LXL04_011072 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011072

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 157483129-157486822 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1953 bp · LXL04_011072|LXL04_011072|OH1004|cDNA

ATGGACAACGGAAACAACATGAAGAAATCACCGTCCTCAAGTAAAATATCTGTCGACCAATTCGTCTCGAAAATGAACCCCCTTATCGATATGGAAAAGGAAGCTGAGATATCTGCATCGATGAGCTCCGGTGCTAATAGAAATCTGGAATCTGCTTCAAAAAGAGGATCTACCCTTCTTAATTTGAAATGCGTCGATGTTCAGACAGGGTTAATGGGCAAAAGTCTCCTTGAACTTCAATCAAACAAAGGGGATGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1953 bp · LXL04_011072|LXL04_011072|OH1004|CDS

ATGGACAACGGAAACAACATGAAGAAATCACCGTCCTCAAGTAAAATATCTGTCGACCAATTCGTCTCGAAAATGAACCCCCTTATCGATATGGAAAAGGAAGCTGAGATATCTGCATCGATGAGCTCCGGTGCTAATAGAAATCTGGAATCTGCTTCAAAAAGAGGATCTACCCTTCTTAATTTGAAATGCGTCGATGTTCAGACAGGGTTAATGGGCAAAAGTCTCCTTGAACTTCAATCAAACAAAGGGGATGTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

650 aa · LXL04_011072|LXL04_011072|OH1004|PROTEIN

MDNGNNMKKSPSSSKISVDQFVSKMNPLIDMEKEAEISASMSSGANRNLESASKRGSTLLNLKCVDVQTGLMGKSLLELQSNKGDVLPAHKFGTHDVVVLKPNKSDLSSPALGQGVVYRLKDSSITIAFDDIPEEGLNSPLRIEKVANEVTYRRMKDTLVQLSKGIQKGPASDLVPVLFGEKPPTIVKKDVSFTPFNKNLDHSQKDAIKKALSSKDLFLLHGPPGTGKTTTVVEIILQEVKRGSKILACAASNIAVDNIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011072`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_011072`
位置	Chr02:157483129-157486822 (+)
描述	Similar to Ighmbp2: DNA-binding protein SMUBP-2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_011072` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006412 translation 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:1903459 mitotic DNA replication lagging strand elongation 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0016604 nuclear body 细胞组分 GO:0033203 DNA helicase A complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:3508 maua:101836074 rno:29532 spo:2539412 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.357

排名 1 · LXL04_011072 · OH-1004

细胞核0.333

排名 2 · LXL04_011072 · OH-1004

质体0.210

排名 3 · LXL04_011072 · OH-1004

线粒体0.120

排名 4 · LXL04_011072 · OH-1004

过氧化物酶体0.061

排名 5 · LXL04_011072 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21138.4SMUBP-2_HCS1_1B22-133 aa

PF13086.13AAA_11199-414 aa

PF13604.13AAA_30200-261 aa

PF13245.13AAA_19204-411 aa

PF13087.13AAA_12423-620 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011072	`PF21138.4`	SMUBP-2_HCS1_1B	22	133	4.5e-18	66.0
LXL04_011072	`PF13086.13`	AAA_11	199	414	1.8e-66	225.2
LXL04_011072	`PF13604.13`	AAA_30	200	261	2.1e-10	41.4
LXL04_011072	`PF13245.13`	AAA_19	204	411	1.5e-09	38.8
LXL04_011072	`PF13087.13`	AAA_12	423	620	1.3e-62	211.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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