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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_017840
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 2178509-2182035 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2793 bp · LXL04_017840|LXL04_017840|OH1004|cDNA

ATGTTGTCCGAATTGGGTAGGCGGCCAATGATCGGTGGCGGTGGCGAAGGTTCCTTCGGAGACGAATTTGAAAAGGAGATAGGATTAATACTCCGTGACTCACGGCGTGAAGCCGATGATCATGAAAAAGAGCTAAACATGTACCGAAGTGGTTCCGCACCACCTACCGTAGAGGGTTCATTAAGTGCAGTTGGTGGCTTATTCAACACCACTCACGGCCAAAACAACAACAGTCTACCCCTCTCTGAATTCGCCGGCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2793 bp · LXL04_017840|LXL04_017840|OH1004|CDS

ATGTTGTCCGAATTGGGTAGGCGGCCAATGATCGGTGGCGGTGGCGAAGGTTCCTTCGGAGACGAATTTGAAAAGGAGATAGGATTAATACTCCGTGACTCACGGCGTGAAGCCGATGATCATGAAAAAGAGCTAAACATGTACCGAAGTGGTTCCGCACCACCTACCGTAGAGGGTTCATTAAGTGCAGTTGGTGGCTTATTCAACACCACTCACGGCCAAAACAACAACAGTCTACCCCTCTCTGAATTCGCCGGCGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

930 aa · LXL04_017840|LXL04_017840|OH1004|PROTEIN

MLSELGRRPMIGGGGEGSFGDEFEKEIGLILRDSRREADDHEKELNMYRSGSAPPTVEGSLSAVGGLFNTTHGQNNNSLPLSEFAGGNGFTSEEELRADPAYLSYYYSNVNLNPRLPPPLLSKEDWRFTQRLQSGAGSGLGGIGDRRKPNRNDGGGGSGGVSLFSMPPGFNSKKQEQNDNSDSEKVKVSAEWGGDGLIGLPGLGLGSKQKSLAEIFQDDLTRSNPPSGHPSRPASRTAFETPEETLAQVDADLAPPHGAK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_017840
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_017840
位置Chr04:2178509-2182035 (-)
描述Similar to APUM1: Pumilio homolog 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g29200 通过结合靶 mRNA 的 3'-UTR 调节翻译和 mRNA 稳定性的序列特异性 RNA 结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At2g29140 通过结合靶 mRNA 的 3'-UTR 调节翻译和 mRNA 稳定性的序列特异性 RNA 结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At2g29190 通过结合靶 mRNA 的 3'-UTR 调节翻译和 mRNA 稳定性的序列特异性 RNA 结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At3g10360 通过结合靶 mRNA 的 3'-UTR 调节翻译和 mRNA 稳定性的序列特异性 RNA 结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At3g20250 通过结合靶 mRNA 的 3'-UTR 调节翻译和 mRNA 稳定性的序列特异性 RNA 结合蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017840 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0010608 post-transcriptional regulation of gene expression 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0003730 mRNA 3'-UTR binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G29140
ath:AT2G29190
ath:AT2G29200
ath:AT3G10360
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.711
排名 1 · LXL04_017840 · OH-1004
细胞核0.228
排名 2 · LXL04_017840 · OH-1004
细胞膜0.122
排名 3 · LXL04_017840 · OH-1004
溶酶体／液泡0.071
排名 4 · LXL04_017840 · OH-1004
高尔基体0.064
排名 5 · LXL04_017840 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07990.18NABP289-355 aa
PF07990.18NABP372-426 aa
PF07990.18NABP437-594 aa
PF00806.26PUF599-632 aa
PF00806.26PUF636-665 aa
PF00806.26PUF671-704 aa
PF22493.3PUF_NOP9709-786 aa
PF00806.26PUF713-737 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_017840PF07990.18NABP2893551.9e-78265.4
LXL04_017840PF07990.18NABP3724261.9e-78265.4
LXL04_017840PF07990.18NABP4375941.9e-78265.4
LXL04_017840PF00806.26PUF5996322.1e-86283.4
LXL04_017840PF00806.26PUF6366652.1e-86283.4
LXL04_017840PF00806.26PUF6717042.1e-86283.4
LXL04_017840PF22493.3PUF_NOP97097861.2e-2074.7
LXL04_017840PF00806.26PUF7137372.1e-86283.4
LXL04_017840PF00806.26PUF7437782.1e-86283.4
LXL04_017840PF00806.26PUF7828132.1e-86283.4
LXL04_017840PF00806.26PUF8178502.1e-86283.4
LXL04_017840PF00806.26PUF8628912.1e-86283.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9ZW07拟南芥Pumilio homolog 157.438%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9ZW02拟南芥Pumilio homolog 357.413%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9ZW06拟南芥Pumilio homolog 257.609%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SS47拟南芥Pumilio homolog 461.031%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LJX4拟南芥Pumilio homolog 553.441%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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