LXL04_003667 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003667

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 93026783-93028146 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

810 bp · LXL04_003667|LXL04_003667|OH1004|cDNA

ATGAAACCAAAAGAAGAAAGCAAATCAATAAATAACGCTCCACAGATGTATGAAAAGTCAAATGATCcgactaaaggaaagaaggaATCCATTGAATCAATCCGATATCACAAACTTTTTGCATTTGCTGACTCCATCGATTTTGTGCTAATGGTGCTCGGTACAATTACTGCAATTGGAGGCGGGATCAGTATGCCTTTACAAACATTGATATTTGGTGAGCTAATTGACACATTTGGAGGCAATACTGTTAACAACGC...

CDS

下载 CDS FASTA

810 bp · LXL04_003667|LXL04_003667|OH1004|CDS

ATGAAACCAAAAGAAGAAAGCAAATCAATAAATAACGCTCCACAGATGTATGAAAAGTCAAATGATCCGACTAAAGGAAAGAAGGAATCCATTGAATCAATCCGATATCACAAACTTTTTGCATTTGCTGACTCCATCGATTTTGTGCTAATGGTGCTCGGTACAATTACTGCAATTGGAGGCGGGATCAGTATGCCTTTACAAACATTGATATTTGGTGAGCTAATTGACACATTTGGAGGCAATACTGTTAACAACGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

269 aa · LXL04_003667|LXL04_003667|OH1004|PROTEIN

MKPKEESKSINNAPQMYEKSNDPTKGKKESIESIRYHKLFAFADSIDFVLMVLGTITAIGGGISMPLQTLIFGELIDTFGGNTVNNAIVHEVSKVSLKYVYLALGTGAATFSHVVCWMVTGERQATRIRSLYLKTILRQEVGFFDVESKTGEIIECLSTDTVIIQDAMGEKVGNFIQLISTFFGGFAVAFSEGWLLFVVLLSSIPLLVISATFMIVVMAKLKSKGQSAYSLGATVVEQTISSIKIVSICLSKHTTFIIYF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003667`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003667

位置 Chr01:93026783-93028146 (-)

描述 Similar to ABCB11: ABC transporter B family member 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g02520`	参与雌蕊伸长所需的生长素运输的调节。	Loss of Multiple ABCB Auxin Transporters Recapitulates the Major twisted dwarf 1 Phenotypes in Arabidopsis thaliana .2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.840260
`At3g62150`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 21。	暂无已核实直接文献
`At2g47000`	生长素流入转运蛋白，介导根部生长素的转运。	PGP4, an ATP binding cassette P-glycoprotein, catalyzes auxin transport in Arabidopsis thaliana roots.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.035816
`At4g01820`	ABC转运蛋白B家族成员3。	暂无已核实直接文献
`At1g02530`	ABC转运蛋白B家族成员12。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003667 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009630 gravitropism 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0010315 auxin export across the plasma membrane 生物过程

GO:0010540 basipetal auxin transport 生物过程

GO:0048467 gynoecium development 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0060919 auxin import into cell 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02520

ath:AT2G47000

ath:AT3G62150

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.465

排名 1 · LXL04_003667 · OH-1004

溶酶体／液泡0.293

排名 2 · LXL04_003667 · OH-1004

内质网0.123

排名 3 · LXL04_003667 · OH-1004

细胞质0.088

排名 4 · LXL04_003667 · OH-1004

高尔基体0.052

排名 5 · LXL04_003667 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664.29ABC_membrane51-246 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003667	`PF00664.29`	ABC_membrane	51	246	1.5e-39	137.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FWX7`	拟南芥	ABC transporter B family member 11	60.930%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M1Q9`	拟南芥	ABC transporter B family member 21	55.708%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80725`	拟南芥	ABC transporter B family member 4	58.605%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SYI2`	拟南芥	ABC transporter B family member 3	57.273%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FWX8`	拟南芥	ABC transporter B family member 12	58.036%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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