TkA03G564280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G564280

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 143192307-143196203 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2173 bp · TkA03G564280|TK1151|cDNA

AAATCAGAACCCGTGTATAAAACCTTCCGATTAATCCCCTTCTTCCCCGGGCGTTAATTTCTTTCGGTGCGGCGGCCTGAACCACAGCGATGGACAACGGAAACAACATGAAGAAATCACCGTCCTCAAGTAAAATATCTGTCGACCAATTCGTCTCGAAAATGAACCCCCTTATCGATATGGAAAAGGAAGCTGAGATATCTGCATCGATGAGCTCCGGTGCTAATAGAAATCTGGAATCTGCTTCAAAAAGAGGATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1953 bp · TkA03G564280|TK1151|CDS

ATGGACAACGGAAACAACATGAAGAAATCACCGTCCTCAAGTAAAATATCTGTCGACCAATTCGTCTCGAAAATGAACCCCCTTATCGATATGGAAAAGGAAGCTGAGATATCTGCATCGATGAGCTCCGGTGCTAATAGAAATCTGGAATCTGCTTCAAAAAGAGGATCTACCCTTCTTAATTTGAAATGCGTCGATGTTCAGACAGGGTTAATGGGCAAAAGTCTCCTTGAACTTCAATCAAACAAAGGGGATGTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

650 aa · TkA03G564280|TK1151|PROTEIN

MDNGNNMKKSPSSSKISVDQFVSKMNPLIDMEKEAEISASMSSGANRNLESASKRGSTLLNLKCVDVQTGLMGKSLLELQSNKGDVLPAHKFGTHDVVVLKPNKSDLSSPALGQGVVYRLKDSSITIAFDDIPEEGLNSPLRIEKVANEVTYRRMKDTLVQLSKGIQKGPASDLVPVLFGEKPPTIVKKDVSFTPFNKNLDHSQKDAIKKALSSKDLFLLHGPPGTGKTTTVVEIILQEVKRGSKILACAASNIAVDNIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G564280`
TK1151 ID	TkA03G564280
OH-1004 ID	LXL04_011072
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G564280`
位置	Chr03:143192307-143196203 (+)
描述	Similar to Ighmbp2: DNA-binding protein SMUBP-2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_011072` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006412 translation 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:1903459 mitotic DNA replication lagging strand elongation 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0016604 nuclear body 细胞组分 GO:0033203 DNA helicase A complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:3508 maua:101836074 rno:29532 spo:2539412 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.355

排名 1 · TkA03G564280 · TK1151

细胞核0.328

排名 2 · TkA03G564280 · TK1151

质体0.212

排名 3 · TkA03G564280 · TK1151

线粒体0.122

排名 4 · TkA03G564280 · TK1151

过氧化物酶体0.062

排名 5 · TkA03G564280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21138SMUBP-2_HCS1_1B22-133 aa

PF05496RuvB_N142-173 aa

PF13481AAA_25197-237 aa

PF13086AAA_11199-414 aa

PF04851ResIII199-381 aa

PF13604AAA_30200-261 aa

PF05970PIF1201-259 aa

PF24883NPHP3_N201-243 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G564280	`PF21138`	SMUBP-2_HCS1_1B	22	133	4.5e-18	66.0
TkA03G564280	`PF05496`	RuvB_N	142	173	0.00023	21.7
TkA03G564280	`PF13481`	AAA_25	197	237	0.00094	19.6
TkA03G564280	`PF13086`	AAA_11	199	414	1.8e-66	225.2
TkA03G564280	`PF04851`	ResIII	199	381	0.00012	22.7
TkA03G564280	`PF13604`	AAA_30	200	261	2.1e-10	41.4
TkA03G564280	`PF05970`	PIF1	201	259	0.0056	17.0
TkA03G564280	`PF24883`	NPHP3_N	201	243	0.0059	17.5
TkA03G564280	`PF00580`	UvrD-helicase	202	345	0.00058	20.3
TkA03G564280	`PF01078`	Mg_chelatase	202	238	0.17	12.0
TkA03G564280	`PF00270`	DEAD	203	263	6.9e-06	26.6
TkA03G564280	`PF02562`	PhoH	203	243	0.0069	16.6
TkA03G564280	`PF13245`	AAA_19	204	411	1.6e-09	38.8
TkA03G564280	`PF00931`	NB-ARC	204	238	0.13	12.5
TkA03G564280	`PF20720`	nSTAND3	206	252	0.00019	21.8
TkA03G564280	`PF05496`	RuvB_N	207	251	0.00023	21.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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