TkA04G000450 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G000450

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 112247-119437 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1515 bp · TkA04G000450|TK1151|cDNA

TTTTACGACCAATATGTTTTACTAAATTATAACGTTGCCGGTGAGTTGAATCTTTTTGTGTAAAGGAGTCGATACTATTAAACCGAGAGAATGAAGCTACAGATTTAGAGGAGGAAGCAGATAAGATGACATATCTCACAGACGTTGGTTCTCTCAACTGTTACCGTAGCTGGCCTTCCCTTCCGGCACCAGGTACTGTAGGCGCGTTGACGTCAAAGAATCCTAGATACCTCATCACCTATGGTCCAGCGCACCGCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1890 bp · TkA04G000450|TK1151|CDS

ATGACATATCTCACAGACGTTGGTTCTCTCAACTGTTACCGTAGCTGGCCTTCCCTTCCGGCACCAGGTACTGTAGGCGCGTTGACGTCAAAGAATCCTAGATACCTCATCACCTATGGTCCAGCGCACCGCAAGTGCAGCAGCTGGAGGTTCCGCTGTTCTATAGCCAAGGATTCCCCAATTACTCCTCCAATTTCAAACGAGTCCAATTCTCAGCCATTGCTGGACTGTGTCATTGTGGGGGCCGGCATTAGCGGCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

629 aa · TkA04G000450|TK1151|PROTEIN

MTYLTDVGSLNCYRSWPSLPAPGTVGALTSKNPRYLITYGPAHRKCSSWRFRCSIAKDSPITPPISNESNSQPLLDCVIVGAGISGLCIAQALATKHAAVSPDVIVTEARDRVGGNISTVERDGYLWEEGPNSFQPSDAMLTMVVDSGLKDDLVLGDPTAPRFVLWGGDLKPVPSKPADLPFFDLMSFPGKLRAGFGAFGFRPSPPDREESVEEFVRRNLGDEVFERLIEPFCSGVYAGDPSKLSMKAAFGKVWKLEQNG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G000450`
TK1151 ID	TkA04G000450
OH-1004 ID	LXL04_006054
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	29.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 60.890 / OH-1004 47.942 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G000450

位置 Chr04:112247-119437 (+)

描述 Similar to PPXII: Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g01690`	催化原卟啉原-IX的6电子氧化生成原卟啉-IX。	暂无已核实直接文献
`At5g14220`	催化原卟啉原-IX的6电子氧化生成原卟啉-IX。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0286600`	催化原卟啉原-IX的6电子氧化生成原卟啉-IX。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006054 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006779 porphyrin-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0006782 protoporphyrinogen IX biosynthetic process 生物过程

GO:0006783 heme biosynthetic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G14220

nta:107815753

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.973

排名 1 · TkA04G000450 · TK1151

线粒体0.040

排名 2 · TkA04G000450 · TK1151

细胞质0.019

排名 3 · TkA04G000450 · TK1151

过氧化物酶体0.014

排名 4 · TkA04G000450 · TK1151

细胞膜0.012

排名 5 · TkA04G000450 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01266DAO76-115 aa

PF01946Thi476-116 aa

PF12831FAD_oxidored76-118 aa

PF13454NAD_binding_978-117 aa

PF13450NAD_binding_879-138 aa

PF01593Amino_oxidase84-451 aa

PF13454NAD_binding_9310-355 aa

PF01593Amino_oxidase530-619 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G000450	`PF01266`	DAO	76	115	0.00017	22.0
TkA04G000450	`PF01946`	Thi4	76	116	0.054	13.4
TkA04G000450	`PF12831`	FAD_oxidored	76	118	0.19	11.7
TkA04G000450	`PF13454`	NAD_binding_9	78	117	0.0083	16.8
TkA04G000450	`PF13450`	NAD_binding_8	79	138	8.7e-12	45.9
TkA04G000450	`PF01593`	Amino_oxidase	84	451	6.5e-88	296.7
TkA04G000450	`PF13454`	NAD_binding_9	310	355	0.0083	16.8
TkA04G000450	`PF01593`	Amino_oxidase	530	619	6.5e-88	296.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P55826`	拟南芥	sp\|P55826\|PPOC_ARATH Protoporphyrinogen oxidase 1, chloroplastic	76.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q8S9J1`	拟南芥	sp\|Q8S9J1\|PPOCM_ARATH Protoporphyrinogen oxidase 2, chloroplastic/mitochondrial	29.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q9AR38`	水稻	sp\|Q9AR38\|PPOC_ORYSJ Protoporphyrinogen oxidase, chloroplastic	72.300%	Swiss-Prot	高置信

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