LXL04_009794 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009794

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 133483776-133489055 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2769 bp · LXL04_009794|LXL04_009794|OH1004|cDNA

CAATTCAAATCTAACTAAACACACACGCGGAACACCATTTTTGATTCCCGCTCAAAACGTCCCGCTTATAAAACCCTCGCGACCATTCTCTCTCTACACGCTCTCTTTCGACATAGTCTCTTCGCCGCACTCTTCCGTCATTTTCTCTCTCATCGCCGCCAGAAAATGCCGAGGGCAAAGAGAAGGTCTTCATCTGCCTCCAAGGACGATACATTGGTTTCTTCGGAGAAACGCCCAAAAatagaagaagaaaagaaggg...

CDS

下载 CDS FASTA

2604 bp · LXL04_009794|LXL04_009794|OH1004|CDS

ATGCCGAGGGCAAAGAGAAGGTCTTCATCTGCCTCCAAGGACGATACATTGGTTTCTTCGGAGAAACGCCCAAAAATAGAAGAAGAAAAGAAGGGAGAGGTAGAAGAAGCTTCTGCGGTCCCCGATCCGGTTTCTCTGGTGAAAAGCTCCGGCGAAAAGTCTGAGAAGCCTAAGGCCAAGGCGAAGGCAAATGTGAAGAATGAAGAAGATGATGCGGAGGAGAGTCGATTTGTTGGAGATCCAGTCCCTGCTGACGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

867 aa · LXL04_009794|LXL04_009794|OH1004|PROTEIN

MPRAKRRSSSASKDDTLVSSEKRPKIEEEKKGEVEEASAVPDPVSLVKSSGEKSEKPKAKAKANVKNEEDDAEESRFVGDPVPADEARQRWPLRYLPKNKAGKTQSLETTNGVQPPKDLMQAKRHFTEALVDGNVLFKLGDDGYVQAEEGEDSYICKVVEMFEGVDGTSYFSAQWFYRAKDTIIQACSNLIDDKRIFLSEIKDDNPLDCLLQKLKIVRVPLDADVSEKRAKLGDGDYYYDMSYLVPYSTYQNLPIEVEGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009794`
TK1151 ID	TkA03G472030
OH-1004 ID	LXL04_009794
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.840 / OH-1004 96.078 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009794

位置 Chr02:133483776-133489055 (-)

描述 Similar to CMT3: DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g69770`	参与CpXpG序列（如CHG位点胞嘧啶）的甲基化及基因沉默。	Requirement of CHROMOMETHYLASE3 for maintenance of CpXpG methylation.2001 · DOI: 10.1126/science.1059745 Arabidopsis cmt3 chromomethylase mutations block non-CG methylation and silencing of an endogenous gene.2001 · DOI: 10.1101/gad.905701 Genome-wide profiling of DNA methylation reveals transposon targets of CHROMOMETHYLASE3.2002 · DOI: 10.1016/s0960-9822(01)00622-4 JMJ24 targets CHROMOMETHYLASE3 for proteasomal degradation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1101/gad.274647.115

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0104900`	参与CpXpG DNA甲基化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009794 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010069 zygote asymmetric cytokinesis in embryo sac 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0044027 negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

GO:0141010 transposable element silencing by siRNA-mediated DNA methylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

GO:0003886 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity 分子功能

GO:0031625 ubiquitin protein ligase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69770

dosa:Os10g0104900

zma:542060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.924

排名 1 · LXL04_009794 · OH-1004

细胞质0.134

排名 2 · LXL04_009794 · OH-1004

细胞膜0.028

排名 3 · LXL04_009794 · OH-1004

线粒体0.027

排名 4 · LXL04_009794 · OH-1004

内质网0.017

排名 5 · LXL04_009794 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01426.25BAH137-243 aa

PF00385.31Chromo404-457 aa

PF00145.24DNA_methylase468-829 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009794	`PF01426.25`	BAH	137	243	5.1e-10	40.0
LXL04_009794	`PF00385.31`	Chromo	404	457	1.7e-11	44.6
LXL04_009794	`PF00145.24`	DNA_methylase	468	829	8.2e-39	134.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94F88`	拟南芥	DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3	51.591%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0SQ89`	水稻	DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3	55.966%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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