LXL04_021115 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021115

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 122007043-122009353 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

993 bp · LXL04_021115|LXL04_021115|OH1004|cDNA

ATGTTGCGTCTTCGAGTAACTACAAGTGTCTCATCGATCATTTTACTTTTTTGCCTTTTCAGCATTTGTGTGCATTGCAAAACCCTAAAAAGAGACGTGAAAGCTCTGAACGAAATCAAAGCATCTCTTGGATGGAGAGTGGTGTACGCATGGGTTGGAGATGATCCATGTGGAGATGGTGATTTACCAGCTTGGTCTGGTGTCACATGCTCCACACAAGGTGATTATAGAGTGGTTACTGAACTGGAAGTATATGCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

993 bp · LXL04_021115|LXL04_021115|OH1004|CDS

ATGTTGCGTCTTCGAGTAACTACAAGTGTCTCATCGATCATTTTACTTTTTTGCCTTTTCAGCATTTGTGTGCATTGCAAAACCCTAAAAAGAGACGTGAAAGCTCTGAACGAAATCAAAGCATCTCTTGGATGGAGAGTGGTGTACGCATGGGTTGGAGATGATCCATGTGGAGATGGTGATTTACCAGCTTGGTCTGGTGTCACATGCTCCACACAAGGTGATTATAGAGTGGTTACTGAACTGGAAGTATATGCAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

330 aa · LXL04_021115|LXL04_021115|OH1004|PROTEIN

MLRLRVTTSVSSIILLFCLFSICVHCKTLKRDVKALNEIKASLGWRVVYAWVGDDPCGDGDLPAWSGVTCSTQGDYRVVTELEVYAVSIVGPFPTAVTNLLDLTRLDLHNNKLTGPIPPQIGRLKRLKILNLRWNKLQDVIPQEIGELKKLTHLYLSFNNFKGEIPRELADLPELQHLHLHQNRLIGRIPPELGSLKNLRHLDVGDNHLVGTIRELIRIEGCFPALRNLYLNNNYLTGGIPTQLANLTNLEILHLSYNKM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021115`
TK1151 ID	TkA05G355220
OH-1004 ID	LXL04_021115
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021115

位置 Chr04:122007043-122009353 (+)

描述 Similar to RLP12: Receptor-like protein 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71400`	参与CLV3及CLV3样肽的感知，这些肽作为调节分生组织维护的细胞外信号。	Functional analyses of the CLAVATA2-like proteins and their domains that contribute to CLAVATA2 specificity.2010 · DOI: 10.1104/pp.109.148197
`At3g11080`	类受体蛋白 35。	暂无已核实直接文献
`At1g17230`	富含亮氨酸重复序列的受体样丝/苏氨酸蛋白激酶 At1g17230。	暂无已核实直接文献
`At2g25790`	具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性的受体（通过相似性）。	A novel pollen-pistil interaction conferring high-temperature tolerance during reproduction via CLE45 signaling.2013 · DOI: 10.1016/j.cub.2013.06.060 Arabidopsis MAKR5 is a positive effector of BAM3-dependent CLE45 signaling.2016 · DOI: 10.15252/embr.201642450

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0618700`	构成模式识别受体（PPR），决定对鞭毛蛋白（flg22）的特异性识别，flg22是引发对病原相关分子模式（PAMPs）防御反应的有效诱导因子。	Analysis of flagellin perception mediated by flg22 receptor OsFLS2 in rice.2008 · DOI: 10.1094/mpmi-21-12-1635 Rice OsFLS2-Mediated Perception of Bacterial Flagellins Is Evaded by Xanthomonas oryzae pvs. oryzae and oryzicola.2015 · DOI: 10.1016/j.molp.2015.01.012

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021115 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.331

排名 1 · LXL04_021115 · OH-1004

细胞外0.250

排名 2 · LXL04_021115 · OH-1004

内质网0.146

排名 3 · LXL04_021115 · OH-1004

细胞质0.106

排名 4 · LXL04_021115 · OH-1004

溶酶体／液泡0.066

排名 5 · LXL04_021115 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855.13LRR_893-137 aa

PF23598.2LRR_1497-204 aa

PF13855.13LRR_8103-161 aa

PF12799.14LRR_4103-139 aa

PF12799.14LRR_4125-165 aa

PF13855.13LRR_8126-185 aa

PF12799.14LRR_4149-189 aa

PF13855.13LRR_8171-209 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021115	`PF13855.13`	LRR_8	93	137	1.5e-36	124.7
LXL04_021115	`PF23598.2`	LRR_14	97	204	8.9e-16	58.3
LXL04_021115	`PF13855.13`	LRR_8	103	161	1.5e-36	124.7
LXL04_021115	`PF12799.14`	LRR_4	103	139	1.2e-28	99.1
LXL04_021115	`PF12799.14`	LRR_4	125	165	1.2e-28	99.1
LXL04_021115	`PF13855.13`	LRR_8	126	185	1.5e-36	124.7
LXL04_021115	`PF12799.14`	LRR_4	149	189	1.2e-28	99.1
LXL04_021115	`PF13855.13`	LRR_8	171	209	1.5e-36	124.7
LXL04_021115	`PF12799.14`	LRR_4	173	216	1.2e-28	99.1
LXL04_021115	`PF13855.13`	LRR_8	224	284	1.5e-36	124.7
LXL04_021115	`PF12799.14`	LRR_4	224	258	1.2e-28	99.1
LXL04_021115	`PF12799.14`	LRR_4	248	283	1.2e-28	99.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9H7`	拟南芥	Receptor-like protein 12	31.006%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SRL7`	拟南芥	Receptor-like protein 35	34.982%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SHI2`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g17230	31.034%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O82318`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase SKM1	37.872%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0JA29`	水稻	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FLS2	35.433%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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