TkA02G086050 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G086050

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 22362160-22365675 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1638 bp · TkA02G086050|TK1151|cDNA

CTAACCCCTTCAACTGCAAGAAACCCTAGTCATATATCTCTCTCATTGAGAACTCTCCACTGTGCTCTCGGAAGAAACGCTCGTGTAACAATCAGATCTGACGTAAAAACGAACGTTTGTTCCGTCAAGCAATGGCGCTGGTCATTCATGCTGCAAAAACCAACAAAAATGCTTTCAAGGCCCTGATTGCTGCAGAATACAGTGGTGTTGAAATCAAATGGGCTGAAAATTTCGAAATGGGAGTGACAAATAAAACTCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1257 bp · TkA02G086050|TK1151|CDS

ATGGCGCTGGTCATTCATGCTGCAAAAACCAACAAAAATGCTTTCAAGGCCCTGATTGCTGCAGAATACAGTGGTGTTGAAATCAAATGGGCTGAAAATTTCGAAATGGGAGTGACAAATAAAACTCCAGAGTTTCTTAAAATGAACCCTATTGGAAAGGTTCCTGTTCTTGAAACCCCAAATGGCCCATTGTTTGAGAGCAATGCCATTGCTCGCTATGTTGCCCGCTTGAAATCTGACACTTCTCTTTTCGGATGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

418 aa · TkA02G086050|TK1151|PROTEIN

MALVIHAAKTNKNAFKALIAAEYSGVEIKWAENFEMGVTNKTPEFLKMNPIGKVPVLETPNGPLFESNAIARYVARLKSDTSLFGCSPVEYGQIEQWIDFASLEIDANLLKWLLPRFGYATYVAPVEEAAIAGLKRGLEALNTYLSTHTFLIGHSVTLADIIMTCNLYLGFKLLMTKTFTSEFPHVERYFWTMVNQPNFSKVMGEVKQTEAVPPLPSGKKPEAKPKEVSKPKAEVKKEEKKVEAGNGDEEEAAPKPKAKN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G086050`
TK1151 ID	TkA02G086050
OH-1004 ID	LXL04_016978
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G086050

位置 Chr02:22362160-22365675 (+)

描述 Similar to Elongation factor 1-gamma

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09640`	可能在将复合物固定到其他细胞组分中起作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0220500`	可能在将复合物固定到其他细胞组分中起作用。	暂无已核实直接文献
`Os02g0220600`	可能在将复合物固定到其他细胞组分中起作用。	暂无已核实直接文献
`Os06g0571400`	可能在将复合物固定到其他细胞组分中起作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016978 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0003746 translation elongation factor activity 分子功能

GO:0004364 glutathione transferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09640

ath:AT1G57720

dosa:Os02g0220600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.790

排名 1 · TkA02G086050 · TK1151

细胞核0.192

排名 2 · TkA02G086050 · TK1151

细胞膜0.097

排名 3 · TkA02G086050 · TK1151

内质网0.089

排名 4 · TkA02G086050 · TK1151

线粒体0.065

排名 5 · TkA02G086050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18485GST_N_58-74 aa

PF02798GST_N11-76 aa

PF13409GST_N_214-76 aa

PF13417GST_N_314-79 aa

PF00043GST_C120-197 aa

PF22041GST_C_7125-168 aa

PF13410GST_C_2128-190 aa

PF14497GST_C_3134-199 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G086050	`PF18485`	GST_N_5	8	74	0.0025	19.0
TkA02G086050	`PF02798`	GST_N	11	76	5.8e-14	52.9
TkA02G086050	`PF13409`	GST_N_2	14	76	2.6e-09	38.3
TkA02G086050	`PF13417`	GST_N_3	14	79	7.3e-08	33.3
TkA02G086050	`PF00043`	GST_C	120	197	5.3e-10	40.1
TkA02G086050	`PF22041`	GST_C_7	125	168	0.033	14.8
TkA02G086050	`PF13410`	GST_C_2	128	190	7.1e-05	23.6
TkA02G086050	`PF14497`	GST_C_3	134	199	0.00017	22.4
TkA02G086050	`PF21972`	Arc1p_N_like	135	194	0.00013	22.9
TkA02G086050	`PF17171`	GST_C_6	136	163	0.2	12.1
TkA02G086050	`PF00647`	EF1G	160	171	5.2e-43	146.0
TkA02G086050	`PF00043`	GST_C	229	242	5.3e-10	40.1
TkA02G086050	`PF02798`	GST_N	235	261	5.8e-14	52.9
TkA02G086050	`PF00647`	EF1G	257	364	5.2e-43	146.0
TkA02G086050	`PF13410`	GST_C_2	327	337	7.1e-05	23.6
TkA02G086050	`PF00647`	EF1G	376	405	5.2e-43	146.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04487`	拟南芥	sp\|O04487\|EF1G1_ARATH Probable elongation factor 1-gamma 1	74.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q6YW46`	水稻	sp\|Q6YW46\|EF1G2_ORYSJ Elongation factor 1-gamma 2	74.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZRI7`	水稻	sp\|Q9ZRI7\|EF1G1_ORYSJ Elongation factor 1-gamma 1	72.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q5Z627`	水稻	sp\|Q5Z627\|EF1G3_ORYSJ Elongation factor 1-gamma 3	72.100%	Swiss-Prot	高置信

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