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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_013400
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 29028651-29032944 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3186 bp · LXL04_013400|LXL04_013400|OH1004|cDNA

CGGAAACAACTCGACAAGCCTCGCGCTCTCTTGAACCATCCTCTTCCTTCTTCTTATATATTAACTGTGTCAACTCTCTCCTCCACTCATCACTTCACTCACAAGTTTTGCCTTGGAACTTACCAGAACCCTTATCTTTCCCGTATTCCCACTCAATCCCCTCTACTTTTTCATTCCTTGATCTCTCCCAATAACCTTGATTTACTGGTCACTCGACTCACACTTCTTCCGTTACCGATGGCAACGACGGCGTCCTTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3156 bp · LXL04_013400|LXL04_013400|OH1004|CDS

TTGAACCATCCTCTTCCTTCTTCTTATATATTAACTGTGTCAACTCTCTCCTCCACTCATCACTTCACTCACAAGTTTTGCCTTGGAACTTACCAGAACCCTTATCTTTCCCGTATTCCCACTCAATCCCCTCTACTTTTTCATTCCTTGATCTCTCCCAATAACCTTGATTTACTGGTCACTCGACTCACACTTCTTCCGTTACCGATGGCAACGACGGCGTCCTTCTCCGGCGTCCGCATCCACGCTCCATCCTCCAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1051 aa · LXL04_013400|LXL04_013400|OH1004|PROTEIN

MNHPLPSSYILTVSTLSSTHHFTHKFCLGTYQNPYLSRIPTQSPLLFHSLISPNNLDLLVTRLTLLPLPMATTASFSGVRIHAPSSTCIDRTTLFAQPSVSFSSFSKPRRTTLRSLKLRSRSNDVLLRTRTGDRFGGKSSRSFVVRCDASSNGRITQQEFTEMAWQAIVSSPEVAKENKHQIVETEHLMKALLEQKNGLARRIFSKAGIDNTRLLEATDKYIQRQPKVIGESAGSMLGRDLEALMQRARDFKKEYGDSFV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_013400
TK1151 IDTkA02G498240
OH-1004 IDLXL04_013400
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.057 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_013400
位置Chr03:29028651-29032944 (+)
描述Similar to CLPB3: Chaperone protein ClpB3, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g15450 对叶绿体发育和幼苗活力至关重要的分子伴侣。
An Arabidopsis chloroplast-targeted Hsp101 homologue, APG6, has an essential role in chloroplast development as well as heat-stress response.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02873.x
The Arabidopsis ClpB/Hsp100 family of proteins: chaperones for stress and chloroplast development.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02940.x
At2g25140 似乎不参与热应激反应或耐受的分子伴侣。
The Arabidopsis ClpB/Hsp100 family of proteins: chaperones for stress and chloroplast development.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02940.x

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0426900 可能在叶绿体发育中发挥作用的分子伴护蛋白。 暂无已核实直接文献
Os02g0181900 分子伴侣，可能不参与热应激反应或耐受性。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013400 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0034605 cellular response to heat 生物过程
GO:0042026 protein refolding 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009532 plastid stroma 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分
GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ana:alr5084
ath:AT2G25140
ath:AT5G15450
dosa:Os02g0181900
dosa:Os03g0426900
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.944
排名 1 · LXL04_013400 · OH-1004
线粒体0.074
排名 2 · LXL04_013400 · OH-1004
细胞质0.031
排名 3 · LXL04_013400 · OH-1004
细胞核0.025
排名 4 · LXL04_013400 · OH-1004
过氧化物酶体0.022
排名 5 · LXL04_013400 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02861.26Clp_N159-282 aa
PF23569.2NBD_SMAX1339-441 aa
PF00004.36AAA357-488 aa
PF17871.8AAA_lid_9496-598 aa
PF00158.33Sigma54_activat752-877 aa
PF07724.21AAA_2754-922 aa
PF07728.21AAA_5759-880 aa
PF00004.36AAA760-876 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_013400PF02861.26Clp_N1592824.4e-35121.4
LXL04_013400PF23569.2NBD_SMAX13394412e-0628.5
LXL04_013400PF00004.36AAA3574883e-2486.7
LXL04_013400PF17871.8AAA_lid_94965988.3e-34116.4
LXL04_013400PF00158.33Sigma54_activat7528771.5e-0938.5
LXL04_013400PF07724.21AAA_27549222.5e-73246.3
LXL04_013400PF07728.21AAA_57598806.4e-1969.1
LXL04_013400PF00004.36AAA7608763e-2486.7
LXL04_013400PF10431.16ClpB_D2-small92910098.9e-2690.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LF37拟南芥Chaperone protein ClpB3, chloroplastic84.958%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8VYJ7拟南芥Chaperone protein ClpB4, mitochondrial68.247%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q75GT3水稻Chaperone protein ClpB2, chloroplastic85.667%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q0E3C8水稻Chaperone protein ClpB3, mitochondrial70.674%Swiss-Prot强数据库同源证据

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