LXL04_006054 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006054

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 1153678-1160247 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2262 bp · LXL04_006054|LXL04_006054|OH1004|cDNA

ATGGCGGTTTCAATTAAGCGTGCAGTGATATCGTGTCGCAACATCTATCCTTTGCTACGATCATCTCGCCGGATTTCTCAATGTGCAGCCTCTCCATATTTCCTGAAAACAGTCAGTGATCCGCGTCCGGTGTTTTCCAGTTCGCCGGCGATTGGTTTTCCATTCGAATCTCGCAGATCATTTGCCAAAGCACGAAAGAAATGGGATGACGATGACACTGGCGAACTTGATGTTGCTAACGGCGATGCTGCGAGCAGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2262 bp · LXL04_006054|LXL04_006054|OH1004|CDS

ATGGCGGTTTCAATTAAGCGTGCAGTGATATCGTGTCGCAACATCTATCCTTTGCTACGATCATCTCGCCGGATTTCTCAATGTGCAGCCTCTCCATATTTCCTGAAAACAGTCAGTGATCCGCGTCCGGTGTTTTCCAGTTCGCCGGCGATTGGTTTTCCATTCGAATCTCGCAGATCATTTGCCAAAGCACGAAAGAAATGGGATGACGATGACACTGGCGAACTTGATGTTGCTAACGGCGATGCTGCGAGCAGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

753 aa · LXL04_006054|LXL04_006054|OH1004|PROTEIN

MAVSIKRAVISCRNIYPLLRSSRRISQCAASPYFLKTVSDPRPVFSSSPAIGFPFESRRSFAKARKKWDDDDTGELDVANGDAASRIEIVNIGPIIKSTAISEMEAAIDAVSHELSKLRTGRASAGMLDHIIVETGGVKMPLNRMAVVSVLDPKTLSVTPYSSNALKELEKAIVSSPLGLNPKPDGERLITAIPPMTKEHMQAVCKVVAKSSEDAKQRIRRARQKAIDTIKKSLPKKSEGKNKGKDKENVKANKTVSGFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006054`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006054

位置 Chr02:1153678-1160247 (-)

描述 Similar to PPXII: Protoporphyrinogen oxidase, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g14220`	催化原卟啉原-IX的6电子氧化生成原卟啉-IX。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006054 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006779 porphyrin-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0006782 protoporphyrinogen IX biosynthetic process 生物过程

GO:0006783 heme biosynthetic process 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0015995 chlorophyll biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G14220

nta:107815753

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.758

排名 1 · LXL04_006054 · OH-1004

质体0.163

排名 2 · LXL04_006054 · OH-1004

细胞质0.104

排名 3 · LXL04_006054 · OH-1004

过氧化物酶体0.049

排名 4 · LXL04_006054 · OH-1004

细胞核0.046

排名 5 · LXL04_006054 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01765.25RRF112-293 aa

PF01266.31DAO300-334 aa

PF13450.13NAD_binding_8303-368 aa

PF01593.31Amino_oxidase308-744 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006054	`PF01765.25`	RRF	112	293	3.7e-45	154.4
LXL04_006054	`PF01266.31`	DAO	300	334	6.7e-08	33.2
LXL04_006054	`PF13450.13`	NAD_binding_8	303	368	1.2e-13	51.8
LXL04_006054	`PF01593.31`	Amino_oxidase	308	744	2.7e-74	251.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S9J1`	拟南芥	Protoporphyrinogen oxidase 2, chloroplastic/mitochondrial	62.955%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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