TkA02G412790 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G412790

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 104984651-104988251 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2041 bp · TkA02G412790|TK1151|cDNA

AAAGCATAAAATATACAAAATCCCACAAACATTTCTCCATCATAATCATAAGGTTAAATAAGTTTTACGATATAAATTTCACCAAACCCTCCTTCCATTAAAAAGCTTACTTCATATCCCATTTCTGCAAATTCTGCCATGTCACTGTCTTTTGTAAGGATTTAGTCGGAAAAAAAGTTAGAGAAGGTTGCACACGGTGGCGGAAGTGGTGGTTGGAAAGTGGCAATGACGACATCTTCTTCTACAGAAAACAAATTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1476 bp · TkA02G412790|TK1151|CDS

ATGACGACATCTTCTTCTACAGAAAACAAATTCTCAGTTCCAATTAAAGAGAAAACTATTCAGTATTATCTTTACCCGCCTCCCATTGGCCAATTTGAAGATGTTATGGCCAGTTATAAACTCTTCATGGATACACTTGGAAAATTCCATGCTGCTATGGGGACCAAATTCAAGATTCCGATTGTTGGCGGCAAGGATCTGGACTTGCATCGCCTATTTATGGAAGTCACTTCTCGTGGTGGCATTAAAAGGGTTCTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

491 aa · TkA02G412790|TK1151|PROTEIN

MTTSSSTENKFSVPIKEKTIQYYLYPPPIGQFEDVMASYKLFMDTLGKFHAAMGTKFKIPIVGGKDLDLHRLFMEVTSRGGIKRVLEDKKWREVTNVFNFPPSATNASFILRKYYMSLLHHFEQVYYFKAKAWTPVPTDTWQSTKSTLTSMTEMNKVVLPLTENQVTLGKRQRTETEEASPESSIGFPVTGTIDGKFESGYLCTVGIGGEQLQGVLYQTLCTHYAKVTQDANATMVRQRRRRRKKSEMKKRDPAHPKPNR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G412790`
TK1151 ID	TkA02G412790
OH-1004 ID	LXL04_014562
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.297 / OH-1004 87.856 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G412790

位置 Chr02:104984651-104988251 (-)

描述 Similar to HMGB15: High mobility group B protein 15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04880`	优先结合富含 A/T 的 DNA。	暂无已核实直接文献
`At1g76110`	优先结合富含 A/T 的 DNA。	NUCLEAR FUSION DEFECTIVE1 encodes the Arabidopsis RPL21M protein and is required for karyogamy during female gametophyte development and fertilization.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.079319 A novel family of plant DNA-binding proteins containing both HMG-box and AT-rich interaction domains.2008 · DOI: 10.1021/bi801772k
`At3g13350`	优先结合富含 A/T 的 DNA。	暂无已核实直接文献
`At1g55650`	优先结合富含 A/T 的 DNA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014562 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000741 karyogamy 生物过程

GO:0006337 nucleosome disassembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0019760 glucosinolate metabolic process 生物过程

GO:0030071 regulation of mitotic metaphase/anaphase transition 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04880

ath:AT1G55650

ath:AT1G76110

ath:AT3G13350

mmu:77044

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.976

排名 1 · TkA02G412790 · TK1151

细胞质0.079

排名 2 · TkA02G412790 · TK1151

细胞膜0.020

排名 3 · TkA02G412790 · TK1151

内质网0.011

排名 4 · TkA02G412790 · TK1151

质体0.008

排名 5 · TkA02G412790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01388ARID39-123 aa

PF14887HMG_box_582-106 aa

PF27637MNM1_beta189-218 aa

PF14887HMG_box_5238-250 aa

PF09011HMG_box_2253-322 aa

PF00505HMG_box256-323 aa

PF14887HMG_box_5290-323 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G412790	`PF01388`	ARID	39	123	3.2e-23	82.7
TkA02G412790	`PF14887`	HMG_box_5	82	106	0.007	17.0
TkA02G412790	`PF27637`	MNM1_beta	189	218	2.3e-08	34.2
TkA02G412790	`PF14887`	HMG_box_5	238	250	0.007	17.0
TkA02G412790	`PF09011`	HMG_box_2	253	322	4.1e-11	44.1
TkA02G412790	`PF00505`	HMG_box	256	323	1.6e-15	58.0
TkA02G412790	`PF14887`	HMG_box_5	290	323	0.007	17.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9MAT6`	拟南芥	sp\|Q9MAT6\|HMG15_ARATH High mobility group B protein 15	50.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SGS2`	拟南芥	sp\|Q9SGS2\|HMGB9_ARATH High mobility group B protein 9	41.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LTT3`	拟南芥	sp\|Q9LTT3\|HMG10_ARATH High mobility group B protein 10	42.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LG02`	拟南芥	sp\|Q9LG02\|HMG11_ARATH Putative high mobility group B protein 11	38.700%	Swiss-Prot	中等置信

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