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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G552530
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 142564269-142568459 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3216 bp · TkA02G552530|TK1151|cDNA

CTTCACGAGTTTCCAAACTCCTTCCTAGATTTGTGAGATTTAAAGGAACATATGATTCACGTGAGATTTATCCAGCCTCATTCAACGTTCTACCCCAACAAAAACACAACCTTAAGGATGGATCACTGATCAATCTGTGTTAATGCTTAAAGGGTTCTTGGATAGGTTGTGAAGCGGAATGTGAATAACATGGAACCTTTAACAAGAAATTCGGATAACAGTTTAGAAAACGAGCTTGAATTAATACTTAGTCAAAGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2814 bp · TkA02G552530|TK1151|CDS

ATGGAACCTTTAACAAGAAATTCGGATAACAGTTTAGAAAACGAGCTTGAATTAATACTTAGTCAAAGAGATAGCAGGGTGATCGATCATAATCAACAAAGAGATCTAAACATGAACAGAAGCGGCAGTGCACCACCAACAGTCGAGGGTTCTTTAAGTGCAGTCGGAAGCTTATTCAGAGACTCTGATTTCTTCCAAATCGATAACAGAAATACTAGTATTAGTACCAATGGAGTGATGACAGATGAAGAACTTCGATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

937 aa · TkA02G552530|TK1151|PROTEIN

MEPLTRNSDNSLENELELILSQRDSRVIDHNQQRDLNMNRSGSAPPTVEGSLSAVGSLFRDSDFFQIDNRNTSISTNGVMTDEELRSHPMYLAYYYAHGNFNPRLPPPLLSKEDWRVAQRFQVGTGSCSSEGSRDWWKKNVGSESDNGSCSSSSLFSMQPGSLGLHKDAESELIEMRKNKNSGQWIERGGGGDGLIGLTAPGMGGRRKSFADILQEGLEQRAASSSSSSSSSSNRISRPASQNAISDVMNMRGISNSNSN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G552530
TK1151 IDTkA02G552530
OH-1004 IDLXL04_017840
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)42.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.079 / OH-1004 96.774
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G552530
位置Chr02:142564269-142568459 (+)
描述Similar to APUM1: Pumilio homolog 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g10360 通过结合靶 mRNA 的 3'-UTR 调节翻译和 mRNA 稳定性的序列特异性 RNA 结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At2g29190 通过结合靶 mRNA 的 3'-UTR 调节翻译和 mRNA 稳定性的序列特异性 RNA 结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At2g29200 通过结合靶 mRNA 的 3'-UTR 调节翻译和 mRNA 稳定性的序列特异性 RNA 结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At2g29140 通过结合靶 mRNA 的 3'-UTR 调节翻译和 mRNA 稳定性的序列特异性 RNA 结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At3g20250 通过结合靶 mRNA 的 3'-UTR 调节翻译和 mRNA 稳定性的序列特异性 RNA 结合蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017840 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0010608 post-transcriptional regulation of gene expression 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0003730 mRNA 3'-UTR binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G29140
ath:AT2G29190
ath:AT2G29200
ath:AT3G10360
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.667
排名 1 · TkA02G552530 · TK1151
细胞核0.323
排名 2 · TkA02G552530 · TK1151
细胞膜0.116
排名 3 · TkA02G552530 · TK1151
溶酶体／液泡0.044
排名 4 · TkA02G552530 · TK1151
高尔基体0.042
排名 5 · TkA02G552530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21956DUF692257-68 aa
PF07990NABP128-180 aa
PF07990NABP229-279 aa
PF07990NABP315-362 aa
PF07990NABP361-410 aa
PF07990NABP427-603 aa
PF01403Sema433-512 aa
PF03195LOB464-498 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G552530PF21956DUF692257680.0001222.1
TkA02G552530PF07990NABP1281802.8e-1867.2
TkA02G552530PF07990NABP2292792.8e-1867.2
TkA02G552530PF07990NABP3153622.8e-1867.2
TkA02G552530PF07990NABP3614102.8e-1867.2
TkA02G552530PF07990NABP4276032.8e-1867.2
TkA02G552530PF01403Sema4335120.2212.2
TkA02G552530PF03195LOB4644980.08714.1
TkA02G552530PF03195LOB5035270.08714.1
TkA02G552530PF07700HNOB6056450.1412.8
TkA02G552530PF22493PUF_NOP96066901.2e-2074.6
TkA02G552530PF00806PUF6086419.1e-84274.9
TkA02G552530PF03195LOB6376780.08714.1
TkA02G552530PF00806PUF6476749.1e-84274.9
TkA02G552530PF21956DUF69226556730.0001222.1
TkA02G552530PF22493PUF_NOP96667021.2e-2074.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SS47拟南芥sp|Q9SS47|PUM4_ARATH Pumilio homolog 446.100%Swiss-Prot中等置信
Q9ZW06拟南芥sp|Q9ZW06|PUM2_ARATH Pumilio homolog 244.500%Swiss-Prot中等置信
Q9ZW07拟南芥sp|Q9ZW07|PUM1_ARATH Pumilio homolog 143.500%Swiss-Prot中等置信
Q9ZW02拟南芥sp|Q9ZW02|PUM3_ARATH Pumilio homolog 343.700%Swiss-Prot中等置信
Q9LJX4拟南芥sp|Q9LJX4|PUM5_ARATH Pumilio homolog 525.300%Swiss-Prot低置信

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