LXL04_037042 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037042

当前版本: OH-1004 染色体: Chr08 坐标: 52155121-52156903 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

804 bp · LXL04_037042|LXL04_037042|OH1004|cDNA

ATGCAAACGCCAGACACTCCCCTCGAAACCTCACCCATGGCGGACGACGATACTCCTTCACTTCAAACCAACCCTCAAGATTTTCAAAAATCGCTTCACGGGTGCAATCATTACAGGAGACGATGCAAAATTCGTGCTCCGTGTTGTAATCAGATATTTTTCTGCCGCCATTGTCACAACGAAGCCACGAGCGCGTTGGCAAACCCAAAGGAACGCCATGAAATTGTTCGGCACGATATTAAACAAGTTATATGTGCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

804 bp · LXL04_037042|LXL04_037042|OH1004|CDS

ATGCAAACGCCAGACACTCCCCTCGAAACCTCACCCATGGCGGACGACGATACTCCTTCACTTCAAACCAACCCTCAAGATTTTCAAAAATCGCTTCACGGGTGCAATCATTACAGGAGACGATGCAAAATTCGTGCTCCGTGTTGTAATCAGATATTTTTCTGCCGCCATTGTCACAACGAAGCCACGAGCGCGTTGGCAAACCCAAAGGAACGCCATGAAATTGTTCGGCACGATATTAAACAAGTTATATGTGCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

267 aa · LXL04_037042|LXL04_037042|OH1004|PROTEIN

MQTPDTPLETSPMADDDTPSLQTNPQDFQKSLHGCNHYRRRCKIRAPCCNQIFFCRHCHNEATSALANPKERHEIVRHDIKQVICAICNTEQQVAHICINCGVKMGEYFCGICKFYDDDVNTKHHLSFILFYSIENKRFQKNSFIAMTVGYVELEALRNSSIAKSVVWRSCYDVSLRDIHACLENSTKNHCPICYEFIFDSTKGATIIKCGHTMHLDCYEEMIIKNQYRCPICSKSMCNMSRTWQRLDQEIEATAMPEEY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037042`
TK1151 ID	TkA04G008750
OH-1004 ID	LXL04_037042
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	80.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.268 / OH-1004 99.625 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037042

位置 Chr08:52155121-52156903 (+)

描述 Similar to MIEL1: E3 ubiquitin-protein ligase MIEL1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g18650`	E3 泛素蛋白连接酶，充当细胞死亡和防御的调节剂。	Arabidopsis ubiquitin ligase MIEL1 mediates degradation of the transcription factor MYB30 weakening plant defence.2013 · DOI: 10.1038/ncomms2479
`At5g22920`	具有体外 E3 泛素蛋白连接酶活性。	Expression of a gene encoding a rice RING zinc-finger protein, OsRZFP34, enhances stomata opening.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0217-6 Arabidopsis RZFP34/CHYR1, a Ubiquitin E3 Ligase, Regulates Stomatal Movement and Drought Tolerance via SnRK2.6-Mediated Phosphorylation.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00321

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0348900`	具有体外 E3 泛素蛋白连接酶活性。	Knock-down of stress inducible OsSRFP1 encoding an E3 ubiquitin ligase with transcriptional activation activity confers abiotic stress tolerance through enhancing antioxidant protection in rice.2015 · DOI: 10.1007/s11103-015-0294-1
`Os01g0719100`	在酵母细胞中具有反式激活活性。	Expression of a gene encoding a rice RING zinc-finger protein, OsRZFP34, enhances stomata opening.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0217-6

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037042 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0010255 glucose mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程

GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:1902456 regulation of stomatal opening 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G18650

ath:AT5G22920

dosa:Os01g0719100

dosa:Os03g0348900

mmu:68098

osa:4324695

osa:4332833

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.543

排名 1 · LXL04_037042 · OH-1004

细胞核0.479

排名 2 · LXL04_037042 · OH-1004

线粒体0.071

排名 3 · LXL04_037042 · OH-1004

细胞膜0.054

排名 4 · LXL04_037042 · OH-1004

内质网0.047

排名 5 · LXL04_037042 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05495.18zf-CHY35-108 aa

PF13639.13zf-RING_2189-233 aa

PF14634.13zf-RING_5190-235 aa

PF00097.32zf-C3HC4191-233 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2191-233 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037042	`PF05495.18`	zf-CHY	35	108	4.3e-19	69.4
LXL04_037042	`PF13639.13`	zf-RING_2	189	233	9.9e-08	32.8
LXL04_037042	`PF14634.13`	zf-RING_5	190	235	5.2e-07	30.2
LXL04_037042	`PF00097.32`	zf-C3HC4	191	233	1.3e-06	28.9
LXL04_037042	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	191	233	2.4e-06	27.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZK0`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase MIEL1	51.639%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FFB6`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RZFP34	43.515%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q10LI1`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase SRFP1	46.352%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5JL96`	水稻	Probable E3 ubiquitin-protein ligase RZFP34	41.270%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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