TkA01G324110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G324110

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 80655737-80657100 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

810 bp · TkA01G324110|TK1151|cDNA

ATGAAACCAAAAGAAGAAAGCAAATCAATAAATAACGCTCCACAGATGTATGAAAAGTCAAATGATCCGACTAAAGGAAAGAAGGAATCCATTGAATCAATCCGATATCACAAACTTTTTGCATTTGCTGACTCCATCGATTTTGTGCTAATGGTGCTCGGTACAATTACTGCAATTGGAGGCGGGATCAGTATGCCTTTACAAACATTGATATTTGGTGAGCTAATTGACACATTTGGAGGCAATACTGTTAACAACGC...

CDS

下载 CDS FASTA

810 bp · TkA01G324110|TK1151|CDS

ATGAAACCAAAAGAAGAAAGCAAATCAATAAATAACGCTCCACAGATGTATGAAAAGTCAAATGATCCGACTAAAGGAAAGAAGGAATCCATTGAATCAATCCGATATCACAAACTTTTTGCATTTGCTGACTCCATCGATTTTGTGCTAATGGTGCTCGGTACAATTACTGCAATTGGAGGCGGGATCAGTATGCCTTTACAAACATTGATATTTGGTGAGCTAATTGACACATTTGGAGGCAATACTGTTAACAACGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

269 aa · TkA01G324110|TK1151|PROTEIN

MKPKEESKSINNAPQMYEKSNDPTKGKKESIESIRYHKLFAFADSIDFVLMVLGTITAIGGGISMPLQTLIFGELIDTFGGNTVNNAIVHEVSKVSLKYVYLALGTGAATFSHVVCWMVTGERQATRIRSLYLKTILRQEVGFFDVESKTGEIIECLSTDTVIIQDAMGEKVGNFIQLISTFFGGFAVAFSEGWLLSVVLLSSIPLLVISATFMIVVMAKLKSKGQSAYSLGATVVEQTISSIKIVSICLSKHTTFIIYF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G324110`
TK1151 ID	TkA01G324110
OH-1004 ID	LXL04_003667
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G324110

位置 Chr01:80655737-80657100 (+)

描述 Similar to ABCB11: ABC transporter B family member 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g02520`	参与雌蕊伸长所需的生长素运输的调节。	Loss of Multiple ABCB Auxin Transporters Recapitulates the Major twisted dwarf 1 Phenotypes in Arabidopsis thaliana .2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.840260
`At1g02530`	ABC转运蛋白B家族成员12。	暂无已核实直接文献
`At2g47000`	生长素流入转运蛋白，介导根部生长素的转运。	PGP4, an ATP binding cassette P-glycoprotein, catalyzes auxin transport in Arabidopsis thaliana roots.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.035816
`At4g01820`	ABC转运蛋白B家族成员3。	暂无已核实直接文献
`At3g62150`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 21。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003667 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009630 gravitropism 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0010315 auxin export across the plasma membrane 生物过程

GO:0010540 basipetal auxin transport 生物过程

GO:0048467 gynoecium development 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0060919 auxin import into cell 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02520

ath:AT2G47000

ath:AT3G62150

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.453

排名 1 · TkA01G324110 · TK1151

溶酶体／液泡0.305

排名 2 · TkA01G324110 · TK1151

内质网0.122

排名 3 · TkA01G324110 · TK1151

细胞质0.088

排名 4 · TkA01G324110 · TK1151

高尔基体0.053

排名 5 · TkA01G324110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03458Gly_transporter48-63 aa

PF00664ABC_membrane51-246 aa

PF03458Gly_transporter79-111 aa

PF03458Gly_transporter199-214 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G324110	`PF03458`	Gly_transporter	48	63	3.1	8.5
TkA01G324110	`PF00664`	ABC_membrane	51	246	1.5e-39	137.1
TkA01G324110	`PF03458`	Gly_transporter	79	111	3.1	8.5
TkA01G324110	`PF03458`	Gly_transporter	199	214	3.1	8.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FWX7`	拟南芥	sp\|Q9FWX7\|AB11B_ARATH ABC transporter B family member 11	58.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FWX8`	拟南芥	sp\|Q9FWX8\|AB12B_ARATH ABC transporter B family member 12	58.900%	Swiss-Prot	高置信
`O80725`	拟南芥	sp\|O80725\|AB4B_ARATH ABC transporter B family member 4	58.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SYI2`	拟南芥	sp\|Q9SYI2\|AB3B_ARATH ABC transporter B family member 3	57.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M1Q9`	拟南芥	sp\|Q9M1Q9\|AB21B_ARATH ABC transporter B family member 21	56.000%	Swiss-Prot	高置信

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