LXL04_014814 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014814

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 57402128-57404630 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1821 bp · LXL04_014814|LXL04_014814|OH1004|cDNA

atgtttttgaaaaataaaaatcgtttttcggaatttttttttttttttgcgatcgggcttatatttgagcgatttttagccccccgaagtcggtttttcgaaaaagttaacggtttgggagttatCGGATTTTCGAGAGCATTTAAATTATTTGCAAAGTTTTGGCATAAAATCCCAATTTCATTACTCTTCGAGAGAAAGGGGTGGCAGCAGTTACTCTTGGATGCGCAGATGCAGACTCCAAAAACAAGTACGAAGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1821 bp · LXL04_014814|LXL04_014814|OH1004|CDS

ATGTTTTTGAAAAATAAAAATCGTTTTTCGGAATTTTTTTTTTTTTTTGCGATCGGGCTTATATTTGAGCGATTTTTAGCCCCCCGAAGTCGGTTTTTCGAAAAAGTTAACGGTTTGGGAGTTATCGGATTTTCGAGAGCATTTAAATTATTTGCAAAGTTTTGGCATAAAATCCCAATTTCATTACTCTTCGAGAGAAAGGGGTGGCAGCAGTTACTCTTGGATGCGCAGATGCAGACTCCAAAAACAAGTACGAAGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

606 aa · LXL04_014814|LXL04_014814|OH1004|PROTEIN

MFLKNKNRFSEFFFFFAIGLIFERFLAPRSRFFEKVNGLGVIGFSRAFKLFAKFWHKIPISLLFERKGWQQLLLDAQMQTPKTSTKTSSEGSRKISPRSISSDTGQKSSGRTARQLKTTGLEPNSSSLNQPTIRTPKRTTPVIVARRSPQSPISEKKRPVRVAELETQISQLKDDLKNVKDELVSSESRKDQAKQDAEEARKQLLAMSSRLDESQKLLDRSYSDKTHGIQDVDEVWISKLESAKKLHSADLDSLANVLDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014814`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014814

位置 Chr03:57402128-57404630 (+)

描述 Similar to ICR3: Interactor of constitutive active ROPs 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60210`	作为支架，介导 ROP 与不同蛋白质的相互作用。	暂无已核实直接文献
`At2g37080`	作为支架，介导 ROP 与不同蛋白质的相互作用。	暂无已核实直接文献
`At3g53350`	ROP效应子结合蛋白，特异性激活ROPs并将其连接到微管细胞骨架。	Rho of plant GTPase signaling regulates the behavior of Arabidopsis kinesin-13A to establish secondary cell wall patterns.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.117853
`At1g78430`	作为支架，介导 ROP 与不同蛋白质的相互作用。	暂无已核实直接文献
`At1g17140`	作为支架，介导 ROP 与不同蛋白质的相互作用。	RIP1 (ROP Interactive Partner 1)/ICR1 marks pollen germination sites and may act in the ROP1 pathway in the control of polarized pollen growth.2008 · DOI: 10.1093/mp/ssn051

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014814 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0090404 pollen tube tip 细胞组分

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17140

ath:AT1G78430

ath:AT2G37080

ath:AT3G53350

ath:AT5G60210

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.500

排名 1 · LXL04_014814 · OH-1004

细胞核0.297

排名 2 · LXL04_014814 · OH-1004

细胞膜0.229

排名 3 · LXL04_014814 · OH-1004

质体0.077

排名 4 · LXL04_014814 · OH-1004

内质网0.061

排名 5 · LXL04_014814 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27682.1ICR5_C388-433 aa

PF27682.1ICR5_C441-550 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014814	`PF27682.1`	ICR5_C	388	433	1.1e-17	65.4
LXL04_014814	`PF27682.1`	ICR5_C	441	550	1.1e-17	65.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSS5`	拟南芥	Interactor of constitutive active ROPs 3	38.144%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZQC5`	拟南芥	Interactor of constitutive active ROPs 2, chloroplastic	33.227%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8VYU8`	拟南芥	Interactor of constitutive active ROPs 5	32.258%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M9F9`	拟南芥	Interactor of constitutive active ROPs 4	31.429%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LE98`	拟南芥	Interactor of constitutive active ROPs 1	37.037%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情