RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G544470
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 137304613-137312365 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1744 bp · TkA03G544470|TK1151|cDNA

AAGAAAAAAATTTAAAAATTACTAAAACTGTGTGTCATGTCTCATGACGAACAGAGGAGGAACAATTTGAAACACGCAATTCATGCCTTCTTCGTGTATTGCTTCATTTTTCCTATTTTTTAATCTTTTTGCTTTTTGATATTAAACTTGTTGATGGAGATGGTGATAGTCTTGCAGTTGCCGAACATACGTTTCTGATATACTGTCCAGATTCGAAACCCATTTATAATCTGTAATTTGACTTCCCGGCGAGTTTCTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

3465 bp · TkA03G544470|TK1151|CDS

ATGGACCTTTTACAAACTGAATCAGAGGGTTCAAATCAAACTGTTTCTACACAATCATCATTAATCAACGGTCTCCCAAACGACATCGCTCTAACCTGTCTAGCAAGGATTCCTCGCAGATATCACTCACTCCTCAAATGCGTTTCAAAAAGCTGGAGGGATCTGGTTTCCAGCAAACAATGGCATACCTACCGCCAAAAGCACAATCTAACAGAAACTTGGATCTACGCACTATGTAAAGACAAATCAGAACAGCTTTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1154 aa · TkA03G544470|TK1151|PROTEIN

MDLLQTESEGSNQTVSTQSSLINGLPNDIALTCLARIPRRYHSLLKCVSKSWRDLVSSKQWHTYRQKHNLTETWIYALCKDKSEQLCCYVLDPNSPKKGWKRIPDLPPNCLKRKGVGFEVLGKNLYLLGGCGWIEDATDEVYCFDATRNSWTQASPLSTARCYFACESIDDKLYAIGGLGSKSSDPHSWDTFDSKSNTWTSHVDPNVVPEIEDSLTLNGKIYIKCGSSAVSSHIYAVVYDPQNGTWQHADSDMVCGWRGP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G544470
TK1151 IDTkA03G544470
OH-1004 IDLXL04_010703
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 96.167
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G544470
位置Chr03:137304613-137312365 (-)
描述Similar to PYRD: Riboflavin biosynthesis protein PYRD, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g20960 参与核黄素生物合成途径的单功能嘧啶脱氨酶。
Evolution of vitamin B2 biosynthesis: structural and functional similarity between pyrimidine deaminases of eubacterial and plant origin.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m404406200
Identification and characterization of the missing pyrimidine reductase in the plant riboflavin biosynthesis pathway.2013 · DOI: 10.1104/pp.112.208488
At3g61350 F-盒/凯尔希重复蛋白 SKIP4。 暂无已核实直接文献
At4g18950 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，通过丝氨酸和苏氨酸残基磷酸化蛋白（通过相似性）。 暂无已核实直接文献
At1g14000 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能作为BRL2的适配蛋白。 暂无已核实直接文献
At2g43850 作为植物防御途径、应激反应和钾稳态之间的连接。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010703 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007165 signal transduction 生物过程
GO:0007229 integrin-mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009231 riboflavin biosynthetic process 生物过程
GO:0009409 response to cold 生物过程
GO:0009637 response to blue light 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010828 positive regulation of D-glucose transmembrane transport 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G14000
ath:AT3G61350
ath:AT4G18950
ath:AT4G20960
zma:100191772
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.369
排名 1 · TkA03G544470 · TK1151
细胞核0.360
排名 2 · TkA03G544470 · TK1151
质体0.190
排名 3 · TkA03G544470 · TK1151
细胞膜0.110
排名 4 · TkA03G544470 · TK1151
线粒体0.065
排名 5 · TkA03G544470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box23-60 aa
PF12937F-box-like23-64 aa
PF25210Kelch_FKB9542-95 aa
PF07646Kelch_284-107 aa
PF24681Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC788-249 aa
PF24996NANM88-154 aa
PF25210Kelch_FKB9594-316 aa
PF24981Beta-prop_ATRN-LZTR196-255 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G544470PF00646F-box23601.2e-0525.8
TkA03G544470PF12937F-box-like23640.09613.2
TkA03G544470PF25210Kelch_FKB9542951.2e-2281.5
TkA03G544470PF07646Kelch_2841075.5e-0730.0
TkA03G544470PF24681Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7882495.8e-1142.8
TkA03G544470PF24996NANM881544.3e-0729.8
TkA03G544470PF25210Kelch_FKB95943161.2e-2281.5
TkA03G544470PF24981Beta-prop_ATRN-LZTR1962557.9e-0626.1
TkA03G544470PF13964Beta-prop_Calicin982729.2e-1038.7
TkA03G544470PF01344Kelch_11131574.6e-1658.7
TkA03G544470PF07646Kelch_21201575.5e-0730.0
TkA03G544470PF13415Beta-prop_FBX421232493e-0627.7
TkA03G544470PF01344Kelch_11602004.6e-1658.7
TkA03G544470PF07646Kelch_21612005.5e-0730.0
TkA03G544470PF24996NANM1672594.3e-0729.8
TkA03G544470PF01344Kelch_12162474.6e-1658.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GWP5拟南芥sp|Q8GWP5|RIBD_ARATH Riboflavin biosynthesis protein PYRD, chloroplastic53.800%Swiss-Prot高置信
Q9M2C9拟南芥sp|Q9M2C9|SKIP4_ARATH F-box/kelch-repeat protein SKIP449.900%Swiss-Prot中等置信
Q93Z30拟南芥sp|Q93Z30|BHP_ARATH Serine/threonine-protein kinase 1242.200%Swiss-Prot低置信
Q9XI87拟南芥sp|Q9XI87|VIK_ARATH Serine/threonine-protein kinase VIK42.400%Swiss-Prot低置信
F4IS56拟南芥sp|F4IS56|ILK1_ARATH Integrin-linked protein kinase 134.400%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看