TkA01G420510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G420510

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 105021621-105025045 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2492 bp · TkA01G420510|TK1151|cDNA

CTTCTTCCAACTCCCTTCGAGGGTTTCTTAATTTCTGAAACTCCACGAGGGAGATTATGTTTTGAACCAGGTGATCTCTAATCAAATATTATCCATGCAAGATTAAAAAAGGTATGATCAGGGAGTTACTCTTTGGTTTCCTGTTGATTCATTCATCTCTAGCCAAACATGGACACCCCGGTAATCACAAACCTACAAGACGGACCCGGTTGCAAGCTATGCCTGCTATTGTTCCTGGCACAGGCCCGGCCAAGAAATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2328 bp · TkA01G420510|TK1151|CDS

ATGATCAGGGAGTTACTCTTTGGTTTCCTGTTGATTCATTCATCTCTAGCCAAACATGGACACCCCGGTAATCACAAACCTACAAGACGGACCCGGTTGCAAGCTATGCCTGCTATTGTTCCTGGCACAGGCCCGGCCAAGAAATGGCTAACATTGAACGGTGGGGAGCCGTTGGTGATAGCCCAAGGTGGGTCCCCGGGTTTATTCCCGGACTCGTCTGTGGCGGGCTATACTGCGGGTATAGCAATGGGCGTTATTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

775 aa · TkA01G420510|TK1151|PROTEIN

MIRELLFGFLLIHSSLAKHGHPGNHKPTRRTRLQAMPAIVPGTGPAKKWLTLNGGEPLVIAQGGSPGLFPDSSVAGYTAGIAMGVIGTLKYCNLQLTKDNLGVCLANIKMDNCTNAAERFPKHQRRYSVNGRDIDGWFPLDFTIDQIMKEIRLIQNIYSRASVFDFVYPLVQPDSVWGMEPKGHLWLNVQNDAFFSSHQLNVIRYIEDSNQFFVADYISSPEIGFLKAMAVSKSFDRTKTKLIFRFLKPVEVEPTYKETY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G420510`
TK1151 ID	TkA01G420510
OH-1004 ID	LXL04_002795
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 94.282 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G420510

位置 Chr01:105021621-105025045 (+)

描述 Similar to GDPDL7: Glycerophosphodiester phosphodiesterase GDPDL7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58050`	甘油磷酯二酯酶 GDPDL6。	暂无已核实直接文献
`At5g58170`	甘油磷酸二酯磷酸二酯酶 GDPDL7。	暂无已核实直接文献
`At4g26690`	参与原代细胞壁组织。	The glycerophosphoryl diester phosphodiesterase-like proteins SHV3 and its homologs play important roles in cell wall organization.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn120
`At5g55480`	参与原代细胞壁组织。	The glycerophosphoryl diester phosphodiesterase-like proteins SHV3 and its homologs play important roles in cell wall organization.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn120
`At1g66970`	在体外水解甘油磷酸甘油、甘油磷酸胆碱和甘油磷酸乙醇胺。	Characterization of the Arabidopsis glycerophosphodiester phosphodiesterase (GDPD) family reveals a role of the plastid-localized AtGDPD1 in maintaining cellular phosphate homeostasis under phosphate starvation.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04538.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002795 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006071 glycerol metabolic process 生物过程

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006968 cellular defense response 生物过程

GO:0009932 cell tip growth 生物过程

GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0048765 root hair cell differentiation 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66980

ath:AT4G26690

ath:AT5G55480

ath:AT5G58050

ath:AT5G58170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.620

排名 1 · TkA01G420510 · TK1151

细胞膜0.257

排名 2 · TkA01G420510 · TK1151

细胞质0.074

排名 3 · TkA01G420510 · TK1151

内质网0.072

排名 4 · TkA01G420510 · TK1151

高尔基体0.038

排名 5 · TkA01G420510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03009GDPD65-118 aa

PF19682DUF618491-116 aa

PF03009GDPD294-353 aa

PF13653GDPD_2344-349 aa

PF03009GDPD380-668 aa

PF19682DUF6184398-423 aa

PF13653GDPD_2655-666 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G420510	`PF03009`	GDPD	65	118	7.7e-33	115.3
TkA01G420510	`PF19682`	DUF6184	91	116	0.54	11.3
TkA01G420510	`PF03009`	GDPD	294	353	7.7e-33	115.3
TkA01G420510	`PF13653`	GDPD_2	344	349	0.24	12.7
TkA01G420510	`PF03009`	GDPD	380	668	7.7e-33	115.3
TkA01G420510	`PF19682`	DUF6184	398	423	0.54	11.3
TkA01G420510	`PF13653`	GDPD_2	655	666	0.24	12.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGT9`	拟南芥	sp\|Q9FGT9\|GPDL6_ARATH Glycerophosphodiester phosphodiesterase GDPDL6	51.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LVN0`	拟南芥	sp\|Q9LVN0\|GPDL7_ARATH Glycerophosphodiester phosphodiesterase GDPDL7	51.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SZ11`	拟南芥	sp\|Q9SZ11\|GPDL3_ARATH Glycerophosphodiester phosphodiesterase GDPDL3	42.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJ62`	拟南芥	sp\|Q9FJ62\|GPDL4_ARATH Glycerophosphodiester phosphodiesterase GDPDL4	41.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7Y208`	拟南芥	sp\|Q7Y208\|GPDL1_ARATH Glycerophosphodiester phosphodiesterase GDPDL1	41.800%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情