LXL04_025839 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025839

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 117496150-117498166 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

546 bp · LXL04_025839|LXL04_025839|OH1004|cDNA

ATGGGGCTAACATTCACCAAACTTTTTAGCCGGCTCTTTGCCAAGAAAGAGATGCGAATATTGATGGTAGGTCTCGATGCAGCTGGTAAGACCACCATTTTATACAAGCTCAAGCTCGGTGAGATTGTCACCACCATTCCCACCATAGGTTTCAATGTGGAGACTGTGGAATACAAGAACATTAGCTTCACAGTGTGGGATGTCGGGGGTCAGGACAAGATTCGTCCACTATGGAGGCATTATTTCCAGAACACACAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

546 bp · LXL04_025839|LXL04_025839|OH1004|CDS

ATGGGGCTAACATTCACCAAACTTTTTAGCCGGCTCTTTGCCAAGAAAGAGATGCGAATATTGATGGTAGGTCTCGATGCAGCTGGTAAGACCACCATTTTATACAAGCTCAAGCTCGGTGAGATTGTCACCACCATTCCCACCATAGGTTTCAATGTGGAGACTGTGGAATACAAGAACATTAGCTTCACAGTGTGGGATGTCGGGGGTCAGGACAAGATTCGTCCACTATGGAGGCATTATTTCCAGAACACACAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

181 aa · LXL04_025839|LXL04_025839|OH1004|PROTEIN

MGLTFTKLFSRLFAKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRDRVVEARDELHRMLNEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRQRHWYIQSTCATSGEGLYEGLDWLSNNIANKA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025839`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025839

位置 Chr05:117496150-117498166 (-)

描述 Similar to ARF: ADP-ribosylation factor 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g70490`	参与蛋白质运输的GTP结合蛋白；可能调节高尔基体内囊泡的出芽和脱壳。	暂无已核实直接文献
`At1g23490`	参与蛋白质运输的GTP结合蛋白；可能调节高尔基体内囊泡的出芽和脱壳。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0489600`	参与蛋白质运输的GTP结合蛋白；可能调节高尔基体内囊泡的出芽和脱壳。	暂无已核实直接文献
`Os01g0813400`	参与蛋白质运输的GTP结合蛋白；可能调节高尔基体内囊泡的出芽和脱壳。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025839 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0003925 G protein activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23490

ath:AT1G70490

dosa:Os01g0813400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.488

排名 1 · LXL04_025839 · OH-1004

细胞质0.381

排名 2 · LXL04_025839 · OH-1004

内质网0.195

排名 3 · LXL04_025839 · OH-1004

细胞膜0.153

排名 4 · LXL04_025839 · OH-1004

溶酶体／液泡0.136

排名 5 · LXL04_025839 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025.28Arf5-177 aa

PF09439.17SRPRB16-143 aa

PF08477.20Roc19-129 aa

PF00071.29Ras19-173 aa

PF04670.19Gtr1_RagA19-141 aa

PF00503.27G-alpha45-111 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025839	`PF00025.28`	Arf	5	177	1.2e-81	273.0
LXL04_025839	`PF09439.17`	SRPRB	16	143	4.5e-13	49.7
LXL04_025839	`PF08477.20`	Roc	19	129	7.1e-14	52.8
LXL04_025839	`PF00071.29`	Ras	19	173	5.3e-12	46.3
LXL04_025839	`PF04670.19`	Gtr1_RagA	19	141	1.6e-09	38.3
LXL04_025839	`PF00503.27`	G-alpha	45	111	2.3e-13	50.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0DH91`	拟南芥	ADP-ribosylation factor 2-B	98.343%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LQC8`	拟南芥	ADP-ribosylation factor 2-A	98.343%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P51823`	水稻	ADP-ribosylation factor 2	99.448%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q06396`	水稻	ADP-ribosylation factor 1	98.895%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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