TkA02G394900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G394900

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 100322594-100325356 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2185 bp · TkA02G394900|TK1151|cDNA

GTGAATTTTACATGTATTGTGGGTCAGAGAGCATTTAAATTATTTGCAAAGTTTTGGCATAAAACCCCAATTTCATTACTCTTCGAGAGAAAGGGGTGGCAGCAGTTACTCTTGGATGCGCAGATGCAGACTCCAAAAACAAGTACGAAGACGTCATCCGAAGGTTCTCGGAAGATCTCTCCTCGATCGATTTCTTCAGACACGGGCCAAAAAAGCTCAGGTCGAACCGCACGCCAACTGAAGACGACTGGACTCGAACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1743 bp · TkA02G394900|TK1151|CDS

GTGAATTTTACATGTATTGTGGGTCAGAGAGCATTTAAATTATTTGCAAAGTTTTGGCATAAAACCCCAATTTCATTACTCTTCGAGAGAAAGGGGTGGCAGCAGTTACTCTTGGATGCGCAGATGCAGACTCCAAAAACAAGTACGAAGACGTCATCCGAAGGTTCTCGGAAGATCTCTCCTCGATCGATTTCTTCAGACACGGGCCAAAAAAGCTCAGGTCGAACCGCACGCCAACTGAAGACGACTGGACTCGAACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

580 aa · TkA02G394900|TK1151|PROTEIN

VNFTCIVGQRAFKLFAKFWHKTPISLLFERKGWQQLLLDAQMQTPKTSTKTSSEGSRKISPRSISSDTGQKSSGRTARQLKTTGLEPNSSSLNQPTIRTPKRTTPVIVARRSPQSPISEKKRPVRVAELETQISQLKDDLKNVKDELVSSESRKDQAKQDAEEARKQLLAMSSRLDESQKLLDRSYSDKTHGIQDVDEVWSWISKLESAKKLHSADLDSLANVLDEINQLQIKLDGKVNSKDIQSESAIAVLHSLKATMA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G394900`
TK1151 ID	TkA02G394900
OH-1004 ID	LXL04_014814
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 94.224 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G394900

位置 Chr02:100322594-100325356 (-)

描述 Similar to ICR3: Interactor of constitutive active ROPs 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60210`	作为支架，介导 ROP 与不同蛋白质的相互作用。	暂无已核实直接文献
`At2g37080`	作为支架，介导 ROP 与不同蛋白质的相互作用。	暂无已核实直接文献
`At1g78430`	作为支架，介导 ROP 与不同蛋白质的相互作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014814 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0090404 pollen tube tip 细胞组分

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17140

ath:AT1G78430

ath:AT2G37080

ath:AT3G53350

ath:AT5G60210

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.532

排名 1 · TkA02G394900 · TK1151

细胞核0.291

排名 2 · TkA02G394900 · TK1151

细胞膜0.232

排名 3 · TkA02G394900 · TK1151

质体0.064

排名 4 · TkA02G394900 · TK1151

内质网0.053

排名 5 · TkA02G394900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26095CC_Bre133-176 aa

PF30842LEKR1119-183 aa

PF23649FKBP15124-232 aa

PF12795MscS_porin125-185 aa

PF28019HmpF125-519 aa

PF05335DUF745126-195 aa

PF28422CCDC89126-197 aa

PF20904ExsD_M127-170 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G394900	`PF26095`	CC_Bre1	33	176	0.023	15.7
TkA02G394900	`PF30842`	LEKR1	119	183	0.0055	17.7
TkA02G394900	`PF23649`	FKBP15	124	232	3.6	7.9
TkA02G394900	`PF12795`	MscS_porin	125	185	0.12	12.7
TkA02G394900	`PF28019`	HmpF	125	519	1.2	8.2
TkA02G394900	`PF05335`	DUF745	126	195	0.025	15.0
TkA02G394900	`PF28422`	CCDC89	126	197	1.9	8.5
TkA02G394900	`PF20904`	ExsD_M	127	170	0.35	11.9
TkA02G394900	`PF27682`	ICR5_C	128	171	9e-18	65.7
TkA02G394900	`PF24161`	CCDC39	156	341	0.85	8.1
TkA02G394900	`PF26095`	CC_Bre1	170	227	0.023	15.7
TkA02G394900	`PF28422`	CCDC89	202	328	1.9	8.5
TkA02G394900	`PF23649`	FKBP15	213	328	3.6	7.9
TkA02G394900	`PF30842`	LEKR1	216	267	0.0055	17.7
TkA02G394900	`PF30126`	YHR127W_C	217	265	0.25	12.1
TkA02G394900	`PF27682`	ICR5_C	235	264	9e-18	65.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSS5`	拟南芥	sp\|Q9LSS5\|ICR3_ARATH Interactor of constitutive active ROPs 3	34.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZQC5`	拟南芥	sp\|Q9ZQC5\|ICR2_ARATH Interactor of constitutive active ROPs 2, chloroplastic	24.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9M9F9`	拟南芥	sp\|Q9M9F9\|ICR4_ARATH Interactor of constitutive active ROPs 4	32.000%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情