TkA01G303730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G303730

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 75506450-75508893 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1071 bp · TkA01G303730|TK1151|cDNA

AAAAAAGTTCCGATTCAAAAATTTCACGTTTCTTAAACGTCCGTTTTCCTCCGATCTGAAGCCCTTAAATACTACGCTCCCCTCTGCATCTCCTTCGTATAACTCACGGGCTTCGTCGGTGATCGACGGTCCCCATTTCAAACGATCTCCGTCACTACCTGCAATCGCCAGCCGATCGCAGATATCATACCAAGATGGGGCTGTCATTTACCAAGCTTTTTAGCCGCTTGTTTGCCAAGAAAGAGATGCGTATTCTGATG...

CDS

下载 CDS FASTA

546 bp · TkA01G303730|TK1151|CDS

ATGGGGCTGTCATTTACCAAGCTTTTTAGCCGCTTGTTTGCCAAGAAAGAGATGCGTATTCTGATGGTAGGTCTCGATGCAGCTGGTAAAACCACAATCTTGTACAAGCTCAAGTTGGGAGAGATTGTCACCACCATTCCCACCATCGGGTTTAATGTGGAGACTGTGGAGTACAAGAACATCAGCTTTACAGTGTGGGATGTTGGAGGTCAGGACAAGATCCGGCCATTGTGGAGGCACTACTTCCAGAACACACAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

181 aa · TkA01G303730|TK1151|PROTEIN

MGLSFTKLFSRLFAKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRDRVVEARDELHRMLNEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRQRHWYIQSTCATSGEGLYEGLDWLSNNIANKA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G303730`
TK1151 ID	TkA01G303730
OH-1004 ID	LXL04_025839
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G303730

位置 Chr01:75506450-75508893 (-)

描述 Similar to ARF: ADP-ribosylation factor 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g23490`	参与蛋白质运输的GTP结合蛋白；可能调节高尔基体内囊泡的出芽和脱壳。	暂无已核实直接文献
`At1g70490`	参与蛋白质运输的GTP结合蛋白；可能调节高尔基体内囊泡的出芽和脱壳。	暂无已核实直接文献
`At2g47170`	GTP结合蛋白参与蛋白质运输。	BEX1/ARF1A1C is required for BFA-sensitive recycling of PIN auxin transporters and auxin-mediated development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pct196

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0489600`	参与蛋白质运输的GTP结合蛋白；可能调节高尔基体内囊泡的出芽和脱壳。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025839 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0003925 G protein activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23490

ath:AT1G70490

dosa:Os01g0813400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.487

排名 1 · TkA01G303730 · TK1151

细胞质0.381

排名 2 · TkA01G303730 · TK1151

内质网0.193

排名 3 · TkA01G303730 · TK1151

细胞膜0.152

排名 4 · TkA01G303730 · TK1151

溶酶体／液泡0.139

排名 5 · TkA01G303730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025Arf5-177 aa

PF015916PF2K13-55 aa

PF00503G-alpha14-39 aa

PF09439SRPRB16-143 aa

PF08477Roc19-129 aa

PF00071Ras19-173 aa

PF04670Gtr1_RagA19-141 aa

PF01926MMR_HSR119-122 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G303730	`PF00025`	Arf	5	177	1.2e-81	273.0
TkA01G303730	`PF01591`	6PF2K	13	55	0.0088	16.1
TkA01G303730	`PF00503`	G-alpha	14	39	2.3e-13	50.7
TkA01G303730	`PF09439`	SRPRB	16	143	4.5e-13	49.7
TkA01G303730	`PF08477`	Roc	19	129	7.1e-14	52.8
TkA01G303730	`PF00071`	Ras	19	173	5.3e-12	46.3
TkA01G303730	`PF04670`	Gtr1_RagA	19	141	1.6e-09	38.3
TkA01G303730	`PF01926`	MMR_HSR1	19	122	6.6e-05	23.7
TkA01G303730	`PF00009`	GTP_EFTU	20	37	0.026	14.9
TkA01G303730	`PF19993`	DO-GTPase2	22	37	0.074	13.4
TkA01G303730	`PF00503`	G-alpha	45	111	2.3e-13	50.7
TkA01G303730	`PF00009`	GTP_EFTU	48	144	0.026	14.9
TkA01G303730	`PF18885`	DUF5648	48	102	0.2	12.6
TkA01G303730	`PF01591`	6PF2K	80	127	0.0088	16.1
TkA01G303730	`PF21875`	CAPN13-like_C_EFh	80	126	0.27	12.0
TkA01G303730	`PF19993`	DO-GTPase2	82	151	0.074	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LQC8`	拟南芥	sp\|Q9LQC8\|ARF2A_ARATH ADP-ribosylation factor 2-A	98.900%	Swiss-Prot	高置信
`P0DH91`	拟南芥	sp\|P0DH91\|ARF2B_ARATH ADP-ribosylation factor 2-B	98.900%	Swiss-Prot	高置信
`P36397`	拟南芥	sp\|P36397\|ARF1_ARATH ADP-ribosylation factor 1	98.900%	Swiss-Prot	高置信
`P51823`	水稻	sp\|P51823\|ARF2_ORYSJ ADP-ribosylation factor 2	98.900%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情