LXL04_022917 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022917

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 13586090-13587367 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1278 bp · LXL04_022917|LXL04_022917|OH1004|cDNA

ATGGAGTTCTTCTGCAACTCCTTTCTGCAACTACTTGCACTCTTTCTTACACTTCTCCTCACAATTTCTCCTACAACCCAACAACAACTAGCCGCCGTCGATCTCAATGCGCTCCATCAGATCATGGACACACTCACCGACGTAAAAAATGGCGGATTCTTCTCAACTTGGAACTTCTCCTCATCGGAAAATCCGTGTTCTTCGTTTGCCGGCGTCACTTGCTCTGTAATCAACGGTGAGTTACGAGTCACGGCTCTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1278 bp · LXL04_022917|LXL04_022917|OH1004|CDS

ATGGAGTTCTTCTGCAACTCCTTTCTGCAACTACTTGCACTCTTTCTTACACTTCTCCTCACAATTTCTCCTACAACCCAACAACAACTAGCCGCCGTCGATCTCAATGCGCTCCATCAGATCATGGACACACTCACCGACGTAAAAAATGGCGGATTCTTCTCAACTTGGAACTTCTCCTCATCGGAAAATCCGTGTTCTTCGTTTGCCGGCGTCACTTGCTCTGTAATCAACGGTGAGTTACGAGTCACGGCTCTCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

425 aa · LXL04_022917|LXL04_022917|OH1004|PROTEIN

MEFFCNSFLQLLALFLTLLLTISPTTQQQLAAVDLNALHQIMDTLTDVKNGGFFSTWNFSSSENPCSSFAGVTCSVINGELRVTALLLGTGMSDSPGLAGTISAVGIYDLTELTQLILYPGIVTGFIPSQLGRRLKNLRVISLTDNRLTGTIPQTISELQNLHTLDLSHNKLTGVIPPTLASALPELKVLVLAYNNLDGEIPEFTDESTLIHLDLRNNLLSGNLPDTLPATLRYLSLSSNGLWGPLNSVPSSNLVYLDLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022917`
TK1151 ID	TkA06G428000
OH-1004 ID	LXL04_022917
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022917

位置 Chr05:13586090-13587367 (+)

描述 Similar to DRT100: DNA damage-repair/toleration protein DRT100

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12610`	该蛋白能够补偿细菌 recA 突变，但其在植物中的本体功能尚不清楚。	暂无已核实直接文献
`At3g51740`	可能不活跃的富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶 IMK2。	暂无已核实直接文献
`At4g20140`	与GSO2共同参与胚胎和子叶表皮表面发育所需的受体样丝氨酸／苏氨酸激酶。	GASSHO1 and GASSHO2 encoding a putative leucine-rich repeat transmembrane-type receptor kinase are essential for the normal development of the epidermal surface in Arabidopsis embryos.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03395.x The receptor-like kinases GSO1 and GSO2 together regulate root growth in Arabidopsis through control of cell division and cell fate specification.2014 · DOI: 10.1002/dvdy.24066 A peptide hormone required for Casparian strip diffusion barrier formation in Arabidopsis roots.2017 · DOI: 10.1126/science.aai9057
`At3g56100`	能磷酸化 AGL24。	暂无已核实直接文献
`At5g49660`	受体激酶参与 C 末端编码的植物信号肽的感知以及根和芽发育的后续调节。	XYLEM INTERMIXED WITH PHLOEM1, a leucine-rich repeat receptor-like kinase required for stem growth and vascular development in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1007/s00425-011-1489-6 CEP5 and XIP1/CEPR1 regulate lateral root initiation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1093/jxb/erw231

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022917 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G12610

ath:AT3G51740

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.483

排名 1 · LXL04_022917 · OH-1004

细胞外0.190

排名 2 · LXL04_022917 · OH-1004

内质网0.126

排名 3 · LXL04_022917 · OH-1004

细胞质0.091

排名 4 · LXL04_022917 · OH-1004

细胞核0.056

排名 5 · LXL04_022917 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_234-75 aa

PF13855.13LRR_8129-172 aa

PF12799.14LRR_4136-172 aa

PF13855.13LRR_8137-197 aa

PF12799.14LRR_4160-201 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022917	`PF08263.18`	LRRNT_2	34	75	2.2e-07	31.8
LXL04_022917	`PF13855.13`	LRR_8	129	172	2.3e-19	69.6
LXL04_022917	`PF12799.14`	LRR_4	136	172	2e-17	63.5
LXL04_022917	`PF13855.13`	LRR_8	137	197	2.3e-19	69.6
LXL04_022917	`PF12799.14`	LRR_4	160	201	2e-17	63.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q00874`	拟南芥	DNA damage-repair/toleration protein DRT100	35.152%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SCT4`	拟南芥	Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase IMK2	33.714%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGQ5`	拟南芥	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase GSO1	38.525%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGP9`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase IMK3	34.561%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FGL5`	拟南芥	Receptor protein-tyrosine kinase CEPR1	36.996%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情