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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G008750
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 2103917-2106200 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1126 bp · TkA04G008750|TK1151|cDNA

AGGCTGCGAACTACGAACCCCCATAACCAGACAAGCCCCCAAAACACCATTCCAGAATCAAAATGCAAACGCCAGACACTCCCCTCGAAACCTCACCCATGGCGGACGACGATACTCCTTCACTTCAAACCAACCCTCAAGATTTTCAAAAATCGCTTCACGGGTGCAATCATTACAGGAGACGATGCAAAATTCGTGCTCCGTGTTGTAATCAGATATTTTTCTGCCGCCATTGTCACAACGAAGCCACGAGCGCGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

855 bp · TkA04G008750|TK1151|CDS

ATGCAAACGCCAGACACTCCCCTCGAAACCTCACCCATGGCGGACGACGATACTCCTTCACTTCAAACCAACCCTCAAGATTTTCAAAAATCGCTTCACGGGTGCAATCATTACAGGAGACGATGCAAAATTCGTGCTCCGTGTTGTAATCAGATATTTTTCTGCCGCCATTGTCACAACGAAGCCACGAGCGCGTTGGCAAACCCAAAGGAACGCCATGAAATTGTTCGGCACGATATTAAACAAGTTATATGTGCAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

284 aa · TkA04G008750|TK1151|PROTEIN

MQTPDTPLETSPMADDDTPSLQTNPQDFQKSLHGCNHYRRRCKIRAPCCNQIFFCRHCHNEATSALANPKERHEIVRHDIKQVICAICNTEQQVAHICINCGVKMGEYFCGICKFYDDDISKEQFHCDDCGICRVGGFTKFIHCQKCGSCYDVSLRDIHACLENSTKNHCPICYEFIFDSTKGATIIKCGHTMHLDCYEEMIIKNQYRCPICSKSMCNMSRTWQRLDQEIEATAMPEEYRYEVPILCNDCNNTSKASFHI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G008750
TK1151 IDTkA04G008750
OH-1004 IDLXL04_037042
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)80.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 86.268 / OH-1004 99.625
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G008750
位置Chr04:2103917-2106200 (-)
描述Similar to MIEL1: E3 ubiquitin-protein ligase MIEL1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g18650 E3 泛素蛋白连接酶，充当细胞死亡和防御的调节剂。
Arabidopsis ubiquitin ligase MIEL1 mediates degradation of the transcription factor MYB30 weakening plant defence.2013 · DOI: 10.1038/ncomms2479
At5g22920 具有体外 E3 泛素蛋白连接酶活性。
Expression of a gene encoding a rice RING zinc-finger protein, OsRZFP34, enhances stomata opening.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0217-6
Arabidopsis RZFP34/CHYR1, a Ubiquitin E3 Ligase, Regulates Stomatal Movement and Drought Tolerance via SnRK2.6-Mediated Phosphorylation.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00321

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0348900 具有体外 E3 泛素蛋白连接酶活性。
Knock-down of stress inducible OsSRFP1 encoding an E3 ubiquitin ligase with transcriptional activation activity confers abiotic stress tolerance through enhancing antioxidant protection in rice.2015 · DOI: 10.1007/s11103-015-0294-1
Os01g0719100 在酵母细胞中具有反式激活活性。
Expression of a gene encoding a rice RING zinc-finger protein, OsRZFP34, enhances stomata opening.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0217-6
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037042 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0010255 glucose mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程
GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程
GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程
GO:1902456 regulation of stomatal opening 生物过程
GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G18650
ath:AT5G22920
dosa:Os01g0719100
dosa:Os03g0348900
mmu:68098
osa:4324695
osa:4332833
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.630
排名 1 · TkA04G008750 · TK1151
细胞质0.536
排名 2 · TkA04G008750 · TK1151
线粒体0.049
排名 3 · TkA04G008750 · TK1151
细胞膜0.035
排名 4 · TkA04G008750 · TK1151
内质网0.030
排名 5 · TkA04G008750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05495zf-CHY35-108 aa
PF13639zf-RING_238-61 aa
PF14570zf-RING_447-64 aa
PF14599zinc_ribbon_653-63 aa
PF14634zf-RING_553-89 aa
PF00097zf-C3HC454-63 aa
PF13923zf-C3HC4_254-60 aa
PF26476DUF814955-80 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G008750PF05495zf-CHY351084.9e-1969.2
TkA04G008750PF13639zf-RING_238619.5e-0832.9
TkA04G008750PF14570zf-RING_447640.009616.4
TkA04G008750PF14599zinc_ribbon_653631.6e-2589.6
TkA04G008750PF14634zf-RING_553895.8e-0730.1
TkA04G008750PF00097zf-C3HC454633.4e-0730.7
TkA04G008750PF13923zf-C3HC4_254603.3e-0627.5
TkA04G008750PF26476DUF814955800.4111.5
TkA04G008750PF14599zinc_ribbon_679961.6e-2589.6
TkA04G008750PF26476DUF814983950.4111.5
TkA04G008750PF13639zf-RING_2851039.5e-0832.9
TkA04G008750PF00097zf-C3HC4851023.4e-0730.7
TkA04G008750PF13923zf-C3HC4_2851133.3e-0627.5
TkA04G008750PF14634zf-RING_5971145.8e-0730.1
TkA04G008750PF14570zf-RING_41121300.009616.4
TkA04G008750PF14599zinc_ribbon_61231491.6e-2589.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8VZK0拟南芥sp|Q8VZK0|MIEL1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MIEL159.200%Swiss-Prot高置信
Q9FFB6拟南芥sp|Q9FFB6|ZFP34_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RZFP3448.400%Swiss-Prot中等置信
Q10LI1水稻sp|Q10LI1|SRFP1_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SRFP152.200%Swiss-Prot高置信
Q5JL96水稻sp|Q5JL96|ZFP34_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase RZFP3447.100%Swiss-Prot中等置信

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