LXL04_010356 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010356

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 145044810-145048175 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2043 bp · LXL04_010356|LXL04_010356|OH1004|cDNA

ATGAATCTTAATTCTTCGTTTTTCATTACAACGCTGTTGATTACAGCTTTCTTCTTCACGTTATCGGAATCATCAACCTGCAACAACACAGACTATGTTCTAATCTCGAAGGCGTTCATGTCGGTTGACAATTTTAATTCTTCATGGTTCGTGTGTTCAAAGTCGCAAATCTCGGAGATTGATTTGTCGTCGAGAAATCTCACCGGAGCTATTTCGTGGAAGTTTTTTAAGAACTTGACTCACATCCATACCATTAATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2043 bp · LXL04_010356|LXL04_010356|OH1004|CDS

ATGAATCTTAATTCTTCGTTTTTCATTACAACGCTGTTGATTACAGCTTTCTTCTTCACGTTATCGGAATCATCAACCTGCAACAACACAGACTATGTTCTAATCTCGAAGGCGTTCATGTCGGTTGACAATTTTAATTCTTCATGGTTCGTGTGTTCAAAGTCGCAAATCTCGGAGATTGATTTGTCGTCGAGAAATCTCACCGGAGCTATTTCGTGGAAGTTTTTTAAGAACTTGACTCACATCCATACCATTAATCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

680 aa · LXL04_010356|LXL04_010356|OH1004|PROTEIN

MNLNSSFFITTLLITAFFFTLSESSTCNNTDYVLISKAFMSVDNFNSSWFVCSKSQISEIDLSSRNLTGAISWKFFKNLTHIHTINLSNNAFKGYIPAWFWSIPNLVEVNLSKNKLGGAIGFESGSGLSSIQVLNLSFNRFTNLAHLSNFSNLSVLDMSYNNLKVLPFGLNSLKNLQHLDLSSCNISGDLNPISNLTSLEFLDVANNHMSGSFPKDFPPFSNINFLNISFNNFTGELPYEKVRRFGNSSFINTGMLFKFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010356`
TK1151 ID	TkA03G522050
OH-1004 ID	LXL04_010356
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010356

位置 Chr02:145044810-145048175 (+)

描述 Similar to CAMRLK: Calmodulin-binding receptor kinase CaMRLK

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g45800`	体外可磷酸化髓磷脂碱性蛋白。	A receptor-like kinase from Arabidopsis thaliana is a calmodulin-binding protein.2004 · DOI: 10.1042/bj20031045
`At2g24230`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At2g24230。	暂无已核实直接文献
`At5g58150`	可能是非活性富含亮氨酸重复的受体样蛋白激酶 At5g58150。	暂无已核实直接文献
`At5g07280`	具有丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶活性的受体，决定雄性孢原细胞起始细胞的正确数量，并进一步决定绒毡层和中间层细胞的特性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0917500`	类受体激酶，在限制进入雄性和雌性孢子发生的细胞数量方面发挥重要作用。	The MSP1 gene is necessary to restrict the number of cells entering into male and female sporogenesis and to initiate anther wall formation in rice.2003 · DOI: 10.1105/tpc.012401

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010356 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010234 anther wall tapetum cell fate specification 生物过程

GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G24230

ath:AT5G07280

ath:AT5G45800

ath:AT5G58150

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.856

排名 1 · LXL04_010356 · OH-1004

内质网0.088

排名 2 · LXL04_010356 · OH-1004

细胞质0.076

排名 3 · LXL04_010356 · OH-1004

细胞核0.062

排名 4 · LXL04_010356 · OH-1004

溶酶体／液泡0.026

排名 5 · LXL04_010356 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855.13LRR_857-116 aa

PF12799.14LRR_4104-149 aa

PF13855.13LRR_8130-186 aa

PF12799.14LRR_4152-195 aa

PF00069.32Pkinase412-583 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr413-580 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr584-667 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010356	`PF13855.13`	LRR_8	57	116	1.2e-17	64.1
LXL04_010356	`PF12799.14`	LRR_4	104	149	3.6e-18	65.9
LXL04_010356	`PF13855.13`	LRR_8	130	186	1.2e-17	64.1
LXL04_010356	`PF12799.14`	LRR_4	152	195	3.6e-18	65.9
LXL04_010356	`PF00069.32`	Pkinase	412	583	1.8e-16	61.1
LXL04_010356	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	413	580	2.2e-27	96.7
LXL04_010356	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	584	667	2.2e-27	96.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FK63`	拟南芥	Calmodulin-binding receptor kinase CaMRLK	51.813%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGK9`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g24230	33.090%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LVN2`	拟南芥	Probably inactive leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g58150	31.825%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LYN8`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor protein kinase EMS1	30.967%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RZV7`	水稻	Leucine-rich repeat receptor protein kinase MSP1	30.285%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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