LXL04_010703 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010703

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 151873388-151885656 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3603 bp · LXL04_010703|LXL04_010703|OH1004|cDNA

ATGGCTTCAATGGTGTCAACATGGCTCATGATTGATTACTGGATGATTCAATGGGCGCAGATCCTAATGATCGAAGCTCAAGTTGTGACCAAGTACACATTCGTTGCATTTTACAGGGATTTAATTCGTTGCAAGAGTATGGACCTTTTACAAACTGAATCAGAGGGTTCAAATCAAACTGTTTCTACACAATCATCATTAATCAACGGTCTCCCAAACGACATCGCTCTAACCTGTCTAGCAAGGATTCCTCGCAGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

3603 bp · LXL04_010703|LXL04_010703|OH1004|CDS

ATGGCTTCAATGGTGTCAACATGGCTCATGATTGATTACTGGATGATTCAATGGGCGCAGATCCTAATGATCGAAGCTCAAGTTGTGACCAAGTACACATTCGTTGCATTTTACAGGGATTTAATTCGTTGCAAGAGTATGGACCTTTTACAAACTGAATCAGAGGGTTCAAATCAAACTGTTTCTACACAATCATCATTAATCAACGGTCTCCCAAACGACATCGCTCTAACCTGTCTAGCAAGGATTCCTCGCAGATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1200 aa · LXL04_010703|LXL04_010703|OH1004|PROTEIN

MASMVSTWLMIDYWMIQWAQILMIEAQVVTKYTFVAFYRDLIRCKSMDLLQTESEGSNQTVSTQSSLINGLPNDIALTCLARIPRRYHSLLKCVSKSWRDLVSSKQWHTYRQKHNLTETWIYALCKDKSEQLCCYVLDPNSPKKGWKRIPDLPPNCLKRKGVGFEVLGKNLYLLGGCGWIEDATDEVYCFDATRNSWTQASPLSTARCYFACESIDDKLYAIGGLGSKSSDPHSWDTFDSKSNTWTSHVDPNVVPEIEDS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010703`
TK1151 ID	TkA03G544470
OH-1004 ID	LXL04_010703
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 96.167 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010703

位置 Chr02:151873388-151885656 (-)

描述 Similar to PYRD: Riboflavin biosynthesis protein PYRD, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g20960`	参与核黄素生物合成途径的单功能嘧啶脱氨酶。	Evolution of vitamin B2 biosynthesis: structural and functional similarity between pyrimidine deaminases of eubacterial and plant origin.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m404406200 Identification and characterization of the missing pyrimidine reductase in the plant riboflavin biosynthesis pathway.2013 · DOI: 10.1104/pp.112.208488
`At3g61350`	F-盒/凯尔希重复蛋白 SKIP4。	暂无已核实直接文献
`At4g18950`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，通过丝氨酸和苏氨酸残基磷酸化蛋白（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At1g14000`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，可能作为BRL2的适配蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010703 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007229 integrin-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009231 riboflavin biosynthetic process 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010828 positive regulation of D-glucose transmembrane transport 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14000

ath:AT3G61350

ath:AT4G18950

ath:AT4G20960

zma:100191772

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.311

排名 1 · LXL04_010703 · OH-1004

细胞质0.305

排名 2 · LXL04_010703 · OH-1004

质体0.281

排名 3 · LXL04_010703 · OH-1004

细胞膜0.107

排名 4 · LXL04_010703 · OH-1004

线粒体0.070

排名 5 · LXL04_010703 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7134-295 aa

PF25210.2Kelch_FKB95140-362 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR1142-301 aa

PF13964.13Beta-prop_Calicin144-318 aa

PF01344.32Kelch_1159-203 aa

PF13415.13Beta-prop_FBX42169-295 aa

PF01344.32Kelch_1206-246 aa

PF12796.14Ank_2455-541 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010703	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	134	295	6.6e-11	42.6
LXL04_010703	`PF25210.2`	Kelch_FKB95	140	362	1.3e-22	81.4
LXL04_010703	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	142	301	8.4e-06	26.0
LXL04_010703	`PF13964.13`	Beta-prop_Calicin	144	318	9.7e-10	38.6
LXL04_010703	`PF01344.32`	Kelch_1	159	203	5.7e-16	58.4
LXL04_010703	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	169	295	3.2e-06	27.6
LXL04_010703	`PF01344.32`	Kelch_1	206	246	5.7e-16	58.4
LXL04_010703	`PF12796.14`	Ank_2	455	541	7.4e-13	49.6
LXL04_010703	`PF13857.13`	Ank_5	470	519	1.1e-06	29.6
LXL04_010703	`PF00023.37`	Ank	482	513	6.2e-13	48.9
LXL04_010703	`PF13637.13`	Ank_4	486	534	2.9e-07	31.3
LXL04_010703	`PF00069.32`	Pkinase	564	815	4.3e-52	177.8
LXL04_010703	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	565	818	2.7e-56	191.4
LXL04_010703	`PF00383.30`	dCMP_cyt_deam_1	875	972	5.7e-20	71.8
LXL04_010703	`PF14437.13`	MafB19-deam	878	976	2.1e-08	34.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GWP5`	拟南芥	Riboflavin biosynthesis protein PYRD, chloroplastic	54.098%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M2C9`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein SKIP4	48.023%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q93Z30`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase 12	43.117%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9XI87`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase VIK	41.232%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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