TkA03G007040 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G007040

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 1691704-1694184 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1083 bp · TkA03G007040|TK1151|cDNA

ATGAGAGTAGGTAAAGCCGTCGCCACAGTTGCTGCTCATAGGGTATTTCGCTGCGAATCCCTTTCAACCAAAAGTCTAAATACTCCAGCGAACTTGTGCTCTTCTCCTATTTCTGATACCACCATCTCGCCGGAACTTCGAAAGATGCCTTCAGCGGTGGAAGCTAAGATCGCGCCGTCGATGCTATCGTCGGACTTCGCCAATCTGGCATCAGAGGCTGAGCGCATGGTCAGCTTCGGTGCCGATTGGCTTCACATGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

903 bp · TkA03G007040|TK1151|CDS

ATGAGAGTAGGTAAAGCCGTCGCCACAGTTGCTGCTCATAGGGTATTTCGCTGCGAATCCCTTTCAACCAAAAGTCTAAATACTCCAGCGAACTTGTGCTCTTCTCCTATTTCTGATACCACCATCTCGCCGGAACTTCGAAAGATGCCTTCAGCGGTGGAAGCTAAGATCGCGCCGTCGATGCTATCGTCGGACTTCGCCAATCTGGCATCAGAGGCTGAGCGCATGGTCAGCTTCGGTGCCGATTGGCTTCACATGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

300 aa · TkA03G007040|TK1151|PROTEIN

MRVGKAVATVAAHRVFRCESLSTKSLNTPANLCSSPISDTTISPELRKMPSAVEAKIAPSMLSSDFANLASEAERMVSFGADWLHMDIMDGYVSDLAKALLLFFPIYQKLADSCHFVQNLTIGAPVIASLRKHTKAYLDCHLMVTNPLDYVDQLSKAGASGFTFHVEVSQDNWQELVTQIKSKGMKPGVALKPGTPIEDVYPLLEGENPVEMVLVMTVEPGFGGQKFIPDMMNKVRTLREKYPELDIEVDGGLGPSTIEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G007040`
TK1151 ID	TkA03G007040
OH-1004 ID	LXL04_006050
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.674 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA03G007040

位置 Chr03:1691704-1694184 (+)

描述 Similar to Os09g0505700: Ribulose-phosphate 3-epimerase, cytoplasmic isoform

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0505700`	催化 D-核酮糖 5-磷酸与 D-木酮糖 5-磷酸之间的可逆表异构化反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006050 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006098 pentose-phosphate shunt 生物过程

GO:0009052 pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004750 D-ribulose-phosphate 3-epimerase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ago:AGOS_AFL208C

cgr:2890792

dosa:Os09g0505700

sce:YJL121C

spo:2543174

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.519

排名 1 · TkA03G007040 · TK1151

线粒体0.345

排名 2 · TkA03G007040 · TK1151

细胞质0.138

排名 3 · TkA03G007040 · TK1151

细胞核0.057

排名 4 · TkA03G007040 · TK1151

过氧化物酶体0.043

排名 5 · TkA03G007040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15670Spem131-56 aa

PF00834Ribul_P_3_epim56-96 aa

PF01729QRPTase_C71-91 aa

PF00834Ribul_P_3_epim114-276 aa

PF00215OMPdecase150-191 aa

PF01729QRPTase_C231-275 aa

PF05690ThiG233-293 aa

PF00215OMPdecase238-285 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G007040	`PF15670`	Spem1	31	56	0.15	12.2
TkA03G007040	`PF00834`	Ribul_P_3_epim	56	96	4.9e-65	219.4
TkA03G007040	`PF01729`	QRPTase_C	71	91	0.22	12.0
TkA03G007040	`PF00834`	Ribul_P_3_epim	114	276	4.9e-65	219.4
TkA03G007040	`PF00215`	OMPdecase	150	191	0.00098	19.8
TkA03G007040	`PF01729`	QRPTase_C	231	275	0.22	12.0
TkA03G007040	`PF05690`	ThiG	233	293	0.19	11.8
TkA03G007040	`PF00215`	OMPdecase	238	285	0.00098	19.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SE42`	水稻	sp\|Q9SE42\|RPE1_ORYSJ Ribulose-phosphate 3-epimerase, cytoplasmic isoform	71.000%	Swiss-Prot	高置信

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