927-1121 aa

PF17122.11zf-C3H2C31254-1289 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_036986	`PF23341.2`	PEP5_VPS11_N	426	758	3.5e-90	303.3
LXL04_036986	`PF23266.2`	VPS11_N	448	753	5.1e-113	378.0
LXL04_036986	`PF28737.1`	VPS18_solenoid_2nd	768	916	2.4e-15	57.7
LXL04_036986	`PF23356.2`	TPR_PEP5_VPS11	803	1190	2e-85	287.8
LXL04_036986	`PF23556.2`	TPR_Vps41	809	939	1.7e-08	34.8
LXL04_036986	`PF00637.27`	Clathrin	823	961	3.3e-12	47.1
LXL04_036986	`PF28737.1`	VPS18_solenoid_2nd	927	1121	2.4e-15	57.7
LXL04_036986	`PF17122.11`	zf-C3H2C3	1254	1289	2e-06	28.5
LXL04_036986	`PF12451.14`	VPS11_C	1294	1336	5.3e-14	52.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJ40`	拟南芥	Vacuolar protein-sorting-associated protein 11 homolog	75.581%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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