LXL04_016978 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016978

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 138309647-138312758 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1257 bp · LXL04_016978|LXL04_016978|OH1004|cDNA

ATGGCGCTGGTCATTCATGCTGCAAAAACCAACAAAAATGCTTTCAAGGCCCTGATTGCTGCAGAATACAGTGGTGTTGAAATCAAATGGGCTGAAAATTTTGAAATGGGAGTGACAAATAAAACTCCTGAGTTTCTTAAAATGAACCCTATTGGAAAGGTTCCTGTTCTTGAAACCCCAAATGGCCCATTGTTTGAGAGCAATGCCATTGCTCGCTATGTTGCCCGCTTGAAATCTGACACTTCTCTTTTCGGATGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1257 bp · LXL04_016978|LXL04_016978|OH1004|CDS

ATGGCGCTGGTCATTCATGCTGCAAAAACCAACAAAAATGCTTTCAAGGCCCTGATTGCTGCAGAATACAGTGGTGTTGAAATCAAATGGGCTGAAAATTTTGAAATGGGAGTGACAAATAAAACTCCTGAGTTTCTTAAAATGAACCCTATTGGAAAGGTTCCTGTTCTTGAAACCCCAAATGGCCCATTGTTTGAGAGCAATGCCATTGCTCGCTATGTTGCCCGCTTGAAATCTGACACTTCTCTTTTCGGATGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

418 aa · LXL04_016978|LXL04_016978|OH1004|PROTEIN

MALVIHAAKTNKNAFKALIAAEYSGVEIKWAENFEMGVTNKTPEFLKMNPIGKVPVLETPNGPLFESNAIARYVARLKSDTSLFGCSPVEYGQIEQWIDFASLEIDANLLKWLLPRFGYATYIAPVEEGAIAGLKRGLEALNTYLSTHTFLIGHSVTLADIIMTCNLYLGFKLLMTKTFTSEFPHVERYFWTMVNQPNFSKVMGEVKQTEAVPPLPSGKKPEAKPKEVSKPKAEVKKEEKKVEAGNGDEEEAAPKPKAKN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016978`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016978

位置 Chr03:138309647-138312758 (-)

描述 Similar to Elongation factor 1-gamma

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09640`	可能在将复合物固定到其他细胞组分中起作用。	暂无已核实直接文献
`At1g57720`	可能在将复合物固定到其他细胞组分中起作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0220500`	可能在将复合物固定到其他细胞组分中起作用。	暂无已核实直接文献
`Os02g0220600`	可能在将复合物固定到其他细胞组分中起作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016978 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0003746 translation elongation factor activity 分子功能

GO:0004364 glutathione transferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09640

ath:AT1G57720

dosa:Os02g0220600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.790

排名 1 · LXL04_016978 · OH-1004

细胞核0.194

排名 2 · LXL04_016978 · OH-1004

细胞膜0.095

排名 3 · LXL04_016978 · OH-1004

内质网0.089

排名 4 · LXL04_016978 · OH-1004

线粒体0.066

排名 5 · LXL04_016978 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02798.27GST_N11-76 aa

PF13409.13GST_N_214-76 aa

PF13417.13GST_N_314-79 aa

PF00043.31GST_C130-197 aa

PF00647.25EF1G257-364 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016978	`PF02798.27`	GST_N	11	76	5.8e-14	52.9
LXL04_016978	`PF13409.13`	GST_N_2	14	76	2.6e-09	38.3
LXL04_016978	`PF13417.13`	GST_N_3	14	79	7.3e-08	33.3
LXL04_016978	`PF00043.31`	GST_C	130	197	3.2e-09	37.6
LXL04_016978	`PF00647.25`	EF1G	257	364	5.3e-43	145.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04487`	拟南芥	Probable elongation factor 1-gamma 1	73.684%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FVT2`	拟南芥	Probable elongation factor 1-gamma 2	75.359%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6YW46`	水稻	Elongation factor 1-gamma 2	72.286%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZRI7`	水稻	Elongation factor 1-gamma 1	74.347%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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